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2008 年度 実績報告書

マウス表現型解析基盤情報共有データベースの開発

研究課題

研究課題/領域番号 20300148
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

若菜 茂晴  独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, チームリーダー (90192434)

研究分担者 桝屋 啓志  独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)
キーワード表現型解析 / 国際標準化 / データベース / プロトコル / 動物飼育管理 / マウス / SOP / マウスクリニック
研究概要

本課題では、マウスにおける表現型解析技術および、その基盤となるマウス飼育管理技術を実験動物コミュニティで広く共有するために、幅広い動物実験に対応可能なプロトコル共有データベースを構築し、公開しようとしている。
平成20年度は、表現型解析基盤プロトコルの収集および、収集したプロトコルに基づく普遍的なプロトコル記述法設計を行った。代表者研究グループおよび、連携硬究者の研究施設から、ハンドリングによる形態、行動の検査(modified-SHIRPA)、血液生化学、血算(血球像)、尿検査、聴覚検査(Auditory Brainstem Response:ABR)、血圧検査、眼底検査、痛覚検査、剖検等の一般的な検査に加えて、自発活動性・活動リズム検査、不安・恐怖の検査、学習・記憶検査等の動物行動解析検査、体外受精、胚移植、腔培養、胚および精子の凍結保存、融解、卵巣移植、顕微受精、ICSI等の生殖工学技術、さらに、マウス飼育管理の詳細なプロトコルを収集した。また、公開されている欧州の多国間連携表現型解析プロジェクト、EUMODICプロトコルの収集も行った。これらに関する記述法設計では、自発活動性解析、modified-SHIRPA、血液生化学、マウス飼育管理詳細等の設計を完了し、プロトコルの詳細情報を相互比較可能にした上で、将来的には国際標準規格であるP__-henotyping P__-rotocol M__-arkup L__-anguage(PPML)との互換性も考慮されている。これらの一部はすでにWebサイトでの公開を開始している(http://www.brc.riken.go.jp/lab/bpmp/SDOP/)。このサイトには、順次プロトコルデータベースを追加して行く予定である。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (18件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Toward Integration of Mouse Phenotype Information2009

    • 著者名/発表者名
      Masuya H.
    • 雑誌名

      Interdisciplinary Ontology Vol.2(in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 世界に広がるミュータントマウス大規模プロジェクトの最新動向2008

    • 著者名/発表者名
      権藤洋一
    • 雑誌名

      実験医学 Vol.26

      ページ: 2130-2135

  • [雑誌論文] Objective evaluation measures of genetic marker selection in large-scale SNP genotyping2008

    • 著者名/発表者名
      Kaminuma E.
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol.6

      ページ: 905-917

    • 査読あり
  • [学会発表] マウス表現型データベースの国際統合化へ向けて2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      理研シンポジウム「生体形状情報の数値化及びデータベース構築研究」
    • 発表場所
      和光
    • 年月日
      2008-12-18
  • [学会発表] Development of Intelligent Infrastructure for Experimental Protocols with Ontological Technology2008

    • 著者名/発表者名
      Tanaka N., 他
    • 学会等名
      The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-16
  • [学会発表] Experimental procedure databases for mouse phenotype analyses2008

    • 著者名/発表者名
      WakiK., 他
    • 学会等名
      The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-16
  • [学会発表] Development of data-models for major concepts in genetic studies using ontological framework2008

    • 著者名/発表者名
      Masuya H., 他
    • 学会等名
      The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-15
  • [学会発表] マウス表現型解析の為の実験プロトコルデータベース2008

    • 著者名/発表者名
      脇和規,他
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] マウス表現型情報の高度化のための情報基盤の技術開発2008

    • 著者名/発表者名
      田中信彦,他
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] 実験遺伝学におけるトップレベルオントロジーの開発2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] Japan Mouse Clinic2008

    • 著者名/発表者名
      Wakana S.
    • 学会等名
      International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) Second Meeting
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 年月日
      2008-11-17
  • [学会発表] マウス実験遺伝学における多様なデータを統合するための情報基盤の開発2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第4回ナノテクノロジーセンター研究会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-11-10
  • [学会発表] Development of a Semantic framework for the integration of mouse phenome information2008

    • 著者名/発表者名
      Masuya H.
    • 学会等名
      22nd International Mammalian Genome Conference
    • 発表場所
      Prague, Czech Republic
    • 年月日
      2008-11-03
  • [学会発表] Development of interigent infrastructure for description of experimental protocols with Semantic Web technology2008

    • 著者名/発表者名
      Tanaka N.
    • 学会等名
      22nd International Mammalian Genome Conference
    • 発表場所
      Prague, Czech Republic
    • 年月日
      2008-11-03
  • [学会発表] A plan of Japanese Mouse Clinic in RIKEN BRC2008

    • 著者名/発表者名
      Wakana S.
    • 学会等名
      22nd International Mammalian Genome Conference
    • 発表場所
      Prague, Czech Republic
    • 年月日
      2008-11-03
  • [学会発表] 実験遺伝学における多様なデータを記述するためのオントロジー基盤の構築2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会 第5回オントロジー研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-10-24
  • [学会発表] A web-based procedure database for mouse phenotype analyses2008

    • 著者名/発表者名
      Waki K.
    • 学会等名
      CBI学会2008年年次大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-10-24
  • [学会発表] 実験遺伝学における多様なデータを記述するための情報基盤の開発2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志,他
    • 学会等名
      日本遺伝学会第80回大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2008-09-03
  • [学会発表] 理研バイオリソースセンター日本マウスクリニック開設計画2008

    • 著者名/発表者名
      若菜茂晴
    • 学会等名
      日本実験動物科学技術2008
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2008-05-15
  • [学会発表] マウス生殖工学実験のためのプロトコールデータベースの開発2008

    • 著者名/発表者名
      金田秀貴
    • 学会等名
      日本実験動物科学技術2008
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2008-05-15
  • [学会発表] 変形性関節症を示す新規Gdf5変異マウス2008

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      日本実験動物科学技術2008
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2008-05-15
  • [図書] 実験マウスの基礎知識「第8章マウスを診断してみよう」2009

    • 著者名/発表者名
      鈴木智広
    • 出版者
      オーム社(印刷中)
  • [図書] 実験マウスの基礎知識「第10章マウスのゲノムについて知ろう」2009

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      オーム社(印刷中)
  • [図書] 実験マウスの基礎知識「第13章コンピュタでマウスを研究しよう」2009

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 出版者
      オーム社(印刷中)
  • [備考]

    • URL

      http://www.brc.riken.go.jp/lab/bpmp/SDOP/

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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