鎖長識別能を有する人工核酸プローブを利用したmiRNA検出法の開発

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20350074
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 清尾 康志 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 准教授 (20313356)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: microRNA / 鎖長識別能 / 短鎖RNA選択的結合 / 人工核酸 / 塩基識別能 / 蛍光核酸

研究概要

本研究ではmiRNAの機能を解明しそれらの情報を疾患の診断や治療に応用するために、細胞内の成熟RNAを迅速かつ網羅的に検出する人工オリゴヌクレオチドプローブの開発を目指し研究を行った。その結果、microarrayや蛍光プローブに有用な、成熟miRNAの鎖長と配列を精密に認識する人工核酸や蛍光核酸を計算化学的手法を用いた合理的な設計と有機合成を組合わせて開発することに成功した。

研究成果

• [雑誌論文] (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsunoda, H., Kudo, T., Masaki, Y., Ohkubo, A., Seio K., Sekine M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 39 ページ: 2995-3004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides using the oxidatively cleavable 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5-hydroxyl group. (2010)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Shiraishi, M., Utagawa, E., Ohkubo, A., Sekine, M.
  • 雑誌名: New Journal of Chemistry 34 ページ: 984-992
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides usin fully protected deoxynucleoside 3'-phosphoramidite building blocks and base recognition of oligodeoxynucleotides incorporating N3-cyano-ethylthymine (2010)
  • 著者名/発表者名: Tsunoda, H., Kudo T., Ohkubo, A., Seio, K., Sekine, M.
  • 雑誌名: Molecules 15 ページ: 7509-7531
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linear relationship between deformability and thermal stability of 2'-O-modified RNA hetero duplexes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Masaki, Y., Miyasaka, R., Ohkubo, A., Seio, K., Sekine, M.
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 114 ページ: 2517-2524
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides incorporating 2-N-carbamoylguanine and evaluation of the hybridization properties. (2009)
  • 著者名/発表者名: Sasami, T., Odawara, Y., Ohkubo, A., Sekine, M., Seio, K.
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 17 ページ: 1398-1403
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational evaluation of the stability of 2 '-O-methyl-RNA/RNA duplexes incorporating3-deazaguanine derivatives by ab initio calculations and a molecular dynamics simulation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Sasami, T., Tawarada, R., Ohkubo, A., Sekine, M., Seio, K.
  • 雑誌名: Journal of Molecular Structure-Theochem 899 ページ: 54-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of terminally modified oligonucleotides and their hybridization dependence on the size of the target RNAs. (2009)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Takaku, Y., Miyazaki, K., Kurohagi, S., Masaki, Y., Ohkubo, A., Sekine, M.
  • 雑誌名: Organic & Biomolecular Chemistry 7 ページ: 2440-2451
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluorescence properties of pyrimidopyrimidoindole nucleoside dC(PPI) incorporated into oligodeoxynucleotides. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mizuta, M., Seio, K., Ohkubo, A., Sekine, M.
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 113 ページ: 9562-9569
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and hybridization of 20-O-methyl-RNAs incorporating 2'-O-carbamoyluridine and unique participation of the carbamoyl group in U.G base pair. (2009)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Tawarada, R., Sasami, T., Serizawa, M., Ise, M., Ohkubo, A., Sekine, M.
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 17 ページ: 7275-7280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hybridization-dependent fluorescence of oligodeoxynucleotides incorporating new pyrene-modified adenosine residues. (2008)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Mizuta, M., Tasaki, K., Tamaki, K., Ohkubo, A., Sekine, M.
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 16 ページ: 8287-8293
  • 査読あり
• [学会発表] 蛍光シチジン誘導体(dC^<PPI>)と2-アミノプリンを有する二重鎖核酸の蛍光特性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志、大関弘貴、徳川宗史、角田浩佑、大窪章寛、関根光雄
  • 学会等名: 第91日本化学会春季年会
  • 発表場所: 神奈川大学
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] 2'-O-カルバモイルウリジン誘導体を有する人工核酸の合成と性質 (2010)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志、徳川宗史、金森功吏、角田浩佑、大窪章寛、関根光雄
