ゲノムデータからの予測・発見・推論の統合化のための統計学と機械学習の融合

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20240028
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
• 研究分担者: 栗木 哲 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (90195545) ; 藤澤 洋徳 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (00301177) ; 逸見 昌之 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (80465921) ; 松浦 正明 (公財)がん研究会, ゲノムセンター情報解析部門, 部門長 (40173794) ; 間野 修平 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (20372948) ; 小森 理 統計数理研究所, 統計思考院, 特任助教 (60586379)
• 連携研究者: 竹之内 高志 はこだて未来大学, 複雑系情報学科, 准教授 (50403340) ; 川喜田 雅則 九州大学, システム情報科学研究科, 助教 (90435496)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• キーワード: 分類 / パターン認識

研究概要

ゲノム・オミクスデータから導かれる科学的成果を得るための統計的方法の開発を行った。特に表現形(病型、治療奏功性、予後)の予測に適切な情報を抽出するために統計学と機械学習の方法の融合的な活用を実用化に向けて推進してきた。表現形の予測のためにROCカーブの下側面積の最大化によるブースト法を開発した。乳がんサブタイプを決める有効な遺伝子選択のためのLASSOクラスタリングを提案し、良好な成果が得られつつある。

研究成果

• [雑誌論文] Density estimation with minimization of U-divergence (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Naito and S. Eguchi
  • 雑誌名: Machine Learning 巻: 90 ページ: 29-57
  • 査読あり
• [雑誌論文] An extension of the Receiver Operating Characteristic curve and AUC-optimal classification (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Takenouchi, O. Komori and S. Eguchi
  • 雑誌名: Neural Computation 巻: 24, 10 ページ: 2789-2824
  • 査読あり
• [雑誌論文] Boosting learning algorithm for pattern recognition and beyond (2011)
  • 著者名/発表者名: O. Komori and S. Eguchi
  • 雑誌名: E94-D 巻: 10 ページ: 1863-1869
  • DOI: DOI 10.1587/transinf.E94.D.1863
  • 査読あり
• [雑誌論文] Projective power entropy and maximum Tsallis entropy distributions (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi, O. Komori and S. Kato
  • 雑誌名: Entropy 巻: 13 ページ: 1746-1764
  • DOI: DOI 10.3390/e13101746
  • 査読あり
• [雑誌論文] area under the ROC curve (2010)
  • 著者名/発表者名: O. Komori and S. Eguchi
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 11:314 ページ: online
  • 査読あり
• [雑誌論文] Entropy and divergence associated with power function and the statistical application (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi and S. Kato
  • 雑誌名: Entropy 巻: 12 ページ: 262-274
  • 査読あり
• [雑誌論文] Likelihood for statistically equivalent models (2010)
  • 著者名/発表者名: J. Copas and S. Eguchi
  • 雑誌名: J. Royal Statistical Society B 巻: 72 ページ: 193-217
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust hierarchical clustering for gene expression data analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: N. H. Mollah, M. Pritchard, O. Komori and S. Eguchi
  • 雑誌名: Communications of SIWN 巻: 6 ページ: 118-122
  • 査読あり
• [雑誌論文] 関連遺伝子セットの多重解の存在 (2009)
  • 著者名/発表者名: プリチャード真理, 江口真透
  • 雑誌名: 日本統計学会誌 巻: シリーズJ 2号,38 ページ: 199-212
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNEP: Simultaneous detection of nucleotide and expression polymorphisms using Affymetrix GeneChip (2009)
  • 著者名/発表者名: H. Fujisawa, Y. Horiuchi, Y. Harushima, T. Takada, S. Eguchi
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 10:131
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust kernel principal component analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: S-Y. Huang, Y-R. Yeh, and S. Eguchi
  • 雑誌名: Neural Computation 巻: 21 ページ: 3179-3213
  • 査読あり
• [雑誌論文] Boosting Algorithm Against Mislabeling in Multiclass Problems (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Takenouchi
  • 雑誌名: Neural Computation 巻: 20 ページ: 1596-1630
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination (2008)
  • 著者名/発表者名: H. Fujisawa, S. Eguchi
  • 雑誌名: Journal of Multivariate Analysis 巻: 99 ページ: 2053-2081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Boosting method for local learning in statistical pattern recognition (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Kawakita, S. Eguchi
  • 雑誌名: Neural Computation 巻: 20 ページ: 2792-283
  • 査読あり
• [雑誌論文] Asymptotical improvement of maximum likelihood estimators on Kullback-Leibler loss (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 雑誌名: Journal of Statistical Planning and Inference 巻: 138 ページ: 3502-3511
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust Independent Component Analysis via Minimum γ-Divergence Estimation
  • 著者名/発表者名: P. Chen, H. Hung, O. Komori, S-Y. Huang, and S. Eguchi
  • 雑誌名: To appear in IEEE
  • 査読あり
• [学会発表] 遺伝子発現による表現形の予測のための統計的方法 (2013)
  • 著者名/発表者名: 江口真透
  • 学会等名: 久留米大学バイオ統計センター10周年記念第11回久留米大学バイオ統計学フォーラム
  • 発表場所: 福岡県久留米市
  • 年月日: 2013-01-19
• [学会発表] Maximization of a generalized t statistic for linear discrimination in the two group classification problem (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi,
  • 学会等名: Centre for Research in Statistical Methodology
  • 発表場所: University of Warwick
  • 年月日: 20120100
• [学会発表] Maximization of the generalized t-statistics for two-class discrimination problem (2012)
  • 著者名/発表者名: O. Komori, S. Eguchi and J. Copas
  • 学会等名: Statistical Seminar
  • 発表場所: Academia Sinica, Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2012-10-15
• [学会発表] t統計量の一般化とその判別解析への応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小森 理,江口真透,コーパス ジョン
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 札幌,北海道
  • 年月日: 2012-09-10
• [学会発表] Maximization of a Generalized t-Statistic for Two-Class Discrimination Problem (2012)
  • 著者名/発表者名: O. Komori, S. Eguchi and J. Copas
  • 学会等名: XXVI th International Biometric Conference
  • 発表場所: Kobe, Japan
