癌における転写制御変異の統合的解析

2010 年度 自己評価報告書

• 研究課題/領域番号: 20221009
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• キーワード: 機能ゲノミクス / ゲノム / エピゲノム / がん

研究概要

細胞が癌化するプロセスにおいて種々の遺伝子あるいはゲノム変異が蓄積し、転写ネットワークの制御に破綻を生じる。
多重な転写制御系を理解するためには、それぞれの転写因子およびその複合体のゲノム上での局在、クロマチン構造の変化、転写活性の多様性を測定し、転写応答にどのように反映されるかを解析する。
(1)染色体機能解析
1.シストローム解析
2.エピゲノム解析
3.転写産物解析(トランスクリプトーム)
(2)ゲノム多様性に基づく転写制御領域同定
(3)転写制御ネットワークの統合解析

研究成果

• [雑誌論文] Tissue-specific emethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Fujita T, Yamamoto S, Tsutsumi S, Nonaka A, Yoshiba S, Matsusaka K, Midorikawa Y, Ishikawa S, Soejima H, Fukayama M, Suemori H, Nakatsuji N, Kume S, Aburatani H.
  • 雑誌名: Hum Mol Genetics accepted
• [雑誌論文] International Cancer Genome Consortium. International network of cancer genome projects. (2010)
  • 雑誌名: Nature 464(7291) ページ: 993-998
• [雑誌論文] Genome-wide single nucleotide polymorphism arrays in endometrial carcinomas associate extensive chromosomal instability with poor prognosis and unveil frequent chromosomal imbalances involved in P13-kinase pathway. (2010)
  • 著者名/発表者名: Murayama-Hosokawa S, Oda K, Nakagawa S, Ishikawa S, Yamamoto S, Shoji K, Ikeda Y, Uehara Y, Fukayama M, McCormick F, Yano T, Taketani Y, Aburatani H.
  • 雑誌名: Oncogene 29(13) ページ: 1897-1908
• [雑誌論文] PH domain-only protein PHLDA3 is a p53-regulated repressor of Akt. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawase T, Ohki R, Shibata T, Tsutsumi S, Kamimura N, Inazawa J, Ohta T, Ichikawa H, Aburatani H, Tashiro F, Taya Y.
  • 雑誌名: Cell 136(3) ページ: 535-550
• [雑誌論文] Allelic imbalances and homozygous deletion on 8p23.2 for stepwise progression of hepatocarcinogenesis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Midorikawa Y, Yamamoto S, Tsuji S, Kamimura N, Ishikawa S, Igarashi H, Makuuchi M, Kokudo N, Sugimura H, Aburatani H.
  • 雑誌名: Hepatology 49(2) ページ: 513-522
• [雑誌論文] ChIP-chip analysis of Smad2/3 binding sites reveals roles of ETS1 and TFAP2A in TGF-{beta}signaling. (2009)
  • 著者名/発表者名: Koinuma D, Tsutsumi S, Kamimura N, Taniguchi H, Miyazawa K, Sunamura M, Imamura T, Miyazono K, Aburatani H.
  • 雑誌名: Mol Cell Biol. 29(1) ページ: 172-186
• [雑誌論文] The S100A8-serum amyloid A3-TLR4 paracrine cascade establishes a pre-metastatic phase. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiratsuka S, Watanabe A, Sakurai Y, Akashi-Takamura S, Ishibashi S, Miyake K, Shibuya M, Akira S, Aburatani H, Maru Y.
  • 雑誌名: Nat Cell Biol. 10(11) ページ: 1349-1355
• [雑誌論文] High-resolution haracterization of a patocellular carcinoma genome.
  • 著者名/発表者名: Totoki Y, Tatsuno K, Yamamoto S, Arai Y, Hosoda F, Ishikawa S, Tsutsumi S, Sonoda K, Totsuka H, Shirakihara T, Sakamoto H, Wang L, Ojima H, Shimada K, Kosuge T, Okusaka T, Kato K, Kusuda J, Yoshida T, Aburatani H, Shibata T.
  • 雑誌名: Nature genetics accepted
• [学会発表] Epigenomic regulation of p53 pathway (2008)
  • 学会等名: HGM2008
  • 発表場所: Hyderabad
  • 年月日: 20080927-20080930
• [学会発表] Epigenetic dynamics
  • 学会等名: 2009 International Conference on Genomics-Human and Beyond
  • 発表場所: Shenzhen, China
  • 年月日: 00001103-00001105
• [学会発表] Genomic and epigenomic alterations in liver cancer. (0)
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Asia meeting James Watson symposium on Cancer
  • 発表場所: Suzhou, China
  • 年月日: 00000408
• [備考] ホームページ
  • URL: www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
• [産業財産権] 発現量多様性を有する遺伝子の同定法 (2008)
  • 発明者名: 油谷浩幸、石川俊平
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権番号: 特許,特許登録4111985号
  • 取得年月日: 2008-04-18