High throughput sequencerによる癌のエピゲノーム解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20229005
• 研究種目: 基盤研究(S)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 病態医化学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 西川 伸一 独立行政法人理化学研究所, 幹細胞研究グループ, グループディレクター (60127115)
• 研究分担者: 樽井 寛 独立行政法人理化学研究所, ゲノム資源解析ユニット, ユニットリーダー (90342815) ; 伊藤 光宏 神戸大学, 大学院・保健学研究科, 教授 (50362794) ; 錦織 千佳子 神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (50198454) ; 松井 利充 神戸大学, 大学院・医学研究科, 准教授 (10219371) ; 永井 謙一 財団法人先端医療振興財団, 先端医療センター診療開発部, 部長 (50470208) ; 宮崎 泰司 長崎大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (40304943) ; 伊藤 仁也 財団法人先端医療振興財団, 血液再生研究グループ, グループリーダー (20301989)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• キーワード: 骨髄異形性症候群 / 5AZ治療 / メチローム / 白血病

研究概要

MDSに脱メチル化剤が大きな期待を集めているが、作用機序については不明だ。本研究では、最終的に4人の患者さんの骨髄から得たCD34陽性ブラスト細胞について、治療前後経時的にゲノムワイドにメチロームと遺伝子発現を解析した。まず、正常、DCMD1, RAEB2と悪性度が進むに連れて、プロモーター領域のメチル化が上昇する傾向を見る事が出来た。また、メチル化の変化が見られた遺伝子でも、極めて限られた転写調節領域が特異的に、転写のメカニズムと連携してメチル化が行われている事がわかった。この遺伝子リストには白血病に深く関わる多くの遺伝子が存在していた。

