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2012 年度 研究成果報告書

転写マシナリーと核内微細構造のダイナミックプロテオミクス

研究課題

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研究課題/領域番号 20221010
研究種目

基盤研究(S)

配分区分補助金
研究分野 生物分子科学
研究機関東京大学

研究代表者

浜窪 隆雄  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)

研究分担者 内藤 眞  新潟大学, 医歯学系, 教授 (30045786)
三好 元介  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (40345137)
井原 茂男  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)
望月 康弘  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (80282523)
岩成 宏子  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (20176556)
川村 猛  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (70306835)
連携研究者 先浜 俊子  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (70187061)
太期 健二  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (20466866)
堀内 恵子  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (00456203)
大田 佳宏  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (80436592)
大橋 瑠子  新潟大学, 医歯学系, 助教 (20447600)
研究期間 (年度) 2008 – 2012
キーワードプロテオミクス / 複合体解析 / スプライシング / 転写調節 / 細胞周期 / 核スペックル / 核小体 / クロマチン修飾
研究概要

核内受容体HNF4αやRNAプロセッシングに関与するWTAPに対するモノクローナル抗体を作製し、抗体磁気ビーズによる高感度プロテオミクス法を確立して、糖代謝に関与する遺伝子の転写調節や細胞周期調節に関わるタンパク質複合体を同定した。また、WTAP の核スペックルへの局在やオルタナティブスプライシング機構、核内受容体LXR αの核小体でのリボゾーマルRNA転写調節機構など核微細構造への分布とのかかわりを見出した

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2012 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (9件) 図書 (2件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Host-protective effect of circulating pentraxin 3 (PTX3) and complex formation with neutrophil extracellular traps2012

    • 著者名/発表者名
      Daigo K, Hamakubo T
    • 雑誌名

      Front Immunol

      巻: 3:378 ページ: 378

    • DOI

      doi:10.3389/fimmu.2012.00378

    • 査読あり
  • [雑誌論文] G-protein-coupled receptor inactivation by an allosteric inverse-agonist antibody2012

    • 著者名/発表者名
      Hino T, Arakawa T, Iwanari H, Yurugi-Kobayashi T, Ikeda-Suno C, Nakada-Nakura Y, Kusano-Arai O, Weyand S, Shimamura T, Nomura N, Cameron AD, Kobayashi T, Hamakubo T,Iwata S, Murata T
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 482(7384) ページ: 237-240

    • DOI

      doi:10.1038/nature10750

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The proteomic profile of circulating pentraxin 3 (PTX3) complex in sepsis demonstrates the interaction with azurocidin 1 and other components of neutrophil extracellular traps2012

    • 著者名/発表者名
      Daigo K, Yamaguchi N, Kawamura T, Matsubara K, Jiang S, Ohashi R, Sudou Y, Kodama T, Naito M, Inoue K, Hamakubo T
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics

      巻: 11(6) ページ: M111.015073

    • DOI

      doi:10.1074/mcp.M111.015073

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Soft X-ray Laser Microscopy of Lipid Rafts towards GPCR-Based Drug Discover Using Time-Resolved FRET Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Baba M,KozasaT,Hamakubo T,Kuroda H,Masuda K,YoneyaS and Kodama T
    • 雑誌名

      Pharmaceuticals

      巻: 4 ページ: 524-550

    • DOI

      doi:10.3390/ph4030524

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epigenetically coordinated GATA2 binding is necessary for endothelium-specific endomucinexpression2011

    • 著者名/発表者名
      Kanki Y, Kohro T, Jiang S, Tsutsumi S, Mimura I, Suehiro J, Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Iwanari H, NaitoM, Hamakubo T, Aburatani H, Kodama T, Minami T
    • 雑誌名

      EMBO J

      巻: 30(13) ページ: 2582-2595

    • DOI

      doi:10.1038/emboj.2011.173

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of native hepatocyte nuclear factor-4α (HNF4α) isoforms, phosphorylation status, and interactive cofactors2011

    • 著者名/発表者名
      Daigo K, Kawamura T, Ohta Y, Ohashi R, Katayose S, Tanaka T, Aburatani H, Naito M, Kodama T, Ihara S, Hamakubo T
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 286(1) ページ: M110.154732

    • DOI

      10.1074/jbc.M110.154732

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A wave of nascent transcription on activated human genes2009

    • 著者名/発表者名
      Wada Y, Ohta Y, Xu M, Tsutsumi S, Minami T, Inoue K, Komura D, Kitakami J, Oshida N, Papantonis A, Izumi A, Kobayashi M, Meguro H, Kanki Y, Mimura I, Yamamoto K, Mataki C, Hamakubo T, Shirahige K, Aburatani H, Kimura H, Kodama T, Cook PR, Ihara S
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 106(43) ページ: 18357-18361

    • DOI

      doi:10.1073/pnas.0902573106

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Down syndrome critical region gene1 short variant promoters direct vascular bed-specific gene expression during inflammation in mice2009

    • 著者名/発表者名
      Minami T,Yano K, Miura M, Kobayashi M, Suehiro J, Reid PC, Hamakubo T, Ryeom S, Aird WC, Kodama T
    • 雑誌名

      J Clin Invest

      巻: 119(8) ページ: 2257-2270

    • DOI

      doi:10.1172/JCI35738

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The peroxisomeproliferator-activated receptor gamma/retinoid X receptor alpha heterodimer targets the histonemodification enzyme PR-Set7/Setd8 gene and regulates adipogenesis through a positive feedback loop2009

