マウス表現型解析基盤情報共有データベースの開発

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20300148
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 実験動物学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 若菜 茂晴 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, チームリーダー (90192434)
• 研究分担者: 桝屋 啓志 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)
• 連携研究者: 豊田 哲郎 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 部門長 (20342818) ; 小倉 淳郎 独立行政法人理化学研究所, 遺伝工学基盤技術室, 室長 (20194524) ; 宮川 剛 京都大学, 医学研究科, グループリーダー (10301780) ; 中潟 直己 熊本大学, 生命資源研究・支援センター, 教授 (30159058) ; 古瀬 民生 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, 開発研究員 (60392106) ; 金田 秀貴 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型解析開発チーム, 開発研究員 (00214479) ; 小出 剛 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 助教授 (20221955)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: 表現型解析 / 標準化 / データベース / プロトコル / 実験手順 / 動物飼育管理 / マウス / マウスクリニック

研究概要

本課題では、マウスにおける表現型解析技術、その基盤となるマウス飼育管理技術を実験動物コミュニティで広く共有するために、代表者および、連携研究者の実験施設の表現型解析および飼育管理プロトコルを収集し、違いを容易に比較できるプロトコル共有データベース(SDOP-DB)を構築し、公開した。本データベースは、国内および国外の研究施設の表現型解析プロトコル情報を共有し、より高度なプロトコルを策定する基盤として有用である。

研究成果

• [雑誌論文] The RIKEN integrated database of mammals (2010)
  • 著者名/発表者名: Masuya H., Wakana S., Toyoda T
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 38(20) ページ: 1-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] SDOP-DB : A comparative standardized-protocol database for mouse phenotypic analyses (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., Wakana S., Masuya H.
  • 雑誌名: Bioinformatics 26(8) ページ: 1133-1134
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生物学関連のオントロジーの最新動向 (2010)
  • 著者名/発表者名: 桝屋啓志
  • 雑誌名: 人工知能学会誌 Vol.25No.4 ページ: 485-492
• [雑誌論文] Introduction to the Japan Mouse Clinic at the RIKEN BioResource Center (2009)
  • 著者名/発表者名: 若菜茂晴
  • 雑誌名: Experimental Animals 58(5) ページ: 443-450
  • 査読あり
• [雑誌論文] 世界のノックアウトマウスプロジェクトにおける日本の役割 (2009)
  • 著者名/発表者名: 若菜茂晴
  • 雑誌名: 実験医学 Vol.27No.6 ページ: 896-897
• [雑誌論文] 第13章コンピュータでマウスを研究しよう (2009)
  • 著者名/発表者名: 桝屋啓志
  • 雑誌名: マウス実験の基礎知識(小出剛) ページ: 167-177
• [学会発表] The current progress of Japan Mouse Clinic (2011)
  • 著者名/発表者名: 若菜茂晴
  • 学会等名: EUMODIC 4th Annual Meeting
  • 発表場所: Barcelona
  • 年月日: 2011-05-02
• [学会発表] SDOP-DB : a database for international sharing and standardization of mouse phenotyping protocols (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦, 他
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2010)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-10
• [学会発表] SDOP-DB : A database for international sharing and standardization of mouse phenotyping protocols (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: 24th International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Crete
  • 年月日: 2010-10-18
• [学会発表] 情報レベルでの表現型の標準化と統合化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 桝屋啓志
  • 学会等名: 日本遺伝学会第82回大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] マウス表現型解析標準化と日本マウスクリニック (2010)
  • 著者名/発表者名: 若菜茂晴
  • 学会等名: 日本遺伝学会第82回大会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] マウス表現型解析プロトコルの共有・管理のためのデータベースシステムの配布 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦
  • 学会等名: 第24回モロシヌス研究会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] マウス表現型解析プロトコルの国際的標準化と共有に向けて (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦, 他
  • 学会等名: 第57回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2010-05-12
• [学会発表] 理研BRC日本マウスクリニックと表現型データベースIV:マウス表現型統合データベース開発の試みと国際協調 (2010)
  • 著者名/発表者名: 桝屋啓志, 他
  • 学会等名: 第57回日本実験動物学会総会京都
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2010-05-12
• [学会発表] 理研BRC日本マウスクリニックIII:表現型情報公開webサイト「Pheno-Pub」の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木智広, 他
  • 学会等名: 第57回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2010-05-12
• [学会発表] SDOPDB : Comparative standardized-protocol database for mouse phenotyping analyses (2009)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] マウス表現型情報の国際的共有の為のオントロジーに基づいた解析データ及び実験プロトコルデータ処理システムの開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 脇和規,他
  • 学会等名: The Molecular Biology Society of Japan/第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] SDOPDB:マウス表現型解析プロトコルの国際的共有へ向けたデータベース (2009)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦,他
  • 学会等名: The Molecular Biology Society of Japan/第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] SDOPDB : Comparative standardized-protocol database for mouse phenotyping analyses (2009)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: 23rd International Mammalian Genome Conference, La Jolla
  • 発表場所: La Jolla
  • 年月日: 2009-11-02
• [学会発表] Development of database for the exchange of experimental procedure information (2009)
  • 著者名/発表者名: WakiK., 他
  • 学会等名: 第23回モロシヌス研究会
  • 発表場所: 守山
  • 年月日: 2009-07-11
• [学会発表] SDOPDB ; database for the international sharing of mouse phenotyping protocols (2009)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: 第23回モロシヌス研究会
  • 発表場所: 守山
  • 年月日: 2009-07-11
• [学会発表] マウス表現型DB整備(1)表現型解析プロトコールの国際的共有へ向けた情報技術開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦,他
  • 学会等名: 第56回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: さいたま
  • 年月日: 2009-05-14
• [学会発表] マウス表現型DB整備(2)マウス実験プロトコール共有データベースの開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 脇和規,他
  • 学会等名: 第56回日本実験動物学会総会
  • 発表場所: さいたま
  • 年月日: 2009-05-14
• [学会発表] Development of Intelligent Infrastructure for Experimental Protocols with Ontological Technology (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-16
• [学会発表] Experimental procedure databases for mouse phenotype analyses (2008)
  • 著者名/発表者名: WakiK., 他
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-16
• [学会発表] Development of data-models for major concepts in genetic studies using ontological framework (2008)
  • 著者名/発表者名: Masuya H., 他
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] マウス表現型解析の為の実験プロトコルデータベース (2008)
  • 著者名/発表者名: 脇和規,他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] マウス表現型情報の高度化のための情報基盤の技術開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田中信彦,他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] Development of intelligent infrastructure for description of experimental protocols with Semantic Web technology (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka N., 他
  • 学会等名: 22nd International Mammalian Genome Conference
  • 発表場所: Prague
  • 年月日: 2008-11-03
• [学会発表] Development of an ontological framework to describe experimental procedures, experimental results and phenotypes (2008)
  • 著者名/発表者名: Masuya H.
  • 学会等名: CASIMIR/ Interphenome Workshop on Describing and Reporting Phenotypes
  • 発表場所: Cambridge
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] 実験遺伝学における多様なデータを記述するための情報基盤の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 桝屋啓志,他
  • 学会等名: 日本遺伝学会第80回大会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2008-09-03
• [学会発表] マウス表現型解析基盤の構築とマウスクリニック計画 (2008)
  • 著者名/発表者名: 若菜茂晴
  • 学会等名: オミックス医療が拓く未来2008
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-07-04
• [備考] ホームページ等
• [備考] SDOP-DB
  • URL: http://www.brc.riken.jp/lab/bpmp/SDOP/