• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2009 年度 実績報告書

時間分割共鳴ラマン分光法による二原子酸素添加酵素の構造ダイナミクス

研究課題

研究課題/領域番号 20050033
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

研究分担者 杉本 宏  , 城生体金属科学研究室, 専任研究員 (90344043)
キーワード二原子酸素添加酵素 / トリプトファン代謝 / ヘム鉄 / 酸素分子 / インドールアミン / 共鳴ラマン分光
研究概要

二原子酸素添加酵素(インドールアミン2,3ジオキシゲナーゼ/IDO、トリプトファン2,3ジオキシゲナーゼ/TDO)は、動物中のトリプトファン代謝において重要な機能を果たしている鉄含有酵素である。変異体調製と共鳴ラマン分光法を用いて、本酵素の構造ダイナミクスおよび活性中心の電子状態を基盤に明らかにすることにより、構造と機能の関連を議論した。成果は、以下の3点に要約できる。
1. IDOの2つのドメインをつなぐループは、酵素の活性中心近傍に存在しており、非常に柔軟な構造をとっている。そのループ上のいくつかの残基の変異体を作成し、活性、酵素反応、共鳴ラマンスペクトルの測定を行った。その結果、Ser263はループ構造を安定化しており、Gly261とAla264は酵素への基質(トリプトラァン)の結合において重要な機能を果たしていることを明らかにした。一方、Ala260とGly262は基質結合に関与していないが、IDOの酵素反応の特徴である基質阻害に関係あることを明らかにした。
2. IDO、酸素、基質をpH8、高濃度の基質で反応させることにより、鉄四価オキソ(Fe^<4+>=0)型の短寿命反応中間体が現れることを、共鳴ラマン分光法により明らかにした。この高酸化状態が、IDOの酵素反応において果たす役割は未解明であるが、真の反応中間体である可能性、基質阻害に関係する可能性が指摘されており、今後の議論が待たれる。
3. TDOへの基質結合に伴う共鳴ラマンスペクトルの変化を詳細に解析し、ホモ四量体であるTDOへの基質結合には協同性があることを見いだした。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (12件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Cooperative Binding of L-Trp to Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase : Resonance Raman Spectroscopic Analysis2009

    • 著者名/発表者名
      E.Fukumura, H.Sugimoto, Y.Misumi, T.Ogura, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Biochem. 145

      ページ: 505-515

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ligand Energy Controls the Heme-Fe Valence in Aqueous Myoglobins2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Harada, M.Taguchi, Y.Miyajima, T.Tokushima, Y.Horikawa, A.Chainani, Y.Shiro, Y.Senba, H.Ohashi, H.Fukuyama, S.Shin
    • 雑誌名

      J.Phys.Soc.Jpn. 78

      ページ: 044802-1-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of a New Cyan Fluorescent Protein and Its Hue-shifted Variants2009

    • 著者名/発表者名
      A.Kikuchi, E.Fukumura, S.Karasawa, Y.Shiro, A.Miyawaki
    • 雑誌名

      Biochemistry 48

      ページ: 5276-5283

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical and Experimental Studies of the Conversion of Chromopyrrolic Acid to an Antitumor Derivative by Cytochrome P450 StaP : The Biological Role of Water Molecules2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Wang, H.Chen, M.Makino, Y.Shiro, S.Nagano, S.Asamizu, H.Onaka, S.Sason
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 131

      ページ: 6748-6762

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme-dependent Autophosphorylation of a Heme Sensor Kinase, ChrS from Corynebacterium diphtheriae Reconstituted in Proteoliposomes2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, S.Nakagawa, A.Komagata, M.Ikeda-Saito, Y.Shiro, H.Nakamura
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 583

      ページ: 2244-2248

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of PAS-linked Histidine Kinase and the Response Regulator Complex2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yamada, H.Sugimoto, M.Kobayashi, A.Ohno, H.Nakamura, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Structure 17

      ページ: 1333-1344

    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray Crystal Structure of the Michaelis Complex of Aldoxime Dehydratase2009

    • 著者名/発表者名
      H.Sawai, H.Sugimoto, Y.Kato, Y.Asano, Y.Shiro, S.Aono
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 284

