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2009 年度 実績報告書

ホヤゲノムにコードされる小分子RNAの包括的探索

研究課題

研究課題/領域番号 20310115
研究機関東京大学

研究代表者

中井 謙太  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)

研究分担者 日下部 岳広  甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)
井上 邦夫  神戸大学, 大学院・理学研究科, 准教授 (40252415)
キーワードカタユウレイボヤ / 小分子RNA / ゲノム解析 / 特異的発現 / 次世代シークエンサー
研究概要

近年、miRNAなどの小分子RNA(ncRNA)が、さまぎまなメカニズムで広い範囲の細胞機能や発生過程に重要な役割を果たしていることが明らかになってきている。また、それら小分子RNAの生合成や機能発現にはDicer, Drosha, Piwi/Argonauteなどの遺伝子ファミリーも種を超えて関わっていることが明らかにされつつある。そこで本研究では、これまで我々が行ってきた脊椎動物のモデル生物(ホヤ)の転写制御領域に関する研究経験をいかして、理論と実験を組み合わせて、ホヤゲノムにコードされた小分子RNAの機能解明を目指している。また、ゼブラフィッシュとの進化的保存性を調べることで、脊椎動物の研究へも新しい角度からの貢献を目指している。今年度の成果としては、まずゼブラフィッシュなどの脊椎動物の筋肉細胞発生に重要な役割を果たすことが知られている2種類のmiRNA(miR-1,miR-133)のホヤホモログについて、その転写調節領域を単離し、蛍光レポーターを用いて、幼生筋特異的な発現を得ることに成功した。現在、詳細な転写制御配列の解析と、Kaedeレポーターを用いた発現細胞の追跡を行っている。また、上述のDicerなどの小分子RNAの生合成などに関わる遺伝子群の解析も行った。ホヤゲノムにはDicer, Droshaはそれぞれ一遺伝子しかコードされていない。Argonauteも一遺伝子だが、piwiは2個のファミリーメンバーが存在する。これらの遺伝子はホヤの発生において非常に早い段階で発現していることを確認した。特にpiwiの二つの相同遺伝子のうちの一つの転写調節領域を単離し、蛍光レポーターによってその発現パターンを再現することに成功したので、今後、より詳細に発現細胞の追跡と、転写制御領域の解析を行う。最後に、次世代シークエンサーを用いた、組織特異的・発生時期特異的サンプルの網羅的なトランスクリプトームデータが得られており、現在その解析と整備を進めている。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2010 2009

すべて 学会発表 (7件)

  • [学会発表] microRNAの多様性と脊椎動物の進化2010

    • 著者名/発表者名
      日下部りえ
    • 学会等名
      第3回甲南大学生物学科シンポジウム
    • 発表場所
      甲南大学
    • 年月日
      2010-01-13
  • [学会発表] Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs2009

    • 著者名/発表者名
      谷沙織、日下部りえ、宮本由紀、岡村浩司、中井謙太、日下部岳広、井上邦夫
    • 学会等名
      The 5th International Tunicate meeting
    • 発表場所
      沖縄産業支援センター
    • 年月日
      20090621-20090625
  • [学会発表] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs2009

    • 著者名/発表者名
      Rie Kusakabe, Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro, G.Kusakabe
    • 学会等名
      第42回日本発生生物学会大会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ(新潟)
    • 年月日
      20090528-20090531
  • [学会発表] Decoding cis-regulatory systems of cell type-specific genes in the tunicate genome2009

    • 著者名/発表者名
      Takehiro G. Kusakabe
    • 学会等名
      International Symposium on Marine Genomics 2009
    • 発表場所
      Southern Plaza Kaiho(沖縄)
    • 年月日
      2009-12-18
  • [学会発表] カタユウレイボヤの小分子機能性RNAの生合成・作用機序に関わるタンパク質ファミリーCharacterization and expression patterns of genes encoding protein families involved in biogenesis and functions of small RNAs in the ascidian Ciona intestinalis2009

    • 著者名/発表者名
      一瀬葵、宮本由紀、寺嶋泰子、大道裕、西辻光希、白江-倉林麻貴、中村輝、日下部りえ、井上邦夫、日下部岳
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] 無脊椎動物ホヤの大規模転写開始点決定から探るCpGアイランドプロモータの進化2009

    • 著者名/発表者名
      岡村浩司, 他6名
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-09
  • [学会発表] 筋肉ではたらくmicroRNAの機能と進化2009

    • 著者名/発表者名
      日下部りえ, 他8名
    • 学会等名
      第15回小型魚類研究会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-09-12

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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