  • 年月日: 2012-08-28
• [学会発表] Projective power cross entropy and detectability for hidden structures: part II, International Workshop on Anomalous Statistics (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi, A. Notsu and O. Komori
  • 学会等名: Generalized Entropies, and Information Geometry
  • 発表場所: 奈良女子大学
  • 年月日: 2012-03-09
• [学会発表] Projective power entropy and detectability for hidden structures, Workshop on Contemporary Statistics (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: Taida Institute for Mathematical Sciences
  • 発表場所: National Taiwan University
  • 年月日: 2011-12-20
• [学会発表] Projective power entropy based learning for unsupervised data (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi, O. Komori, A. Notsu
  • 学会等名: Joint Meeting of 2011 Taipei International Statistical Symposium
  • 発表場所: Academia Sinica, Taiwan
  • 年月日: 2011-12-17
• [学会発表] A Statistical Method for the Partial Area under the ROC Curve (2010)
  • 著者名/発表者名: O. Komori, S. Eguchi
  • 学会等名: 25th International Biometric Conference
  • 発表場所: Florianopolis, Brazil
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] U-entropy and maximum entropy model (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: Information Geometry and its Applications III
  • 発表場所: Leipzig, Germany
  • 年月日: 2010-08-02
• [学会発表] Boosting finite mixture model (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: International Conference on Robust Statistics 2010
  • 発表場所: Prague, Czech Republic
  • 年月日: 2010-06-29
• [学会発表] Pattern recognition from genome and omics data (2010)
  • 著者名/発表者名: O. Komori and S. Eguchi
  • 学会等名: Tutorial Workshop on Learning with Information Divergence Geometry
  • 発表場所: National Taiwan University, Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2010-04-25
• [学会発表] Boosting leaning algorithm and U-loss functions I and II (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi and O. Komori
  • 学会等名: Tutorial Workshop on Learning with Information Divergence Geometry
  • 発表場所: National Taiwan University, Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2010-04-25
• [学会発表] Information geometry on model uncertainty (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi and O. Komori
  • 学会等名: Tutorial Workshop on Learning with Information Divergence Geometry
  • 発表場所: National Taiwan University, Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2010-04-24
• [学会発表] nformation divergence class and robust statistical methods I,II (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi and O. Komori
  • 学会等名: Tutorial Workshop on Learning with Information Divergence Geometry
  • 発表場所: National Taiwan University, Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2010-04-24
• [学会発表] Maximizing t-values for all functions of a feature vector (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: Workshop on Geometric and Algebraic Statistics
  • 発表場所: Milton Keynes, U.K
  • 年月日: 2009-07-13
• [学会発表] Projective Tsallis Entropy and its Application to Robust Statistics (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: Mathematical Aspects of Generalized Entropies and their Applications
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2009-07-08
• [学会発表] Boosting true positive and false positive rates for pattern recognition (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: Institute of Mathematical Statistics Asia Pacific Rim 1st Meeting
  • 発表場所: Seoul, South Korea
  • 年月日: 2009-06-29
• [学会発表] Information divergence geometry and its application to machine learning (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi,
  • 学会等名: The Fifth Statistics and Machine Learning Workshop
  • 発表場所: Tainan, Taiwan
  • 年月日: 2009-04-28
• [学会発表] タンパク質構造と進化と情報幾何 (2009)
  • 著者名/発表者名: 江口 真透
  • 学会等名: 数理研短期共同研究集会「離散力学系の分子細胞生物学への応用数理
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2009-01-08
• [学会発表] A Boosting Method for Maximizing the Partial Area under the ROC Curve (2008)
  • 著者名/発表者名: O. Komori
  • 学会等名: International Association for Statistical Computing 2008
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 2008-12-07
• [学会発表] On the bound of statistical inference for observational data (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: International Association for Statistical Computing 2008
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 2008-12-06
• [学会発表] バイオインフォマティクスにおける統計的課題について (2008)
  • 著者名/発表者名: 江口 真透
  • 学会等名: 科研費研究集会「高次元データの統計解析」
  • 発表場所: 博多,福岡
  • 年月日: 2008-11-21
• [学会発表] 累積分布関数のエントロピーと順序ラベルの判別への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 江口 真透
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 横浜,神奈川
  • 年月日: 2008-09-09
• [学会発表] モデル不確定性と不完全観測バイアス (2008)
  • 著者名/発表者名: 江口 真透
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 横浜,神奈川
  • 年月日: 2008-09-09
• [学会発表] 1クラスラベルに注目したブースティング (2008)
  • 著者名/発表者名: 小森 理
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 横浜,神奈川
  • 年月日: 2008-09-08
• [学会発表] Information divergence geometry and its application to machine learning (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 学会等名: The 1st MSJ-SI, Probabilistic Approach to Geometry
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2008-08-04
• [図書] Frank Emmert-Streib Information Theory and Statistical Learning (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Eguchi
  • 出版者: Springer
• [備考]
  • URL: http://www.ism.ac.jp/~eguchi/