    • 著者名/発表者名
      Wakabayashi K, Okamura M, Tsutsumi S, Nishikawa NS, Tanaka T,Sakakibara I, Kitakami J, Ihara S,Hashimoto Y, Hamakubo T, Kodama T, Aburatani H, Sakai J
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 29(13) ページ: 3544-3555

    • DOI

      doi:10.1128/MCB.01856-08

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of the compact low-energy soft x-ray CT instrument for the soft material structural analysis M.Miyoshi,TAoki.2008

    • 著者名/発表者名
      Hamakubo,T.Kodama,A.Koishikawa,M.Tsuchiya, N
    • 雑誌名

      J. Vac. Sci. Technol. B

      巻: Vol.26,No.6 ページ: 2356-2361

    • URL

      http://dx.doi.org/10.1116/1.2978397

    • 査読あり
  • [学会発表] The WTAP complex is a novel RNA processing factor required for cell cycle progression2012

    • 著者名/発表者名
      Keiko Horiuchi
    • 学会等名
      Gordon conference, The biology of post-transcriptionalgene regulation
    • 発表場所
      アメリカ
    • 年月日
      2012-07-17
  • [学会発表] Proteomic analysis of circulating pentraxin3 (PTX3) complexes in sepsis revealed the PTX3-NETs complex formation: Implication of new protectiveroles against sepsis2012

    • 著者名/発表者名
      Kenji Daigo, Naotaka Yamaguchi, Takeshi Kawamura, Koichi Matsubara,Shuying Jiang, Riuko Ohashi, Yukio Sudou, Makoto Naito, Kenji Inoue, and Takao Hamakubo
    • 学会等名
      9th International Conference on Innate Immunity
    • 発表場所
      ギリシャ
    • 年月日
      2012-06-23
  • [学会発表] Proteomic analysis of pentraxin3 (PTX3) complexes in serum and plasma from septic patients reveals that the neutrophil extracellular traps components are the new PTX3 ligands2011

    • 著者名/発表者名
      Kenji Daigo, N. Yamaguchi, T. Kawamura, Y. Sudou, K. Inoue, T. Hamakubo
    • 学会等名
      Eleventh International Symposium on Mass Spectrometry in the Health & Life Sciences: Molecular & Cellular Proteomics
    • 発表場所
      アメリカ
    • 年月日
      2011-08-23
  • [学会発表] 三量体Gタンパク質活性化とRGS相互作用のFRETによる生細胞イメージング2010

    • 著者名/発表者名
      増田一之,北上純一,井原茂男,小笹徹,児玉龍彦,浜窪隆雄
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会、第83回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
  • [学会発表] 核内因子WTAPはcyclin A2 mRNAを安定 化しG2/M期移行を制御する2009

    • 著者名/発表者名
      堀内恵子
    • 学会等名
      第21回高遠シンポジウム
    • 発表場所
      長野
    • 年月日
      2009-08-27
  • [学会発表] バキュロウイルスgp64ディスプレイシステムを用いた転写共役因子に対するモノクローナル抗体の作製2008

    • 著者名/発表者名
      秋山恵麻、橘敬祐、谷本恵一、山崎大典、石本憲司、岩成宏子、田中十志也、望月康弘、酒井寿郎、浜窪隆雄、児玉龍彦、土井健史
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会、第81回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20081209-12
  • [学会発表] 高親和性抗体結合磁性ビーズを用いた内在性HNF4α複合体の高効率精製とプロテオミクス解析、およびHNF4α-HNF4γヘテロ2量体による転写制御解析2008

    • 著者名/発表者名
      太期健二、川村猛、片寄聡、田中十志也、児玉龍彦、浜窪隆雄
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会、第81回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-09
  • [学会発表] 核内受容体の組織内、細胞内局在の検討2008

    • 著者名/発表者名
      内藤眞
    • 学会等名
      日本レチノイド研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-11-22
  • [学会発表] Development of the compact low-energy soft x-ray CT instrument for the soft material structural analysis 」2008

    • 著者名/発表者名
      M.Miyoshi,T.Hamakubo,T.Kodama ,A.Ko ishikawa,M.Tsuchiya, N
    • 学会等名
      Aoki The 52nd International Conference on Electron, Ion, Photon Beam and Nanofabrication Technology
    • 発表場所
      Portland OR アメリカ
    • 年月日
      2008-05-27
  • [図書] 新機能抗体開発ハンドブック2012

    • 著者名/発表者名
      浜窪隆雄, 津本浩平, 巌倉正寛, 岡部尚文, 柘植郁哉, 野村文夫
    • 総ページ数
      603
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
  • [図書] タンパク質の事典2008

    • 著者名/発表者名
      猪飼篤,伏見譲,卜部格,上野川修一,中村春木,浜窪隆雄
    • 総ページ数
      864
    • 出版者
      朝倉書店
  • [備考] Web研究室紹介

    • URL

      http://www.qbm.rcast.u-tokyo.ac.jp/

  • [備考] バイオマーカートピックス

    • URL

      http://www.sciric.com/bio-marker/30a430aa30de30fc30ab30fc30fb30c830c33

  • [産業財産権] 全身性炎症反応症候群の治療又は予防剤2012

    • 発明者名
      浜窪隆雄、津本浩平、太期健二、井上健二、山口尚敬、水内 素
    • 権利者名
      浜窪隆雄、津本浩平、太期健二、井上健二、山口尚敬、水内 素
    • 産業財産権番号
      特願2012-141380
    • 出願年月日
      2012-06-22

URL: 

公開日: 2014-08-29   更新日: 2023-03-16  

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