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2011 年度 実績報告書

膜輸送体による基質認識・輸送調節機構の構造基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20227003
研究機関東京大学

研究代表者

濡木 理  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (10272460)

研究分担者 伊藤 耕一  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (10262073)
MATURANA ANDRES  名古屋大学, 農学部, 助教 (10452004)
キーワードX線結晶構造解析 / 計算機シミュレーション / パッチクランプ / 遺伝学解析 / 膜輸送体
研究概要

Mg2+チャネルMgtEの膜貫通ドメインのみを調製し、LCP法により結晶化を行った。得られた結晶をSPring-8 BL32XUにて2.4A分解能で構造を決定した。その結果、イオン透過孔中でMg2+は完全水和状態で認識・結合しており、MacKinnonらがカリウムチャネルで示した、脱水和状態とは異なっていた。しかし、イオン透過孔の細胞外側は孔が狭くなっており、完全な開状態ではなかった。一方、MDシミュレーションでは、イオン透過孔がねじれる様な動きをして、開孔することが示唆された。さらに、MgtEの細胞質ドメインのうちNドメインのみを欠失した変異体(開口率80%)に特異的に結合する抗体を、京都大学岩田研究室との共同研究で作成し、複合体の結晶化を行ったところ、有望な結晶の作成に成功した。光駆動型カチオンチャネルであるチャネルロドプシン(ChR)をLCP法を用いて結晶化し、結晶構造を2.3Å分解能で決定した. ChRは負の電荷表面を持つイオン透過孔を持っており、その細胞質側が2つのゲートによって塞がれていることが判明した.構造に基づいて変異体を作製し、ヒト細胞上でパッチクランプ解析を行った結果、この透過孔が実際に陽イオンを輸送することを明らかにした。さらに、光照射によりチャネルが閉構造から開構造に変化する機構を解明した。Secトランスロコンと協働するSecDFに関して, 3.3Å分解能での結晶構造を解明した.生化学的解析により,SecDFは,SecAが変性したタンパク質をSecYEに押し込んだ後の,タンパク質膜透過後期過程を,プロトンの濃度勾配のエネルギーを用いて促進する機能を持つことを明らかにした.さらに,パッチクランプ解析と蛍光分光解析により,SecDFがプロトンを輸送し,これを駆動力としてタンパク質の膜輸送を促進するシャペロンとして働くことを実証した.

現在までの達成度 (区分)
理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Crystal structure of the channelrhodopsin light-gated cation channel2012

    • 著者名/発表者名
      H. E. Kato, F. Zhang, O. Yizhar, C. Ramakrishnan, T. Nishizawa, K. Hirata, J. Ito, Y. Aita, T. Tsukazaki, S. Hayashi, P. Hegemann, A. D. Maturana, R. Ishitani, K. Deisseroth and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 482 ページ: 369, 374

    • DOI

      doi: 10.1038/nature10870

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export2011

    • 著者名/発表者名
      T. Tsukazaki, H. Mori, Y. Echizen, R. Ishitani, S. Fukai, T. Tanaka, A. Perederina, D. G. Vassylyev, T. Kohno, A. D. Maturana, K. Ito and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 474 ページ: 235, 238

    • DOI

      doi: 10.1038/nature09980

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction of the first periplasmic domain of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Echizen, T. Tsukazaki, N. Dohmae, R. Ishitani and O. Nureki
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. F

      巻: 67 ページ: 1367, 1370

    • DOI

      doi: 10.1107/S1744309111031885

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural basis for light-gated cation conductance by channelrhodopsin2012

    • 著者名/発表者名
      O. Nureki
    • 学会等名
      15th International Conference on Retinal Proteins
    • 発表場所
      Ascona, Switzerland
    • 年月日
      20120930-20121005
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure of complexes of multidrug exporter and screened cyclic peptides for structure-based inhibitor design2012

    • 著者名/発表者名
      O. Nureki
    • 学会等名
      Gordon Research Conference “Ligand Recognition & Molecular Gating”
    • 発表場所
      Ventura, CA, USA
    • 年月日
      20120115-20120120
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure and functional mechanism of membrane transporters: Structure determination from nano-crystals2011

    • 著者名/発表者名
      O. Nureki, H. Kato, Y. Tanaka, S. Douki, T. Nishizawa, T. Tsukazaki, R. Ishitani
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      Yokohama,Kanagawa, Japan
    • 年月日
      20111213-20111216
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural Basis for Dynamic Protein Translocation Across Plasma membrane by Sec Machinery2011

    • 著者名/発表者名
      Osamu Nureki
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Joint Seminar on Crystallography
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 年月日
      20111106-20111109
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural Basis for Dynamic Protein Translocation Across Plasma membrane by Sec Machinery2011

    • 著者名/発表者名
      Osamu Nureki
    • 学会等名
      Symposium of Biomolecular Structure and Dynamics
    • 発表場所
      KAIST, Daejeon, Korea
    • 年月日
      20110622-20110623
    • 招待講演
  • [図書] タンパク質を膜透過させる分子装置2011

    • 著者名/発表者名
      塚崎智也
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      細胞工学
  • [備考] 濡木研究室ホームページ

    • URL

      http://www.nurekilab.net/

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公開日: 2014-07-24  

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