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2010 年度 実績報告書

High throughput sequencerによる癌のエピゲノーム解析

研究課題

研究課題/領域番号 20229005
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

西川 伸一  独立行政法人理化学研究所, 幹細胞研究グループ, グループディレクター (60127115)

研究分担者 伊藤 光宏  神戸大学, 大学院・保健学研究科, 教授 (50362794)
錦織 千佳子  神戸大学, 大学院・医学研究科, 教授 (50198454)
松井 利充  神戸大学, 大学院・医学研究科, 准教授 (10219371)
キーワード骨髄異形成症候群 / DNAメチル化 / 5Azacytidine / CpG island / AML / メチローム解析
研究概要

当初計画に組み込んでいたデシタビンの治験が中止になり、あらゆる計画を見直すため奔走した一年であった。患者さんの試料調整篦撓めに予定していた費用を繰り越し、またこれまで患者さんのリクルートを予定していた施設を、神戸大学、神戸中央市民病院から、23年度に5AZ治療を予定していた長崎大学へ移行させる手続きをこの年度に行った。このような状況のため、実際の患者さん試料の解析は全く進まなかった。
このため、研究としては引き続きMDSモデル細胞株を低濃度脱メチル化剤で処理により変化するメチル化サイトの解析を行った。さらに、臨床試料解析が出来ないため生まれた余裕を利用して、懸案であったH3K4,K9,K27me3結合サイトの解析もこの年から開始した。
MDSとともにメチル化DNA解析を予定していた悪性黒色腫に関しては、錦織が黒色腫培養法法について検討し、メチル化解析が可能なところまで培養する方法が完成した。
この方法を用いて、23年度にメチル化サイトの解析を始めた。
22年度最も苦労したのは、得られたデータの解析で、全ゲノムにわたって得られるメチル化サイト情報と、遺伝子発現情報を対応させるソフトがほとんどなく、解析は難航した。現在も、これを可能にするアプリケーション開発を続けている。22年度の解析は従って、発現に差を認めた遺伝子についてゲノムの状態を調べていくという時間のかかる作業を続けた。結果については、23年度の報告にまとめて示した。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Intrinsic transition of embryonic stem-cell differentiation into neural progenitors2011

    • 著者名/発表者名
      Kamiya D, Banno S, et al
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 470 ページ: 503-509

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adult stem cells exhibit global suppression of RNA polymerase II serine-2 phosphorylation2010

    • 著者名/発表者名
      Freter R, Osawa M, Nishikawa S
    • 雑誌名

      Stem Cell

      巻: 28 ページ: 1571-1580

    • 査読あり
  • [雑誌論文] TLX activates MASH1 for induction of neuronal lineage commitment of adult hippocampal neuroprogenitors2010

    • 著者名/発表者名
      Elmi M, et al
    • 雑誌名

      Mol Cell Neurosci

      巻: 40 ページ: 121-131

    • 査読あり
  • [学会発表] Development of hematopoietic stem cell explained2010

    • 著者名/発表者名
      西川伸一
    • 学会等名
      Instem Symposium
    • 発表場所
      インド バンガロール(招待講演)
    • 年月日
      2010-11-12
  • [学会発表] Development of hematopoietic stem cell explained2010

    • 著者名/発表者名
      西川慎伸一
    • 学会等名
      Symposium of Biomedical Research KAIST
    • 発表場所
      韓国デグ(招待講演)
    • 年月日
      2010-09-10
  • [学会発表] Development of hematopoietic stem cell explained2010

    • 著者名/発表者名
      西川伸一
    • 学会等名
      1^<st> Annual General Meeting of Stem Cell Society Singapore
    • 発表場所
      シンガポール(招待講演)
    • 年月日
      2010-07-08
  • [学会発表] Development of hematopoietic stem cell explained2010

    • 著者名/発表者名
      西川伸一
    • 学会等名
      Nobel Conference
    • 発表場所
      スウェーデン ストックホルム(招待講演)
    • 年月日
      2010-04-14

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公開日: 2013-06-26  

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