| 研究課題/領域番号 |
20310124
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| 研究機関 | 独立行政法人海洋研究開発機構 |
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研究代表者 |
高見 英人 独立行政法人海洋研究開発機構, 極限環境生物圏研究センター, プログラムディレクター (70359165)
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| 研究分担者 |
堀 沙耶香 独立行政法人海洋研究開発機構, 極限環境生物圏研究センター, ポストドクトラル研究員 (20470122)
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| キーワード | メタグノム解析 / 極限環境 / 地下生命圏 / 微生物多様性 / 遺伝子資源 |
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| 研究概要 |
地下生命圏における微生物と遺伝子の多様性解析を行うに当たり、平成20年度は下北半島東方沖掘削コアサンプルのうちこれまでDNA抽出が終了していなかった掘削深度の異なる4サンプルからのDNA抽出を行った。抽出されるDNA量は堆積物の質によっても異なるが、今回のサンプルでは、掘削深度が深くなるに従って抽出されるDNA量が劇的に減少し、海底面と比べると掘削深度348mからの抽出DNA量は1/1000以下であった。DNA抽出量が少ないサンプルについては、ショットガンライブラリーの作製が困難なため、φ29のDNA polymeraseにDNA増幅キットGenomiPhiを用いてDNA増幅を試みた。海底下5m〜348mまでの6サンプルから抽出されたDNAをそれぞ1ngずつ用いて増幅を行ったところ、海底下5m〜107mまでは1ngのDNAが90分の反応で100倍以上に増幅されたが、217mと348mではDNA増幅量は少なくネガティブコントロールと比べても大差なかった。増幅産物の評価のために増幅産物を鋳型に16SrDNAをPCRにて増幅し塩基配列を決定したところ、DNA増幅が見られた海底下5m〜107mまではφ29によるDNAの増幅前後で16SrDNAのパターンに大きな差は見られなかったが、217mと348mでは増幅後にキットなどからのコンタミと思われる大腸菌の16SrDNAが3割以上検出され、サンプルによっては注意を要することが判明した。そこで、明らかにコンタミとわかる微生物由来のDNAを増幅産物から除去するための検討を開始した。最もコンタミの可能性が高い微生物の一つと考えられる大腸菌のDNAを磁気ビーズに固定し、それによる増幅産物からの大腸菌のDNA除去がどこまで有効かを現在確認中である。本方法が有効と判断されれば、それによって大腸菌DNAが除去されたサンプルからのライブラリー作製を試みる予定である。
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