癌における転写制御変異の統合的解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20221009
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
• 連携研究者: 石川 俊平 東京大学, 医学部, 准教授 (50418638) ; 堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (30345152)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• キーワード: ゲノム / エピゲノム / がん / 転写制御 / クロマチン

研究概要

網羅的なゲノム・エピゲノム解析技術を確立するともに、癌細胞における転写制御の異常に関する統合的解析を行った。増殖、分化に関わる転写因子の標的分子の同定に加えて、ヒストン修飾、DNAメチル化、クロマチンアクセスなどエピゲノム修飾が分化や細胞老化プロセス,ウイルス感染においてダイナミックに変動することが明らかとなった。一方、肝細胞癌、膵癌をはじめとするがん細胞ゲノムに生じた体細胞変異を同定した。

研究成果

• [雑誌論文] Genomic approach towards personalized anticancer drug therapy (2012)
  • 著者名/発表者名: Midorikawa Y, Tsuji S, Takayama T, Aburatani h
  • 雑誌名: Pharmacogenomics 巻: 13(2) ページ: 191-9
  • DOI: doi:10.2217/pgs.11.157
• [雑誌論文] Whole-exome sequencing of human pancreatic cancers and characterization of genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency and complete deficiency (2012)
  • 著者名/発表者名: Wang L, Tsutsumi S, Kawaguchi T,Nagasaki K, Tatsuno K, Yamamoto S, SangF, Sonoda K, Sugawara M, Saiura A,Hirono S, Yamaue H, Miki Y, Isomura M,Totoki Y, Nagae G, Isagawa T, Ueda H,Murayama-Hosokawa S, Shibata T,Sakamoto H, Kanai Y, Kaneda A, Noda T,Aburatani H
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 22(2) ページ: 208-19
  • DOI: doi:10.1101/gr.123109.111
• [雑誌論文] Intermediate methylation epigenotype and its correlation to KRAS mutation in conventional colorectal adenoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Yagi K, Takahashi H, Akagi K, Matsusaka K, Seto Y, Aburatani H, Nakajima A,Kaneda A
  • 雑誌名: Am J Pathology 巻: 180(2) ページ: 616-25
  • DOI: doi:10.1016/j.ajpath.2011.10.010
• [雑誌論文] Potential responders to FOLFOX therapy for colorectal cancer by Random Forests analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Tsuji S, Midorikawa Y, Takahashi T, Yagi K, Takayama T, Yoshida K, Sugiyama Y,Aburatani H
  • 雑誌名: Br J Cancer 巻: 106(1) ページ: 126-32
  • DOI: doi:10.1038/bjc.2011.505
• [雑誌論文] Identification of a link between Wnt/β-catenin signalling and the cell fusion pathway (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsuura K, Jigami T, Taniue K, Morishita Y, Adachi S, Senda T, Nonaka A,Aburatani H, Nakamura T, Akiyama T
  • 雑誌名: Nat Commun 巻: 2 ページ: 548
  • DOI: doi:10.1038/ncomms1551
• [雑誌論文] Activation of Bmp2-Smad1 signal and its regulation by coordinated alteration of H3K27 trimethylation in Ras-induced senescence (2011)
  • 著者名/発表者名: Kaneda A, Fujita T, Anai M, Yamamoto S,Nagae G, Morikawa M, Tsuji S, Oshima M,Miyazono K, Aburatani H
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: 7(11) ページ: e1002359
  • DOI: doi:10.1371/journal.pgen.1002359
• [雑誌論文] Global Mapping of Cell-Type-Specific Open Chromatin by FAIRE-seq Reveals the Regulatory Role of the NFI Family in Adipocyte Differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Waki H, Nakamura M, Yamauchi T,Wakabayashi K, Yu J, Hirose-Yotsuya L,Take K, Sun W, Iwabu M, Okada-Iwabu M,Fujita T, Aoyama T, Tsutsumi S, Ueki K,Kodama T, Sakai J, Aburatani H, Kadowaki T
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: 7(10) ページ: e1002311
  • DOI: doi:10.1371/journal.pgen.1002311
• [雑誌論文] DNA Methylation Profiling of Embryonic Stem Cell Differentiation into the Three Germ Layers (2011)
  • 著者名/発表者名: Isagawa T, Nagae G, Shiraki N, Fujita T, Sato N, Ishikawa S, Kume S, Aburatani H
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6(10) ページ: e26052
  • DOI: doi:10.1371/journal.pone.0026052
• [雑誌論文] Classification of Epstein-Barr virus positive gastric cancers by definition of DNA methylation epigenotypes (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsusaka K, Kaneda A, Nagae G, Ushiku T, Kikuchi Y, Hino R, Uozaki H, Seto Y,Takada K, Aburatani H, Fukayama M
  • 雑誌名: Cancer Res 巻: 71(23) ページ: 7187-97
  • DOI: doi:10.1158/0008-5472.CAN-11-1349
• [雑誌論文] ChIP-seq reveals cell type-specific binding patterns of BMP-specific Smads and a novel binding motif (2011)
