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2008 年度 実績報告書

鎖長識別能を有する人工核酸プローブを利用したmiRNA検出法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20350074
研究機関東京工業大学

研究代表者

清尾 康志  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 准教授 (20313356)

キーワードmicroRNA / 鎖長識別能 / 短鎖RNA選択的結合 / 人工核酸 / 塩基識別能 / 蛍光核酸
研究概要

今年度は、鎖長識別能を有する人工核酸プローブのための修飾ヌクレオシドの合成とオリゴヌクレオチド合成およびそのハイブリダイゼーション能評価を実施した。
新規ヌクレオシドの合成としては、修飾デオキシアデノシンdA^<ChcmP>ならびに修飾デオキシグアノシンdG^<CmcmP>の合成を達成した。さらにこれらを2′-0-メチルRNAの5′末端に導入したオリゴヌクレオチドプローブの合成も達成した。
合成したオリゴヌクレオチドプローブを用いて、短鎖RNAおよび長鎖RNAへのハイブリダイゼーション能をUV-融解曲線を測定することにより評価した。その結果、合成したオリゴヌクレオチドプローブはいずれも短鎖RNAに対しより高い親和性を有することが分かった。また、この短鎖選択的結合能はdG^<CmcmP>よりもdA^<ChcmP>でより顕著であることが分った。
これにより、鎖長識別能を有する人工核酸プローブの末端構造の最適化をデオキシアデノシンを用いて行なうことの妥当性が確認された。
本年度はさらに、上記人工核酸プローブを補足する技術として高精度な塩基識別能を有するcmGおよび、a^2C^3Gに関する合成化学的および計算化学的研究と蛍光核酸dA^<pymcm>に関する分光学的研究も併せて行い、それぞれの性質を明らかにした。これらの研究は鎖長識別能を有する人工核酸と組み合わせて用いることで、microRNAなどの生体内RNAの高精度・高感度検出への利用が期待される。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] Computational evaluation of the stability of 2'-O-methyl-RNA/RNA duplexes incorporating 3-deazaguanine derivatives by ab initio calculations and a molecular dynamics simulation2009

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Sasami, Ryuya Tawarada, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine, Kohji Seio
    • 雑誌名

      J. Mol. Struct. THEOCHEM 899

      ページ: 54-60

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides incorporating 2-N-carbamoylguanine and evaluation of the hybridization properties.2009

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Sasami, Yoko Odawara, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine, Kohji Seio.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. 17

      ページ: 1398-1403

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hybridization-dependent fluorescence of oligodeoxynucleotides incorporating new pyrene-modified adenosine residues2008

    • 著者名/発表者名
      Kohji Seio, Masanhiro Mizuta, Kaori Tasaki, Keigo Tamaki, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. 16

      ページ: 8287-8293

    • 査読あり
  • [学会発表] 嵩高い末端修飾を施したオリゴヌクレオチドの合成と短鎖RNA選択的結合能2009

    • 著者名/発表者名
      清尾康志, 黒萩早耶子 宮崎一也, 正木慶昭, 角田浩佑 大窪章寛, 関根光雄
    • 学会等名
      日本化学会 第89春季年会
    • 発表場所
      日本大学 船橋キャンパス
    • 年月日
      2009-03-29
  • [学会発表] フルオレセインとピレンを含むオリゴヌクレオチドの合成と分光学的評価2009

    • 著者名/発表者名
      清尾康志, 田崎香, 佐藤由理 角田浩佑, 大窪章寛, 関根光雄
    • 学会等名
      日本化学会 第8 9春季年会
    • 発表場所
      日本大学 船橋キャンパス
    • 年月日
      2009-03-29
  • [学会発表] アデニンN-6位をピレンで修飾した新規DNAの合成と蛍光特性2009

    • 著者名/発表者名
      清尾康志, 佐藤由理, 田崎 香, 大窪章寛, 関根光雄
    • 学会等名
      日本化学会 第89春季年会
    • 発表場所
      日本大学 船橋キャンパス
    • 年月日
      2009-03-28
  • [学会発表] 末端に修飾グアニン残基を有するオリゴヌクレオチドの合成と鎖長選択的RNA結合能2009

    • 著者名/発表者名
      清尾康志, 宮崎一也, 黒萩早耶子, 角田浩佑, 大窪章寛, 関根 光雄
    • 学会等名
      日本化学会 第89春季年会
    • 発表場所
      日本大学 船橋キャンパス
    • 年月日
      2009-03-28
  • [学会発表] 2 -N-カルバモイルグアニンを含むオリゴヌクレオチドの合成における副反応の検討と塩基対形成能の評価2008

    • 著者名/発表者名
      佐々見武志, 小田原洋子 大窪章寛, 関根光雄, 清尾康志
    • 学会等名
      第18回アンテセンスシンポジウム
    • 発表場所
      岐阜大学
    • 年月日
      2008-11-17
  • [学会発表] 6 -N- ピレニルカルバモイルアデニンを含む人エオリゴデオキシヌクレオチドの蛍光特性2008

    • 著者名/発表者名
      清尾康志, 田崎 香, 佐藤由理, 大窪章寛, 関根光雄
    • 学会等名
      第18回アンチセンスシンポジウム
    • 発表場所
      岐阜大学
    • 年月日
      2008-11-17
  • [学会発表] Synthesis of oligonucleotides teminally modified by bulky and negatively charged substituents and their hybridization with RNA targets2008

    • 著者名/発表者名
      Kohji Seio, Yusuke Takaku, Kazuya Miyazaki, Sayako Kurohagi, Akihiro Ohkubo, Mitsuo Sekine
    • 学会等名
      第35回国際核酸化学シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2008-09-08

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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