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2008 年度 実績報告書

量子ゆらぎと熱ゆらぎを考慮した高次系生体分子クラスターの分子論的解明

研究課題

研究課題/領域番号 20050027
研究機関横浜市立大学

研究代表者

立川 仁典  横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 教授 (00267410)

研究分担者 志賀 基之  日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究員 (40370407)
キーワード水和機構 / 化学物理 / クラスター / 経路積分 / 生体分子
研究概要

これまで我々は、より現実系に近い理論計算を実現するために、温度効果だけでなく水素原子核の量子揺らぎを考慮した多成分系分子理論を開発し、常温においても核の量子効果が重要であることを見出してきた。本課題においては、我々が展開してきた手法を駆使することにより、量子ゆらぎと熱ゆらぎを考慮した高次系生体分子水和クラスターを微視的に解明することを目的とする。
平成20年度は、経路積分分子動力学(PIMD)法を用いて、量子ゆらぎと熱ゆらぎを考慮した電子スペクトルを解析するためのプログラムの実装、およびその具体的計算を行った。テスト分子として、エチレン分子に適用した。基底状態、励起状態に対して、それぞれMP2/6-31+G^*、CIS(D)/6-31+G^*レベルで評価した。エチレンの平衡構造(D_<2h>対称性)では静的なab initio分子軌道計算から、許容遷移はB_<1u>(8.14eV、10.9eV、11.1eV)、B_<2u>(10.6eV)、B_<3u>(7.76eV、9.52eV)の6本が得られた。これに対して古典MD計算で熱的な寄与による幾何学的構造の揺らぎを考慮すると、分子振動によって大きく構造が歪んだだめ、電子スペクトルは線スペクトルではなく連続スペクトルとなった。さらに、量子ゆらぎをも考慮したab initio PIMD計算では、吸収帯がより広がり、実験で得られるような幅広のスペクトルを得ることができた。7.76eV(R状態、Π3s遷移)と8.14eV(V状態、ΠΠ*遷移)付近のピークに着目すると、平衡構造と、古典MD及びPIMD計算での強度の関係が逆転した。これは、C-C間の揺らぎによりΠΠ*遷移の分布が広がり、Π3s状態とΠΠ*状態が近接しながらともに低エネルギー側にシフトするためであることが解った。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (8件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Multi-Component First-Principles Calculation on Isotope Effect in Hydrogen-Bonded Dielectric Materials K_3H(SO_4)_2 and K_3D(SO_4)_22008

    • 著者名/発表者名
      M. Tachikawa
    • 雑誌名

      Integrated Ferroelectrics 100

      ページ: 72-78

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ultraviolet Spectroscopy and Theoretical Calculations of Mono-and Dihydrated Clusters of the Guanine Nucleosides : Possibility of Different Hydration Structures for Guanosine and 2'-Deoxyguanosine2008

    • 著者名/発表者名
      H. Saigusa, N. Mizuno, H. Asami, K. Takahashi, and M. Tachikawa
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jap 81

      ページ: 1274-1281

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature and isotope effects on water cluster ions with path integral molecular dynamics based on 4th order Trotter exnansion2008

    • 著者名/発表者名
      K. Suzuki, M. Shiga, and M. Tachikawa
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys 129

      ページ: 144310(8)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of small glycine-(H_2O)_n=2-7) clusters on semiempirical PM6 potential energy surfaces2008

    • 著者名/発表者名
      T. Takayanagi, T. Yoshikawa, A. Kakizaki, M. Shiga, and M. Tachikawa
    • 雑誌名

      J. Mol. Structure (Theochem) 869

      ページ: 29-36

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum Monte Carlo study of porphyrin transition metal complexes2008

    • 著者名/発表者名
      J. Koseki, R. Maezono, M. Tachikawa, M. D. Towler, and R. J. Needs
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys 128

      ページ: 085103(5)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Film Formation from Mixed Solutions of 1, 3, 5-Triazine-2, 4-dithione and Phosphate onto Au, Ag, and Cu Substrates2008

