転写マシナリ-と核内微細構造のダイナミックプロテオミクス

2010 年度 自己評価報告書

• 研究課題/領域番号: 20221010
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物分子科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 浜窪 隆雄 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• キーワード: プロテオミクス / 複合体解析 / 転写調節 / スプライシング / 細胞周期

研究概要

核内受容体はクロマチンのリモデリングや修飾などを行うタンパク質複合体と相互作用して、様々な遺伝子の転写を活性化する。さらにスプライシングや分解などのR甑プロセッシングも同時に制御され、核内微細構造と転写が密接な関係を持って制御されている可能性が示唆されている。
このような多数のタンパク質によって形成される転写調節のマシナリー複合体の時間的空聞的な変化を解明するための新たな解析手法を開発することを目的とする。
バキュロウイルス免疫法等により作製した高親和性モノクローナル抗体を低ノイズ磁気ビーズに付加し、複合体を免疫精製してショットガンプロテオミクスにより同定する。内在性の複合体を高感度に検出する手法を開発する。複合体構成タンパク質の定量的測定による時系列変化の解析を目指す。また抗体金属ナノパーティクルプローブによる軟X線顕微鏡の開発を行い、核微細構造と転写マシナリーの空間的変化を解析する技術を開発する。

研究成果

• [雑誌論文] Soft X-ray Laser Microscopy of Lipid Rafts towards GPCR-Based Drug Discover Using Time-Resolved FRET Spectroscopy (2011)
  • 著者名/発表者名: Baba M, Kozasa T, Hamakubo T, Kuroda H, Masuda K, Yoneya S, Kodama T.
  • 雑誌名: Pharmaceuticals 4 ページ: 524-550
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetically coordinated GATA2 binding is necessary for endothelium specific endomucin sxpression (2011)
  • 著者名/発表者名: Kanki Y, Kohro T, Jiang S, Tsutsumi S, Mimura I, Suehiro J, Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Iwanari H, Naito M, Hamakubo T, Aburatani H, Kodama T, Minami T.
  • 雑誌名: The EMBO Journal in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Proteomic analysis of native hepatocyte nuclear factor-4a(HNF4a)isoforms, phosphorylation status, and nteractive cofactors (2011)
  • 著者名/発表者名: Daigo_K, Kawamura T, Ohta Y, Ohashi R, Katayose S, Tanaka T, Aburatani H, Naito M, Kodama T, Ihara S, Hamakubo T.
  • 雑誌名: J Biol Chem. 286(1) ページ: 674-686
  • 査読あり
• [雑誌論文] A wave of nascent transcription on activated human genes. (2009)
  • 著者名/発表者名: Wada Y, Ohta Y, Xu M, Tsutsumi S, Minami T, Inoue K, Komura D, Kitakami J, Oshida N, Papantonis A, Izumi A, Kobayashi M, Meguro H, Kanki Y, Mimura I, Yamamoto K, Mataki C, Hamakubos T, Shirahige K, Aburatani H, Kimura H, Kodama T, Cook PR, Ihara S.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 106(43) ページ: 18357-18361
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional reconstitution of G-protein-coupled receptor-mediated adenylyl cyclase activation by a baculoviral co-display system (2008)
  • 著者名/発表者名: Sakihama T, Masuda K, Sato T, Doi T, Kodama T, Hamakubo T.
  • 雑誌名: J Biotechnol 135(1) ページ: 28-33
  • 査読あり
• [学会発表] プロセッシングおよび細胞周期を制御する新規複合体の機能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 堀内恵子, 川村猛, 浜窪隆雄
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20101207-20101210
• [学会発表] 敗血症患者血中ペントラキシン3(PTX3)複合体のプロテオミクス解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 太期健二, 山口尚敬, 川村猛, 児玉龍彦, 井上健司, 浜窪隆雄
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20101207-20101210
• [学会発表] 三量体Gタンパク質活性化とRGS相互作用のFRETによる生細胞イメージング (2010)
  • 著者名/発表者名: 増田一之, 北上純一, 井原茂男, 小笹徹, 児玉龍彦, 浜窪隆雄
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20101207-20101210
• [学会発表] 高親和性抗体結合磁性ビーズを用いた内在性HNF4α複合体の高効率精製とプロテオミクス解析、およびHNF4α-HNF4γヘテロ2量体による転写制御解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 太期健二、川村猛、片寄聡、田中十志也、児玉龍彦、浜窪隆雄
  • 学会等名: BMB2008
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] Development of the compact low-energy soft x-ray CT instrument for the soft material structural analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Miyoshi, T.Hamakubo, T.Kodama, A.Koishi, kawa, M.Tsuchiya, N.Aoki
  • 学会等名: The 52nd International Conference on Electron, Ion.Photon Beam and Nanofabrication Technology
  • 発表場所: Portland OR.USA
  • 年月日: 2008-05-27
• [備考] ホームページ
  • URL: http://www.lsbm.org/staff/hamakubo.html