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2009 年度 実績報告書

NMRによる蛋白質構造の協調的内部運動と機能制御相関解析

研究課題

研究課題/領域番号 20050022
研究機関広島大学

研究代表者

楯 真一  広島大学, 理学研究科, 教授 (20216998)

研究分担者 大前 英司  広島大学, 理学研究科, 助教 (30284152)
キーワード生物物理 / 生体分子 / 蛋白質
研究概要

本年度は,以下の研究成果を得た.
1. DHFRループ変異体の内部運動性解析
初年度に引き続いてG67A,G67V変異体の内部運動性の解析をすすめた.本年度は,野生体とG67V,G67A変異体により誘導される内部運動性変化の再現性を含めた実験精度の検証を行うと同時に,内部運動速度の分布を精密に解析した.その結果,活性変調が観測されたG67Vでは,内部運動速度は750sec^<-1>を中心に分布しているが,活性変化の小さいG67Aと野生体は500sec^<-1>を中心とした速度分布を持っている.また,揺らぎを持つ構造部も,G67VはG67Aおよび野生体と異なっていることが分かった.構造揺らぎの速度・構造上の分布の違いが活性変調と関係することが示唆された.
2. ストップドフローを用いたDHFR変異体の反応速度変化
G67V変異体のkcatの低下がどのような反応ステップの変調によるかを解析した.その結果,hydride transfer速度は約20%低下していることが分かった,観測されたkcat変化の全てがhydride transfer過程の低下により説明されるものではないが,構造揺らぎの変化がhydride transfer過程にも影響を与えることを明らかにした.

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Prorine cis/trans isomerase Pinl regulates peroxisome proliferator-activated receptor g activity through the direct binding to the AF-1 domain.2010

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, Y., Shiraki, T., Horiuchi, Y., Waku, T., Shigenaga, A., Otaka, A., Ikura, T., Igarashi, K., Aimoto, S., Tate, S., ^*Morikawa, K.
    • 雑誌名

      J.Biol. Chem. 285

      ページ: 3126-3132

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupling effects of distal loops on structural stability and enzymatic activity of Escherichia coli dihydrofolate reductase revealed by deletion mutants2010

    • 著者名/発表者名
      Horiuchi, Y., Ohmae, E., ^*Tate, S., ^*Gekko, K
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta 1804

      ページ: 846-855

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive secondary-structure analysis of disulfide variants of lysozyme by synchrotron-radiation vacuum-ultraviolet circular dichroism.2009

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, K., Watanabe, H., Tate, S., Tachibana, H., ^*Gekko, K
    • 雑誌名

      Proteins 77

      ページ: 191-201

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phosphorylated intrinsically disordered region of fact masks its nucleosom al DNA binding elements2009

    • 著者名/発表者名
      Tsunaka, Y., Toga, J., Yamaguchi, H., Tate, S., Hirose, S., ^*Morikawa, K.
    • 雑誌名

      J.Biol. Chem. 284

      ページ: 24610-24621

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cloning and Characterization of Dihydrofolate Reductases from Deep-Sea Bacteria2009

    • 著者名/発表者名
      Murakami, C., ^*Ohmae, E., Tate, S., Gekko, K., Nakasako, K., Kato, C.
    • 雑誌名

      J.Biochem. (Tokyo) 147

      ページ: 591-599

    • 査読あり
  • [学会発表] NMRによる蛋白質の構造揺らぎと機能制御相関の観測2010

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 学会等名
      新学術領域研究シンポジウム「蛋白質の基質結合や構造変化における分子揺らぎの意義を討論する会」
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] Ligand-induced protein structural changed revealed by orientation induced TROSY shift changes2009

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Tate
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-11-11
  • [学会発表] NMRによるヌクレオソームシャペロンタンパク質HMGB2のドメイン相対配向解析2009

    • 著者名/発表者名
      上脇準一, 森内寛, 楯直子, 楯真一
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-11-10
  • [学会発表] DIORITE法を用いた高分子量タンパク質のドメイン相対配向解析2009

    • 著者名/発表者名
      岸本浩一, 田中利好, 河野俊之, 楯真一
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-11-10
  • [学会発表] NMRによるヌクレオソームシャペロンタンパク質HMGB2のドメイン相対配向解析2009

    • 著者名/発表者名
      上脇準一, 森内寛, 楯直子, 楯真一
    • 学会等名
      2009年度日本化学会西日本大会
    • 発表場所
      愛媛
    • 年月日
      2009-11-08
  • [学会発表] Protein structural dynamics and function relationships revealed by NMR spectroscopy2009

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Tate
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-31
  • [学会発表] HMGB2タンパク質に含まれる2っのドメインの溶液中における相対配向の決定2009

    • 著者名/発表者名
      上脇準一, 森内寛, 楯直子, 楯真一
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会 シンポジウム
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-29
  • [学会発表] 酸化LDL受容体蛋白質LOX-1の構造機能特性と本来の役割2009

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会 シンポジウム
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-21
  • [学会発表] NMRを用いたKcsAイオンチャネル開閉に伴う分子形態変化観測-試料調製の最適化とNMRスペクトル解析2009

    • 著者名/発表者名
      網田宏一, 楯真一
    • 学会等名
      特定領域シンポジウム「イオンチャネルの構造ダイナミクスII」
    • 発表場所
      福井
    • 年月日
      2009-08-31
  • [学会発表] NMRによる高分子量タンパク質分子形態変化観測技術-新たなタンパク質立体構造情報利用技術の開発に向けて2009

    • 著者名/発表者名
      楯真一
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「実験と計算機科学で解明する蛋白質機能構造」
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2009-07-31

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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