      ページ: 32089-32096

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the Fe-O_2 and the Fe=O Heme Species for Indoleamine 2, 3-Dioxygenase during Catalytic Turnover2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yanagisawa, K.Yotsuya, Y.Hashiwaki, M.Horitani, H.Sugimoto, Y.Shiro, T.Ogura
    • 雑誌名

      Chem.Lett. 39

      ページ: 36-37

    • 査読あり
  • [学会発表] Detection of the Iron-Oxygen Stretching Raman Mode for Human Indoleamine 2, 3 Dioxygenase in the Oxygenated Form2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yanagishita, K.Yotsuya, M.Horitani, H.Sugimoto, Y.Shiro, Y.Hashiwaki, T.Ogura
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      20090726-20090729
  • [学会発表] DFT and ONION Studies on a Missing Piece in Our Understanding of Heme Chemistry : Bacterial Tryptophan 2, 3-Dioxygenase(TDO)2009

    • 著者名/発表者名
      L.W.Chung, X.Li, H.Sugimoto, Y.Shiro, K.Morokuma
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      20090726-20090729
  • [学会発表] Role of the Amino Acid Residues in the Active Site of Human Indoleamine 2, 3-Dioxygenase2009

    • 著者名/発表者名
      M.Horitani, E.Kometani, H.Sugimoto, Y.Shiro
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      20090726-20090729
  • [学会発表] Cooperative L-Trp Binding to Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase Revealed by Resonance Raman Spectroscopy2009

    • 著者名/発表者名
      E.Fukumura, H.Sugimoto, Y.Misumi, T.Ogura, Y.Shiro
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      20090726-20090729
  • [学会発表] 膜貫通型一酸化窒素還元酵素の結晶構造2009

    • 著者名/発表者名
      松本悠史、杉本宏、日野智哉、永野真吾、城宜嗣
    • 学会等名
      第46回生物物理学会
    • 発表場所
      徳島、日本
    • 年月日
      2009-12-03
  • [学会発表] 共鳴ラマン分光法によるトリプトファン2,3ジオキシゲナーゼの反応機構解析2009

    • 著者名/発表者名
      福村栄維子、三角裕子、杉本宏、永野真吾、瀧尾こう二、井柳尭、小倉尚志、城宜嗣
    • 学会等名
      第46回生物物理学会
    • 発表場所
      徳島、日本
    • 年月日
      2009-12-03
  • [学会発表] ガスクロマトグラフィーを用いた膜結合型一酸化窒素還元酵素の活性測定2009

    • 著者名/発表者名
      本多佑輔、永野真吾、城宜嗣
    • 学会等名
      第82回日本生化学会
    • 発表場所
      神戸、日本
    • 年月日
      2009-10-22
  • [学会発表] 電子供与体キノールから一酸化窒素還元酵素への電子伝達2009

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、松本悠史、永野真吾、城宜嗣
    • 学会等名
      第82回日本生化学会
    • 発表場所
      神戸、日本
    • 年月日
      2009-10-22
  • [学会発表] 脂質ナノデイスクに再構成したジフテリア菌ChrSのヘム結合とリン酸基転移2009

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽子、中村寛夫、城宜嗣
    • 学会等名
      第82回日本生化学会
    • 発表場所
      神戸、日本
    • 年月日
      2009-10-22
  • [学会発表] 分子構造を基盤にしたP450の生理機能の理解2009

    • 著者名/発表者名
      城宜嗣
    • 学会等名
      第82回日本生化学会
    • 発表場所
      神戸、日本
    • 年月日
      2009-10-21
  • [学会発表] Structure and Mechanism of Enzymes Involved in Indolocarbazole Biosynthesis2009

    • 著者名/発表者名
      S.Nagano, H.Onaka, S.Shaik, Y.Shiro
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-29
  • [学会発表] Structure and Function of Nitric Oxide Reductases ; Chemistry of NO Reduction and N_2O formation2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro
    • 学会等名
      14th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-27
  • [図書] いま、注目を集めるヘム鉄2009

    • 著者名/発表者名
      原田慈久、辛埴、城宜嗣
    • 総ページ数
      1108-1112
    • 出版者
      科学11(岩波書店)
  • [図書] 金属酵素の反応中間体の電子状態・構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      城宜嗣、藤井浩
    • 総ページ数
      7(699)-18(710)
    • 出版者
      固体物理11

URL: 

公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi