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2010 年度 実績報告書

転写マシナリーと核内微細構造のダイナミックプロテオミクス

研究課題

研究課題/領域番号 20221010
研究機関東京大学

研究代表者

浜窪 隆雄  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)

研究分担者 三好 元介  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (40345137)
井原 茂男  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)
望月 康弘  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (80282523)
岩成 宏子  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (20176556)
内藤 眞  新潟大学, 医歯学系, 教授 (30045786)
キーワードプロテオミクス / 核内受容体 / 転写調節 / スプライシング / 核スペックル / 細胞周期 / 核小体 / 軟X線顕微鏡
研究概要

核内受容体HNF4αについて高親和性の抗体磁気ビーズによる免疫精製および高感度ショットガンMS解析法を開発し、内在性のHNF4α複合体を培養ディッシュ1枚から定量的に同定した。HNF4αのアイソフォームやりん酸化等の修飾を見出し、またHNFγとヘテロ2両体を形成して糖代謝に重要なCIDE-B遺伝子等を制御していることを明らかにした。さらに、相互作用するクロマチンリモデリング複合体やHATコンプレックスを同定し、新規の転写コファクター候補を同定した。mRNAの安定性やオルタナティブスプライシングに関係するWTAPについて,相互作用するタンパク質を同様にHUVEC細胞から同定し、4種類のタンパク質について抗体を作製し,細胞周期や核内局在に関する解析を行った。これらの複合体構成タンパク質がWTAPのスペックル局在に関与することを明らかにした。また,標的RNAの網羅的解析のため,Par-Clip法を開発した。同定されたRNA、特にnon-coding RNAについて解析を行った。核内受容体LXRαについて、特異抗体を用いた蛍光染色により、HepG2細胞において、核小体への分布があることを突き止めた。リボゾーマルRNAの転写調節との関連が示唆された。
軟X線顕微鏡による観察法を開発するため,核膜タンパク質エメリンに対する抗体を作製した。また、軟X線顕微鏡に適したシリコンナイトライドを用いたサンプルホルダーを開発して細胞を固定し、エメリン抗体および金属コロイド付加2次抗体を用いて、Hela細胞の簡易型軟X線顕微鏡による撮像に成功した。

  • 研究成果

    (39件)

すべて 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (27件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Soft X-ray Laser Microscopy of Lipid Rafts towards GPCR-Based Drug Discover Using Time-Resolved FRET Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Baba M,KozasaT,Hamakubo T,Kuroda H,Masuda K,YoneyaS and Kodama T
    • 雑誌名

      Pharmaceuticals

      巻: 4 ページ: 524-550

    • DOI

      doi:10.3390/ph4030524

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A method of generating antibodies against exogenously administered self-antigen by manipulating CD4+CD25+ regulatory T cells2011

    • 著者名/発表者名
      Iwanari H, Nakada-Nakura Y, Kusano-Arai O, Suzuki N, Kodama T, Sakihama T, Hamakubo T
    • 雑誌名

      Journal of Immunological Method

      巻: in press(掲載確定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fenofibrate suppresses growth of the human hepatocellular carcinoma cell via PPARa-independent mechanisms.2011

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki D, Kawabe N, Nakamura H, Tachibana K, Ishimoto K, Tanaka T, Aburatani H, Sakai J, Hamakubo T, Kodama T, Doi T
    • 雑誌名

      Eur J Cell Biol.

      巻: Apr 20 in press(掲載確定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epigenetically coordinated GATA2binding is necessary for endothelium specific endomucin sxpression2011

    • 著者名/発表者名
      Kanki Y, Kohro T, Jiang S, Tsutsumi S, Mimura I, Suehiro J, Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Iwanari H, Naito M, Hamakubo T, Aburatani H, Kodama T, Minami T.
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: in press(掲載確定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pentraxin 3 (PTX3) expression and release by neutrophils in vitro and in ulcerative colitis.2011

    • 著者名/発表者名
      Savchenko AS, Inoue A, Ohashi RJiang S, Hasegawa G, Tanaka T, Hamakubo T, Kodama T, Aoyagi Y, Ushiki T, Naito M.
    • 雑誌名

      Pathol Int

      巻: in press(掲載確定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel screening system for claudin binder using baculoviral display.2011

    • 著者名/発表者名
      Kakutani H, Takahashi A, Kondoh M, Saito Y, Yamaura T, Sakihama T, Hamakubo T, Yagi K.
    • 雑誌名

      PLoS One.

      巻: Febl4;6(2) ページ: e16611

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Visual observation of avidin-biotin affinity by fluorescent G4.5 poly(amidoamine)dendrimer.2011

    • 著者名/発表者名
      Saravanan G, Daigo K, Imae T, Hamakubo T.
    • 雑誌名

      Colloids Surf B Biointerfaces.

      巻: Mar 1;83(1) ページ: 58-60

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The predominant expression of hepatocyte nuclear factor 4α(HNF4α)inthyroid transcription factor-1(TTF-1)-negative pulmonary adenocarcinoma2011

    • 著者名/発表者名
      Kunii R, Jiang S, Hasegawa G, Yamamoto T, Umezu H, Watanabe T, Tsuchida M, Hashimoto T, Hamakubo T, Kodama T, Sasai K, Nait M
    • 雑誌名

      Histopathology.

      巻: Feb;58(3) ページ: 467-476

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of native hepatocyte nuclear factor-4α(HNF4α)isoforms, phosphorylation status, and interactive cofactors.2011

    • 著者名/発表者名
      Daigo K, Kawamura T, Ohta Y, Ohashi R, Katayose S, Tanaka T, Aburatani H, Naito M, Kodama T, Ihara S, Hamakubo T.
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: Jan7;286 ページ: 674-686

    • DOI

      10.1074/jbc.M110.154732

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Active RNA Polymerases : Mobile or Immobile Molecular Machines.2010

    • 著者名/発表者名
      Papantonis A, Larkin JD, Wada Y.Ohta Y, Ihara S, Kodama T, Cook PR
    • 雑誌名

      PLoS Biology

      巻: Issue 7 ページ: e1000419

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sterol-regulatory-element binding protein 2 and nuclear factor Y control human farnesyl diphosphate synthase expression and affect cell proliferation in hepatoblastoma cells.2010

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto K, Tachibana K, Hanano I, Yamasaki D, Nakamura H, Kawai M, Urano Y, Tanaka T, Hamakubo T, Sakai J, Kodama T, Doi.
    • 雑誌名

      Biochem J.

      巻: Jul 15;429 ページ: 347-357

    • 査読あり
  • [学会発表] Differences in response of macrophages and neutrophils to hypoxia in expression of pentraxin 3 (PTX3) in human atherosclerosis and in vitro2011

    • 著者名/発表者名
      Alexander AS, Naito M
    • 学会等名
      Leukocyte in Cardiovascular Disease Conference
    • 発表場所
      Geneva, Switzerland
    • 年月日
      20110127-20110128
  • [学会発表] High Density Spatial and Temporal Simulation Reveals Transcription Dynamics2011

    • 著者名/発表者名
      Ohta Y, Wada Y, Kodama T, Ihara S
    • 学会等名
      Pacific Symposium on Biocomputing
    • 発表場所
      Hawaii/U.S
    • 年月日
      20110104-20110108
  • [学会発表] 次世代バイオマーカー医薬を目指した抗体作製について2011

    • 著者名/発表者名
      浜窪隆雄
    • 学会等名
      第7回ナノバイオ国際シンポジウム
    • 発表場所
      東京ビッグサイト(東京)
    • 年月日
      2011-02-16
  • [学会発表] GATA2 occupancies differ from each cell type, which is correlated with epigenetic modifications and gene expression profiles in cell-type specific manner2010

    • 著者名/発表者名
      Kanki Y, Tsutsumi S, Jiang S, Mimura I, Wada Y, Ihara S, Naito M, Hamakubo T, Aburatani H, Minami T, Kodama T
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] LXRαによるSERPINE1遺伝子の発現制御機構の解明2010

    • 著者名/発表者名
      河井恵, 石本憲司, 中村太樹, 橘敬祐, 山崎大典, 田中十志也, 浜窪隆雄, 酒井寿郎, 児玉龍彦, 土井健史
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] SREBP-2とNF-Yによるヒトファルネシルピロリン酸合成酵素の遺伝子発現調節と細胞増殖への影響2010

    • 著者名/発表者名
      石本憲司, 橘敬祐, 花野郁子, 山崎大典, 中村太樹, 河井恵, 浦野泰臣, 田中十志也, 浜窪隆雄, 酒井寿郎, 児玉龍彦, 土井健史
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] 核内受容体PPARdeltの翻訳後修飾の解析2010

    • 著者名/発表者名
      上原光太郎, 橘敬祐, 山下雅礼, 秋山恵麻, 前川貴志, 後藤英子, 山崎大典, 石本憲司, 田中十志也, 酒井寿郎, 浜窪隆雄, 児玉龍彦, 土井健史
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] Expression and in vitro characterization of anti-EpiregulinscFv-Fc2010

    • 著者名/発表者名
      田代晋也, 宮房孝光, 佐野恵海子, 吉田賢二, 平田裕一, 浜窪隆雄, 児玉龍彦, 津本浩平
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] Core streptavidin-fusion-antibody for Pretargeting Drug Delivery2010

    • 著者名/発表者名
      Yumura K, Ui MDoi H, Sugiyama A, Hamakubo T, Kodama T, Tsumoto K
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] アンジオテンシンIIタイプ2受容体刺激によるCOX-2発現はAT2総合作用蛋白質を介する2010

    • 著者名/発表者名
      中川清, 早田敬太, 浅田健, 岩成宏子, 新井修, 中田淑子, 児玉龍彦, 稲上正, 浜窪隆雄
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] GATA2 occupancies differ from each cell type, which is correlated with epigenetic modifications and gene expression profiles in cell-type specific manner.2010

    • 著者名/発表者名
      Kanki Y, Tsutsumi S, Jiang S, Mimura I, Wada Y, Ihara S, Naito M, Hamakubo T, Aburatani H, Minami T, Kodama T
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] パーキンソン病関連分子DJ-1の細胞外分泌メカニズムの解析2010

    • 著者名/発表者名
      森千夏, 浦野泰臣, 斉藤芳郎, 浜窪隆雄, 野口範子
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] CDGAPはROBO1と相互作用して血管内皮細胞のSLIT2依存的な遊走に関与する2010

    • 著者名/発表者名
      根本悟士, 川村猛, 岩成宏子, 太期健二, 堀内恵子, 南敬, 児玉龍彦, 浜窪隆雄
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] プロセツシングおよび細胞周期を制御する新規複合体の機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      堀内恵子, 川村猛, 浜窪隆雄
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] 敗血症患者血中ペントラキシン3(PTX3)複合体のプロテオミクス解析、2010

    • 著者名/発表者名
      太期健二, 山口尚敬, 川村猛, 児玉龍彦, 井上健司, 浜窪隆雄
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] 三量体Gタンパク質活性化とRGS相互作用のFRETによる生細胞イメージング2010

    • 著者名/発表者名
      増田一之, 北上純一, 井原茂男, 小笹徹, 児玉龍彦, 浜窪隆雄
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] The role of the G13~RH-RhoGEF signal pathway in differentiation of human myeloid HL60 leukemia cells2010

    • 著者名/発表者名
      Suzuki N, Kawamura T, Iwanari H, Mochizuki Y, Hamakubo T, Kozasa T
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] Identification of specific phosphorylation sites on pll5RhoGEF2010

    • 著者名/発表者名
      Christina R.Chow , Suzuki N, Kawamura T, Hamakubo T, Kozasa T
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] Molecular modeling and analysis for antigen-antibodyby homology modeling and molecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Takamatsu Y, Fujitani H, Iwanari H, Tsumoto K, Kodama T, Hamakubo T
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      20101207-20101210
  • [学会発表] Pentraxin 3 (PTX3) is a novel predictive marker for acutecoronary events2010

    • 著者名/発表者名
      Alexander AS, Ohashi R, Hamakubo T, Kodama T, Naito M
    • 学会等名
      International Symposium "dew methods of acute coronary syndrome diagnosis and treatment"
    • 発表場所
      St.Petersburg, Russia
    • 年月日
      20100915-20100918
  • [学会発表] The phenomenon of hypoxia-induced expression of long pentraxin 3 (PTX3) in human atherosclerosis2010

    • 著者名/発表者名
      Alexander AS, Ohashi R, Hamakubo T, Kodama T, Naito M
    • 学会等名
      第50回日本リンパ網内系学会総会2010新潟
    • 発表場所
      朱鷺メツセ(新潟)
    • 年月日
      20100618-20100619
  • [学会発表] Epstein-Barr virus(EBV)関連胃癌におけるHNF4α発現の検討2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤聡史、長谷川剛、内藤眞
    • 学会等名
      第99回日本病理学会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)
    • 年月日
      20100427-20100429
  • [学会発表] Storage and release of long pentraxin 3 (PTX3) in neutrophils and macrophages in vivo and in vitro2010

    • 著者名/発表者名
      Alexander AS, Ohashi R, Hamakubo T, Kodama T, Naito M
    • 学会等名
      第99回日本病理学会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)
    • 年月日
      20100427-20100429
  • [学会発表] ヒト肝細胞癌におけるHepatocyte nuclear factor 4αの発現2010

    • 著者名/発表者名
      戸枝路子、姜淑英、長谷川剛、内藤眞
    • 学会等名
      第99回日本病理学会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)
    • 年月日
      20100427-20100429
  • [学会発表] ラツト発生におけるHNF4αアイソフォームの発現2010

    • 著者名/発表者名
      姜淑英、須貝美佳、大橋瑠子、長谷川剛、内藤眞
    • 学会等名
      第99回日本病理学会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)
    • 年月日
      20100427-20100429
  • [学会発表] Long pentraxin 3 (PTX3) is stored and potentially released from neutrophils in vitro and in human atherosclerosis lesions2010

    • 著者名/発表者名
      Alexander AS, Ohashi R, Hamakubo T, Kodama T, Naito M
    • 学会等名
      Atherosclerotic, Thrombosis and Vascular Biology 2010 Annual Scientific Meeting
    • 発表場所
      San Francisco, USA
    • 年月日
      20100408-20100410
  • [学会発表] 肝がん治療用抗Robo1抗体の分子デザイン2010

    • 著者名/発表者名
      浜窪隆雄
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会、第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2010)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-09
  • [備考]

    • URL

      http://www.lsbm.org/

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公開日: 2012-07-19   更新日: 2023-03-16  

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