| 研究課題/領域番号 |
20300148
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
若菜 茂晴 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, チームリーダー (90192434)
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| 研究分担者 |
桝屋 啓志 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)
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| キーワード | 表現型解析 / 標準化 / データベース / プロトコル / 動物飼育管理 / マウス / 生殖工学技術 / マウスクリニック |
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| 研究概要 |
本課題では、マウスにおける表現型解析技術および、その基盤となるマウス飼育管理技術を実験動物コミュニティで広く共有するために、幅広い動物実験に対応可能なプロトコル共有データベースを構築し、公開しようとしている。
平成21年度は、昨年度収集したプロトコルを用いてデータベース構築を行った。日本マウスクリニック(JMC)とEuropean Mouse Disease Clinic(EUMODIC)との間で共通する全16種類の検査を対象としたデータベース、SDOPDBを公開した(http://www.brc.riken.jp/lab/bpmp/SDOP/)。
SDOPDBでは、プロトコルの内容が詳細に項目化されて記述され、その内容が研究所間で異なる項目はピンク色に描出されることから、研究所間でのSOPの相違点を厳密かつ容易に比較検討することが可能である。さらに、各プロトコルに基づくベースラインデータをハイパーリンクで容易に閲覧可能としているので、プロトコルの相違に起因する実験結果の相違を、研究所間で比較評価することが可能である。また、プロトコルの書式がWebサイトから自由にダウンロード可能になっていて、研究コミュニティでのプロトコル情報共有フォーマットとして利用できるだけでなく、各ラボ内のプロトコル管理のためにも利用できる。したがって、SDOPDBは国内外の研究機関と連携可能な表現型解析プロトコル情報の共有と公開支援のためのデータベースとして機能する。このデータベース構築について、Bioinformatics誌に投稿し、アクセプトされた。
また、以上のプロトコルが表現型データ自体と関連づけて管理できるように、既存の表現型数値の公開データベースシステム(PhenoPubシステム)の機能拡張を行った。今後、SDOPDBとPhenoPubを連携させるべくデータリンクを行っていく。
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