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2008 年度 実績報告書

Gq型G蛋白質共役光受容体のX線構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 20054008
研究機関名古屋大学

研究代表者

村上 緑  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20324387)

研究分担者 神山 勉  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30170210)
キーワードロドプシン / X線結晶構造解析 / GPCR / 反応中間体
研究概要

視物質ロドプシンは網膜視細胞に存在する光受容膜蛋白質である。研究代表者らはスルメイカのロドプシンについてX線結晶構造解析を行い、昨年度までに基底状態の立体構造を2.5A分解能で決定し、無脊椎動物型ロドプシン活性化における分子内シグナル伝達に寄与すると考えられる特徴的な構造を見出した。今年度は光反応初期中間体であるバソロドプシンの結晶構造解析を目指し、結晶中でバソ反応中間体を捕捉し、X線回折実験に適した条件を検討した。液体窒素温度に冷却した結晶に対して青色光を照射すると、全トランス型レチナールを含むバソ反応中間体が捕捉される。通常安全といわれているX線量で基底状態とバソ中間体の回折データセットを連続して収集した場合、バソ中間体形成に伴う構造変化はレチナール近傍には見られず、GPCRの活性化および構造保持に寄与する残基がX線損傷を受けていることが確認された。一方、青色光照射によりバソ中間体、赤橙色光照射により11-cis型ロドプシン(および9-シス型レチナールを含むイソロドプシン)を可逆的に生成させ、それぞれの状態についてX線回折データを収集し、さらにX線損傷の影響を除去した結果、少ないX線量を照射した場合にのみ、2状態間で活性部位近傍の電子密度に有意な差が観察された。この差電子密度マップに基づきバソ中間体の構造モデルを構築した。構造比較の結果、バソ中間体形成に伴いレチナールがゆがんだ全トランス型へ構造変化し、近傍のアミノ酸残基の側鎖に微小な変位が生じることが明らかとなった。また、タコロドプシンについては、結晶化に適した簡便な精製方法を確立することができた。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (9件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] イカロドプシンの結晶構造と無脊椎動物の視覚2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 雑誌名

      生物物理 49

      ページ: 15-16

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functionally important structural elements of the cyanobacterial clock-related protein Pex2009

    • 著者名/発表者名
      S. Kurosawa, R. Murakami, K. Onai, M. Morishita, D. Hasegawa, R. Iwase, T. Uzumaki, F. Hayashi, T. Kitajima-Ihara, S. Sakata, M. Murakami, T. Kouyama and M. Ishiura
    • 雑誌名

      Genes Cells 14

      ページ: 1-16

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 363-367

    • 査読あり
  • [雑誌論文] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 雑誌名

      実験医学 26

      ページ: 2237-2240

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of xenon binding to a hydrophobic cavity on the proton pumping cycle in bacteriorhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, T. Kasahara, D. Hasegawa, K. Yoshimura, M. Murakami and T. Kouyama
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol 384

      ページ: 1812-823

    • 査読あり
  • [学会発表] イカロドプシン光反応初期中間体の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      第4回日本生物物理学会中部支部討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-31
  • [学会発表] イカロドプシン光異性化反応の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      シンポジウム : 名大の生物物理の生誕50周年
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-26
  • [学会発表] イカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのアルカリpHでの光誘起構造変化2008

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] Crystallization of visual pigments and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami, K. Yoshimura and M. Yamamoto
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka
    • 年月日
      20080823-31
  • [学会発表] Protein-lipid interactions in 3D crystals of squid rhodopsin and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami and K. Y oshimura
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 年月日
      20080615-19
  • [学会発表] Dimeric structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 年月日
      20080615-19
  • [学会発表] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20080610-12
  • [学会発表] X-ray structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      International symposium on membrane proteins and high resolution X-ray structural analysis
    • 発表場所
      Hyogo
    • 年月日
      2008-09-01
  • [備考]

    • URL

      http://www.nagoya-u.ac.jp/pdf/research/news/20080515sci.pdf?20090424

  • [備考]

    • URL

      http://www.spring8.or.jp/ja/current_result/pressrelease/2008/080515-2

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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