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, M. Suzuki, M. Tachikawa, A. Fujishima, T. Miyazaki, H. Hisamitsu, K. Kojima, and Y. Kadoma
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. C 112

      ページ: 6914-6923

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simultaneous analytical optimization of variational parameters in Gaussian-type functions with full configuration interaction of multi-component molecular orbital method by elimination of translational and rotational methods : Application to isotopomers of the hydrogen molecule2008

    • 著者名/発表者名
      T. Ishimoto, M. Tachikawa, and U. Nagashima
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys 128

      ページ: 164118 (9)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Geometric Isotope Effect on the N_2H_7+ Cation and N_2H_5 Anion by Ab Initio Path Integral Molecular Dynamics Simulation2008

    • 著者名/発表者名
      H. Ishibashi, A. Hayashi, M. Shiga, and M. Tachikawa
    • 雑誌名

      ChemPhysChem (Communication) 9

      ページ: 383-387

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab initio interpretation of Hund's rule for the methylene molecule : Variational optimization of its molecular geometries and energy component analysis2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Maruyama, K. Hongo, M. Tachikawa, Y. Kawazoe, and H. Yasuhara
    • 雑誌名

      Int. J. Quant. Chem 108

      ページ: 731-743

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analytical optimization of exponent values in protonic and deuteronic Gaussian-type functions by elimination of translational and rotational motions from multi-component molecular orbital scheme2008

    • 著者名/発表者名
      T. Ishimoto, M. Tachikawa, and U. Nagashima
    • 雑誌名

      Int. J. Quant. Chem 108

      ページ: 472-481

    • 査読あり
  • [学会発表] 多成分量子モンテカルロ法による陽電子ハロゲン化物複合体の理論的解析2009

    • 著者名/発表者名
      竹田知弘、北幸海、前園涼、立川仁典
    • 学会等名
      日本物理学会第63回年次大会
    • 発表場所
      池袋
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 第一原理経路積分分子動力学法を用いた電子スペクトルの解析2009

    • 著者名/発表者名
      杉本昌崇、志賀基之、立川仁典
    • 学会等名
      日本物理学会第63回年次大会
    • 発表場所
      池袋
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] Ab initio経路積分分子動力学法を用いた水酸化ナトリウム水和クラスターの解析2009

    • 著者名/発表者名
      小泉亮人、志賀基之、立川仁典
    • 学会等名
      日本物理学会第63回年次大会
    • 発表場所
      池袋
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] Ab initio経路積分分子動力学法を用いた電子スペクトルの解析2008

    • 著者名/発表者名
      杉本昌崇、志賀基之、立川仁典
    • 学会等名
      第2回分子科学討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-09-26
  • [学会発表] 多成分量子モンテカルロ法を用いた全自由度量子計算2008

    • 著者名/発表者名
      北幸海、前園涼、立川仁典
    • 学会等名
      第2回分子科学討論会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-09-25
  • [学会発表] 経路積分法を用いた水イオンクラスターの同位体効果と温度依存性2008

    • 著者名/発表者名
      鈴木机倫、志賀基之、立川仁典
    • 学会等名
      日本物理学会2008年秋季大会
    • 発表場所
      岩手大学
    • 年月日
      2008-09-22
  • [学会発表] 多成分量子モンテカルロ法による水素イオンクラスターの研究2008

    • 著者名/発表者名
      北幸海、前園涼、立川仁典
    • 学会等名
      日本物理学会2008年秋季大会
    • 発表場所
      岩手大学
    • 年月日
      2008-09-22
  • [学会発表] Geometric Isotope Effect on N_2H_7+ Cation by Ab Initio Path Integral Molecular Dynamics Simulation2008

    • 著者名/発表者名
      Masanori Tachikawa
    • 学会等名
      World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC2008)
    • 発表場所
      Sydney, Australia
    • 年月日
      2008-09-16
  • [備考]

    • URL

      http://www-user.yokohama-cu.acjp/%7etachi/html/Research/Publication/publication.html

  • [備考]

    • URL

      http://www-useryokohama-cu.acjp/%7etachi/htmlif_Research.htm

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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