  • 著者名/発表者名: Morikawa M, Koinuma D, Tsutsumi S,Vasilaki E, Kanki Y, Heldin CH, Aburatani H, Miyazono K
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 39(20) ページ: 8712-27
  • DOI: doi:10.1093/nar/gkr572
• [雑誌論文] Homozygously deleted gene DACH1 regulates tumor-initiating activity of glioma cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe A, Ogiwara H, Ehata S, Mukasa A, Ishikawa S, Maeda D, Ueki K, Ino Y,Todo T, Yamada Y, Fukayama M, Saito N,Miyazono K, Aburatani H
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 108(30) ページ: 12384-9
  • DOI: doi:10.1073/pnas.0906930108
• [雑誌論文] Epigenetically coordinated GATA2 binding is necessary for endothelium-specific endomucin expression (2011)
  • 著者名/発表者名: Kanki Y, Kohro T, Jiang S, Tsutsumi S, Mimura I, Suehiro JI,Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Iwanari H, Naito M, Hamakubo T,Aburatani H, Kodama T, Minami T
  • 雑誌名: EMBO J 巻: 30(13) ページ: 2582-95
  • DOI: doi:10.1074/jbc.M110.217745
• [雑誌論文] Cell-type specific target selection by combinatorial binding of Smad2/3 an hepatocyte nuclear factor 4{alpha} in HepG2 cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Mizutani A, Koinuma D, Tsutsumi S,Kamimura N, Morikawa M, Suzuki HI,Imamura T, Miyazon K, Aburatani H
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 286(34) ページ: 29848-60
  • DOI: doi:10.1074/jbc.M110.217745
• [雑誌論文] High-resolution characterization of a hepatocellular carcinoma genome (2011)
  • 著者名/発表者名: Totoki Y, Tatsuno K, Yamamoto S, Arai Y, Hosoda F, Ishikawa S, Tsutsumi S,Sonoda K, Totsuka H, Shirakihara T,Sakamoto H, Wang L, Ojima H, Shimada K, Kosuge T, Okusaka T, Kato K, Kusuda J, Yoshida T, Aburatani H & S h i b a t a T
  • 雑誌名: Nat Genet 巻: 43(5) ページ: 464-9
  • DOI: doi:10.1038/ng.804
• [雑誌論文] Tissue-specific demethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Fujita T, Yamamoto S, Tsutsumi S, Nonaka A,Yoshiba S, Matsusaka K, Midorikawa Y,Ishikawa S, Soejima H, Fukayama M,Suemori H, Nakatsuji N, Kume S,Aburatani H
  • 雑誌名: Hum Mol Genetics 巻: 20(14) ページ: 2710-21
  • DOI: doi:10.1093/hmg/ddr170
• [雑誌論文] International network of cancer genome projects (2010)
  • 著者名/発表者名: International Cancer Genome Consortium
  • 雑誌名: Nature 巻: 464(7291) ページ: 993-8
  • DOI: doi:10.1038/nature08987
• [雑誌論文] Genome-wide single nucleotide polymorphism arrays in endometrial carcinomas associate extensive chromosomal instabilitywith poor prognosis and unveil frequent chromosomal imbalances involved in PI3-kinase pathway (2010)
  • 著者名/発表者名: Murayama-Hosokawa S, Oda K, Nakagawa S, Ishikawa S, Yamamoto S, Shoji K,Ikeda Y, Uehara Y, Fukayama M,McCormick F, Yano T, Taketani Y, Aburatani H
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 29(13) ページ: 1897-908
  • DOI: doi:10.1038/onc.2009.474
• [雑誌論文] PH domain-only protein PHLDA3 is a p53-regulated repressor of Akt (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawase T, Ohki R, Shibata T, Tsutsumi S, Kamimura N, Inazawa J, Ohta T, Ichikawa H, Aburatani H, Tashiro F, Taya Y
  • 雑誌名: Cell 巻: 136(3) ページ: 535-50
  • DOI: doi:10.1016/j.cell.2008.12.002
• [雑誌論文] Allelic imbalances and homozygous deletion on 8p23.2 for stepwise progression of hepatocarcinogenesis (2009)
  • 著者名/発表者名: Midorikawa Y, Yamamoto S, Tsuji S,Kamimura N, Ishikawa S, Igarashi H,Makuuchi M, Kokudo N, Sugimura H,Aburatani H
  • 雑誌名: Hepatology 巻: 49(2) ページ: 513-22
  • DOI: doi:10.1002/hep.22698
• [雑誌論文] ChIP-chip analysis of Smad2/3 binding sites reveals roles of ETS1 and TFAP2A in TGF-{beta} signaling (2009)
  • 著者名/発表者名: Koinuma D, Tsutsumi S, Kamimura N,Taniguchi H,Miyazawa K,Sunamura M , Imamura T, Miyazono K, Aburatani H
  • 雑誌名: Mol Cell Biol 巻: 29(1) ページ: 172-86
  • DOI: doi:10.1128/MCB.01038-08
• [雑誌論文] The S100A8-serum amyloid A3-TLR4 paracrine cascade establishes a pre-metastatic phase (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiratsuka S, Watanabe A, Sakurai Y,Akashi-Takamura S, Ishibashi S,Miyake K, Shibuya M, Akira S,Aburatani H, Maru Y
