| 研究課題/領域番号 |
20241045
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| 研究機関 | 奈良先端科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
小笠原 直毅 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
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| 研究分担者 |
大島 拓 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 助教 (50346318)
黒川 顕 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (20343246)
戸邉 亨 大阪大学, 医学研究科, 准教授 (70207596)
鈴木 譲 東京大学, 新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
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| キーワード | 大腸菌 / 病原性大腸菌 / 転写制御システム / ChIP-chip解析 / ChIP-seq解析 |
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| 研究概要 |
本年度は、核様体タンパク質H-NSに関するChIP-seq解析を大腸菌K-12、SE11, SE15, 赤痢菌について行った。加えて、ChIP-chip法によりO157での結合領域を決定し、バイオインフォマティックスによる、結合領域の比較解析を行った。ChIP-chipおよびChIP-seq解析結果を用いた、バクテリアの種間比較解析は、我々の知る限り初めての取り組みであり、新たな解析法の開発が必要とされたが、H-NSの結合領域を種間比較するシステムの開発を完了し、その保存性及び、H-NSの結合部位と核様体構造の関係性の解析を行った。その結果、H-NSの結合部位の種間保存性は低く、外来遺伝子に特異的に結合するというこれまでの仮説を支持する結果を得た。同時に、H-NSの結合部位は、結合配列が変化しているにもかかわらず、異なる菌種の核様体の、きわめて近接した、あるいは同じ位置に存在することが明らかになった。このことはH-NSは、外来遺伝子に結合すると同時に、その挿入位置を規定する、ある種の構造タンパク質として機能していることを示唆している。他方、細胞内の鉄欠乏を感知して鉄の取り込み遣伝子群の発現を活性化するFur結合部位に関しても、K12、O157、EPECに関してChIP-chip法を用いた比較解析を行っている。解析の結果、O157はK12とEPECと比較して、多くのFur制御下にある外来遺伝子を保有しており、鉄獲得に関して独自のシステムを獲得した可能性が示唆されている。この解析に関しても、新たな比較解析法を考案し、解析を進めている。今後は、これらの解析結果を論文としてまとめると共に、構築した解析システムを用いて、新たな転写因子、Zur、ArcA、DksA、RpoS等の転写因子に関して同様の解析を進める予定である。
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