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2010 年度 研究成果報告書

イオンチャネルの構造-機能ダイナミクス:ゲーティング構造変化の単一分子解析

研究課題

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研究課題/領域番号 20247016
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関福井大学

研究代表者

老木 成稔  福井大学, 医学部, 教授 (10185176)

研究分担者 岩本 真幸  福井大学, 医学部, 助教 (40452122)
清水 啓史  福井大学, 医学部, 講師 (50324158)
今野 卓  福井大学, 医学部, 准教授 (50225637)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
キーワードチャネル / 構造変化 / ゲーティング / 構造機能相関 / 一分子計測
研究概要

回折X線追跡(DXT)法を改良し、従来の数百倍の時間分解能であるサブミリ秒レベルの記録を達成することに成功した。また高速カメラと大容量メモリーの設置により数十秒間の記録が可能となった。この方法のために基礎的実験をESRF(European Synchrotron Radiation Facility, Grenoble, France)とSLS(Swiss Light Source, Villigen, Switzerland)の2か所の高輝度放射光施設で年間数100時間の実験を行った。白色X線のスペクトルなどを調整することによりバックグラウンドノイズを顕著に減少させることができた。この方法でKcsAカリウムチャネルのイオン透過路開閉(ゲーティング)に伴う構造変化を一分子レベルで追跡した。KcsAチャネルは溶液のpHを酸性にすることによってゲーティングを起こす。定常状態での測定ではどちら向きのねじれ運動が開過程なのか閉過程か特定できない。そこで、溶液のpHジャンプ(中性→酸性)による構造変化を捉えるための装置を開発した。中性から酸性へのpHジャンプを行えばKcsAチャネルは閉状態から開状態への構造遷移過程を追跡することができる。本法では測定容器が密閉されているので、溶液pHを短時間で変化させるためにケージド化合物を紫外線レーザーで励起することによって行った。pHジャンプ前の閉状態での構造揺らぎと、ジャンプ後の構造変化を捉えることに成功した。動画データから回折点を抽出し、フレーム間で回折点の軌跡を追跡するためのプログラムを開発中である。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2011 2010 2009 2008 2005 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (5件) 図書 (2件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Cycle Flux Algebra for Ion and Water Flux through the KcsA Channel Single-file Pore Links Microscopic Trajectories and Macroscopic Observables.2011

    • 著者名/発表者名
      Oiki S., M.Iwamoto, T.Sumikama
    • 雑誌名

      PLoS ONE 6

      ページ: e16578

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cytotoxic peptide from a marine sponge exhibits ion channel activity through vectorial-insertion into the membrane.2010

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto, M., H.Shimizu, I.Muramatsu, S.Oiki
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 584

      ページ: 3995-3999

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Mesoscopic Approach to Understanding the Mechanisms Underlying the Ion Permeation on the Discrete-State Diagram.2010

    • 著者名/発表者名
      Oiki S., M.Iwamoto, T.Sumikama
    • 雑誌名

      J.Gen.Physiol. 136

      ページ: 363-365

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature dependence of Proton Permeation through a Voltage-Gated Proton Channel.2009

    • 著者名/発表者名
      Kuno, M., H.Ando, H.Morihata, H.Sakai, H.Mori, M.Sawada, S.Oiki
    • 雑誌名

      J.Gen.Physiol. 134

      ページ: 191-205

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Docking Model of Drug Binding to the Human Ether-a-go-go Potassium Channel Guided by Tandem Dimer Mutant Patch-Clamp Data : A SvnerLic Annroach.2009

    • 著者名/発表者名
      Imai, Y.N., S.Ryu, S.Oiki
    • 雑誌名

      J.Med.Chem. 52

      ページ: 1630-1638

    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線一分子追跡法により明らかになったKcsAカリウムチャネルの開閉機構.2009

    • 著者名/発表者名
      老木成稔
    • 雑誌名

      放射光 22

      ページ: 183-191

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Topological Mapping of the Asymmetric Drug Binding to the HERG Potassium Channel By Use of Tandem Dimers.2008

    • 著者名/発表者名
      Myokai, T., Ryu, S., Shimizu, H., Olkl, S.
    • 雑誌名

      MoL Pharmacol. 73

      ページ: 1643-1651

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Global Twisting Motion of Single Molecular KcsA Potassium Channel Upon Gating.2008

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, H., Iwamoto, M., Konno, T., Nihei, A., Sasaki, Y.C., Oiki S.
    • 雑誌名

      Cell 132

      ページ: 67-78

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single Molecular Gating Dynamics for KcsA Potassium Channel.

    • 著者名/発表者名
      Oiki S., H.Shimizu, M.Iwamoto, T.Konno
    • 雑誌名

      Adv.Chem.Phys. In press.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis.

    • 著者名/発表者名
      Mori, T., Kokubo, H., Oiki S., Okamoto Y.
    • 雑誌名

      Molec Sim In press.

    • 査読あり
  • [学会発表] Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 学会等名
      International Symposium
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      20090622-20090624
  • [学会発表] Structural and Functional Fluctuations of the KcsA Potassium Channel.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 学会等名
      The 3^<rd> International Symposium : Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions.
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2009-12-20
  • [学会発表] Single-molecular measurements for structural and functional fluctuations of KcsA potassium channel.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 学会等名
      第47回生物物理学会年会シンポジウム「生体分子の揺らぎをはかる」
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-30
  • [学会発表] Real time monitoring of structural changes in K-channel gating.2009

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 学会等名
      IUPS PSJ Symposium.
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2009-07-29
  • [学会発表] New Approaches to Complexity of Protein Dynamics by Single Molecule Measurements : Experiments and Theories.2008

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, H., M.Iwamoto, T.Konno, A.Nihei, Y.C.Sasaki, S.Oiki
    • 学会等名
      Global Twisting Motion of Single Molecular KcsA Potassium Channel upon Gating.
    • 発表場所
      Osaka
    • 年月日
      20081207-20081209
  • [図書] Modern Patch Clamp Techniques(The Planar Lipid Bilayer Method for the Study of Channel Molecules.)(Ed.Springer-Verlag)2011

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 出版者
      Springer-Verlag(in press.)
  • [図書] Cell Signaling Reactions : Single-Molecular Kinetic Analysis(Single-Channel Structure-Function Dynamics : The Gating of Potassium Channels.)(Eds.Y.Sako, M.Ueda)2010

    • 著者名/発表者名
      Oiki, S.
    • 総ページ数
      79-105
    • 出版者
      Springer
  • [備考] ホームページ等

  • [産業財産権] シスートランス液流方式によるイオンチャネル解析方法と、その方法に使用するイオンチャネル解析装置2010

    • 発明者名
      老木成稔・山内紀宏・坪田圭介
    • 権利者名
      老木成稔・山内紀宏・坪田圭介
    • 産業財産権番号
      特許,第4516356号
    • 取得年月日
      2010-05-21
  • [産業財産権] 変異型HERGチャネル発現細胞およびその用途2005

    • 発明者名
      柳承希・明貝俊彦・今井友美・老木成稔
    • 権利者名
      柳承希・明貝俊彦・今井友美・老木成稔
    • 産業財産権番号
      特許,特願2005-269153号
    • 出願年月日
      2005-09-15

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公開日: 2012-01-26   更新日: 2016-04-21  

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