  • 雑誌名: Nat Cell Biol 巻: 10(11) ページ: 1349-55
  • DOI: doi:10.1038/ncb1794
• [学会発表] Cancer Genomics to Drug discovery (2012)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: Next Generation Sequencing Applications Asia
  • 発表場所: Singapore
  • 年月日: 2012-03-28
• [学会発表] Methylation dynamics in cancer (2012)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: The 15th US-Japan Cellularand Gene Therapy Conference
  • 発表場所: Bethesda
  • 年月日: 2012-02-23
• [学会発表] Cancer genomics and epigenomics (2011)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: International Scientific Coordination Network
  • 発表場所: モンペリエ
  • 年月日: 2011-11-24
• [学会発表] Genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency in pancreatic cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: US-Japan Cancer Genomics and Epigenomics Workshop
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-10-24
• [学会発表] Current Challenges & New Technologies (2011)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: 5th ICGC Scientific Workshop
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2011-07-10
• [学会発表] Next generation genomic analysis of hepatocellular carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: International Symposium on Application of NGS on Genomics and Epigenomics
  • 発表場所: 台北
  • 年月日: 2011-06-27
• [学会発表] Integrated genomic analysis of liver cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: The Latest Advances in Liver Cancer Research
  • 発表場所: 舞浜
  • 年月日: 2011-03-02
• [学会発表] Epigenomic analysis of liver cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: 41th International Symposium of the Princess Takamatsu Cancer Research Fund:Basic and Clinical Frontiers of cancer epigenetics
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-11-18
• [学会発表] Genome-wide Profiling of Cell Type-Specific Chromatin Regulatory Elements in Adipocyte differentiation (2010)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: The 5th Asian Epigenomics Meeting
  • 発表場所: Jeju,Korea
  • 年月日: 2010-06-21
• [学会発表] Genomic and epigenomic alterations in liver cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Asia meeting James Watson symposium on Cancer
  • 発表場所: Suzhou, China
  • 年月日: 2010-04-08
• [学会発表] Regulatory genomics:Epigenomic regulation of p53 pathway (2009)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: Northeastern Asian Symposium on Cancer Epigenetics
  • 発表場所: Jeju,Korea
  • 年月日: 2009-11-07
• [学会発表] Epigenetic dynamics 2009 International Conference on Genomics-Human and Beyond (2009)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 発表場所: Shenzhen, China
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in cancer (2009)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: 8th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: Tokyo
  • 年月日: 2009-06-18
• [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer (2009)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: Gordon Research Conference: Cancer Genetics&Epigenetics
  • 発表場所: Ventura, CA USA
  • 年月日: 2009-01-30
• [学会発表] Epigenomic profiling:Global DNA methylation profiles in differentiation from ES cells (2008)
  • 著者名/発表者名: 油谷浩幸
  • 学会等名: 7th Human Genome Organization (HUGO)-Pacific meeting
  • 発表場所: Cebu, Phillipine
  • 年月日: 2008-04-02
• [備考]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
• [産業財産権] 膵癌の診断薬および治療薬 (2012)
  • 発明者名: 油谷浩幸、岩成宏子、河野功
  • 権利者名: 東京大学ほか
  • 産業財産権番号: 特許,5090342
  • 取得年月日: 2012-09-21
  • 外国
• [産業財産権] 腎癌の診断薬および治療薬 (2012)
  • 発明者名: 油谷浩幸、深山正久、森川鉄平、河野功、杉山暁
  • 権利者名: 東京大学ほか
  • 産業財産権番号: 特許,5115921号
  • 取得年月日: 2012-10-26
  • 外国
• [産業財産権] 抗ROBO1抗体を含むPET用腫瘍診断剤 (2012)
  • 発明者名: 岩成宏子、油谷浩幸、浜窪隆雄、河野功、熊倉嘉貴、伊藤浩孝、先浜俊子、百瀬敏光
  • 権利者名: 東京大学ほか
  • 産業財産権番号: 特許,5117765号
  • 取得年月日: 2012-10-26
  • 外国
• [産業財産権] 発現量多様性を有する遺伝子の同定法 (2008)
  • 発明者名: 油谷浩幸、石川俊
  • 権利者名: 東京大学ほか
  • 産業財産権番号: 特許,第4111985号
  • 取得年月日: 2008-04-18
  • 外国