研究成果

• [雑誌論文] Peyer's patch inducer cells play a leading role in the formation of B and T cell zone architecture (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, R., A. Togawa, T. Nagasawa, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: J Immunol 巻: 190 ページ: 3309-3318
• [雑誌論文] Region-specific Etv2 ablation revealed the critical origin of hemogenic capacity from Hox6-positive caudal-lateral primitive mesoderm (2013)
  • 著者名/発表者名: Kataoka, H., M. Hayashi, K. Kobayashi, G. Ding, Y. Tanaka, and S.I. Nishikawa
  • 雑誌名: Exp Hematol
• [雑誌論文] PDGF receptor alpha+ mesoderm contributes to endothelial and hematopoietic cells in mice (2013)
  • 著者名/発表者名: Ding, G., Y. Tanaka, M. Hayashi, S. Nishikawa, and H. Kataoka
  • 雑誌名: Dev Dyn 巻: 242 ページ: 254-268
• [雑誌論文] A continuum of transcriptional identities visualized by combinatorial fluorescent in situ hybridization (2013)
  • 著者名/発表者名: Jakt, L.M., S. Moriwaki, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: Development 巻: 140 ページ: 216-225
• [雑誌論文] Epigenetic regulation of the neuroblastoma genes, Arid3b and Mycn (2013)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi, K., L.M. Jakt, and S. Nishikawa(Hayashi, M., M. Pluchinotta, A. Momiyama, Y. Tanaka, S)
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 32 ページ: 2640-2648
• [雑誌論文] Endothelialization and altered hematopoiesis by persistent Etv2 expression in mice (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, and H. Kataoka
  • 雑誌名: Exp Hematol 巻: 40 ページ: 738-750 e711
• [雑誌論文] The transcriptional programme controlled by Runx1 during early embryonic blood development (2012)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, Y., A. Joshi, N.K. Wilson, S. Kinston, S. Nishikawa, and B. Gottgens
  • 雑誌名: Dev Biol 巻: 366 ページ: 404-419
• [雑誌論文] Early ontogenic origin of the hematopoietic stem cell lineage (2012)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, Y., M. Hayashi, Y. Kubota, H. Nagai, G. Sheng, S. Nishikawa, and I.M. Samokhvalov
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 巻: 109 ページ: 4515-4520
• [雑誌論文] Molecular basis for Flk1 expression in hemato-cardiovascular progenitors in the mouse (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishitobi, H., A. Wakamatsu, F. Liu, T. Azami, M. Hamada, K. Matsumoto, H. Kataoka, M. Kobayashi, K. Choi, S. Nishikawa, S. Takahashi, and M. Ema
  • 雑誌名: Development 巻: 138 ページ: 5357-5368
• [雑誌論文] Etv2/ER71 induces vascular mesoderm from Flk1+PDGFRalpha+ primitive mesoderm (2011)
  • 著者名/発表者名: Kataoka, H., M. Hayashi, R. Nakagawa, Y. Tanaka, N. Izumi, S. Nishikawa, M.L. Jakt, and H. Tarui, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: Blood 巻: 118 ページ: 6975-6986
• [雑誌論文] Sema3E-PlexinD1 signaling selectively suppresses disoriented angiogenesis in ischemic retinopathy in mice (2011)
  • 著者名/発表者名: Fukushima, Y., M. Okada, H. Kataoka, M. Hirashima, Y. Yoshida, F. Mann, F. Gomi, K. Nishida, S. Nishikawa, and A. Uemura
  • 雑誌名: J Clin Invest 巻: 121 ページ: 1974-1985
• [雑誌論文] Adult stem cells exhibit global suppression of RNA polymerase II serine-2 phosphorylation (2010)
  • 著者名/発表者名: Freter, R., M. Osawa, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: Stem Cells 巻: 28 ページ: 1571-1580
• [雑誌論文] Necdin restricts proliferation of hematopoietic stem cells during hematopoietic regeneration (2009)
  • 著者名/発表者名: Kubota, Y., M. Osawa, L.M. Jakt, K. Yoshikawa, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: Blood 巻: 114 ページ: 4383-4392
• [雑誌論文] The novel protein kinase Vlk is essential for stromal function of mesenchymal cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita, M., T. Era, L.M. Jakt, and S. Nishikawa
  • 雑誌名: Development 巻: 136 ページ: 2069-2079
• [雑誌論文] Continuous single-cell imaging of blood generation from haemogenic endothelium (2009)
  • 著者名/発表者名: Eilken, H.M., S. Nishikawa, and T. Schroeder
  • 雑誌名: Nature 巻: 457 ページ: 896-900
• [雑誌論文] The promise of human induced pluripotent stem cells for research and therapy (2008)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, S., R.A. Goldstein, and C.R. Nierras
  • 雑誌名: Nat Rev Mol Cell Biol 巻: 9 ページ: 725-729
• [学会発表] Characterization of DNA methylome in Myelodysplastic Syndromes (2012)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: Wellcome Trust Scientific Conference
  • 発表場所: John Hopkins大学
  • 年月日: 2012-10-02
• [学会発表] A reverse epigenetic approach to study DNA methylatnion sensitive regions in leukemia genome (2012)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: Copenhagen Bioscience Conference
  • 発表場所: コペンハーゲン
  • 年月日: 2012-06-25
• [学会発表] Genome-wide analysis of DNA methylation in stem cell disorders (2011)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: Inaugural Symposium on Pluripotency and Development
  • 発表場所: ケンブリッジ
  • 年月日: 2011-06-06
• [学会発表] Genome-wide analysis of DNA methylation in stem cell disorder (2011)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: 32回Lorne Genome Conference Genomics & Molecular Biology
  • 発表場所: Lorne, オーストラリア
  • 年月日: 2011-02-13
• [学会発表] (2010)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: Genome-wide analysis of DNA methylation in stem cell diseases Keystone Symposia
  • 年月日: 2010-04-26
• [学会発表] Genome-wide analysis of DNA methylation in stem cell diseases (0)
  • 著者名/発表者名: WongYanFung
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Symposium
  • 発表場所: 蘇州
  • 年月日: 00000921