  • 学会等名: 第20回アンチセンスシンポジウム
  • 発表場所: 甲南大学ポートアイランドキャンパス
  • 年月日: 2010-12-02
• [学会発表] Development of triplex forming oligonucleotide incorporating cytosine derivative capable of selective recognition of pseudouridine in DNA duplex. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanamori T., Tsunoda, H., Ohkubo A., Sekine M., Seio, K.
  • 学会等名: 第10回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 浜銀ホール(横浜)
  • 年月日: 2010-11-10
• [学会発表] Synthesis and properties of oligonucleotides incorporating 2'-O-carbamoyl modifications. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tokugawa M., Kanamori T., Tsunoda T., Ohkubo A., Sekine M., Seio, K.
  • 学会等名: 第10回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 浜銀ホール(横浜)
  • 年月日: 2010-11-10
• [学会発表] Synthesis of oligopeptide using phosphoramidite method and transacylation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Satoh Y., Tsunoda H., Ohkubo A., Sekine M., Seio. K.
  • 学会等名: 第10回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 浜銀ホール(横浜)
  • 年月日: 2010-11-10
• [学会発表] 5'末端に修飾アデニンを導入したオリゴヌクレオチドの合成と短鎖RNA選択的結合能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志、兒玉恵里佳、黒萩早耶子、角田浩佑、大窪章寛、関根光雄
  • 学会等名: 第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 一橋記念講堂
  • 年月日: 2010-07-27
• [学会発表] 2'-O-修飾RNAにおける変形能と二重鎖融解温度の線形関係 (2010)
  • 著者名/発表者名: 正木慶昭、宮坂隆太、角田浩佑、大窪章寛、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 第90日本化学会春季年会
  • 発表場所: 近畿大学
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] 短鎖RNAの検出を指向した新規人工核酸の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志
  • 学会等名: 第90日本化学会春季年会
  • 発表場所: 近畿大学
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] 2'位に4-アミノブチルカルバモイル基を有する人工核酸の合成と性質 (2010)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志、徳川宗史、伊勢美沙子、角田浩佑、大窪章寛、関根光雄
  • 学会等名: 第90日本化学会春季年会
  • 発表場所: 近畿大学
  • 年月日: 2010-03-26
• [学会発表] Development of new DNA triplex triads by using 5-substituted deoxycytidine. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kanamori T., Tsunoda H., Ohkubo A., Sekine M., Seio, K.
  • 学会等名: 第6回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 高山市民文化会館
  • 年月日: 2009-09-28
• [学会発表] Synthesis and properties of terminally modified oligonucleotides capable of short-RNA selective hybridization. (2009)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Miyazaki K., Kurohagi S., Masaki Y., Tsunoda H., Ohkubo A., Sekine M.
  • 学会等名: 第6回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 高山市民文化会館
  • 年月日: 2009-09-28
• [学会発表] 末端修飾を施したオリゴヌクレオチドの合成と短鎖RNA選択的結合能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志、黒萩早耶子、宮崎一也、正木慶昭、角田浩佑、大窪章寛、関根光雄
  • 学会等名: 第11RNAミーティング
  • 発表場所: 朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] フルオレセインとピレンを含むオリゴヌクレオチドの合成と分光学的評価 (2009)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志, 田崎香, 佐藤由理, 角田浩佑, 大窪章寛, 関根光雄
  • 学会等名: 日本化学会第89春季年会
  • 発表場所: 日本大学船橋キャンパス
  • 年月日: 2009-03-29
• [学会発表] 嵩高い末端修飾を施したオリゴヌクレオチドの合成と短鎖RNA選択的結合能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志, 黒萩早耶子, 宮崎一也, 正木慶昭, 角田浩佑, 大窪章寛, 関根光雄
  • 学会等名: 日本化学会第89春季年会
  • 発表場所: 日本大学 船橋キャンパス
  • 年月日: 2009-03-29
• [学会発表] 末端に修飾グアニン残基を有するオリゴヌクレオチドの合成と鎖長選択的RNA結合能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志, 宮崎一也, 黒萩早耶子, 角田浩佑, 大窪章寛, 関根光雄
  • 学会等名: 日本化学会第89春季年会
  • 発表場所: 日本大学船橋キャンパス
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] アデニンN-6位をピレンで修飾した新規DNAの合成と蛍光特性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志, 佐藤由理, 田崎香・大窪章寛・関根光雄
  • 学会等名: 日本化学会第89春季年会
  • 発表場所: 日本大学船橋キャンパス
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] 6-N-ピレニルカルバモイルアデニンを含む人工オリゴデオキシヌクレオチドの蛍光特性 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清尾康志, 田崎香, 佐藤由理, 大窪章寛, 関根光雄
  • 学会等名: 第18回アンチセンスシンポジウム
  • 発表場所: 岐阜大学
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] 2-N-カルバモイルグアニンを含むオリゴヌクレオチドの合成における副反応の検討と塩基対形成能の評価 (2008)
  • 著者名/発表者名: 佐々見武志, 小田原洋子, 大窪章寛, 関根光雄, 清尾康志
  • 学会等名: 第18回アンチセンスシンポジウム
  • 発表場所: 岐阜大学
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] Synthesis of oligonucleotides terminally modified by bulky and negatively charged substituents and their hybridization with RNA targets. (2008)
  • 著者名/発表者名: Seio, K., Takaku Y., Miyazaki K., Kurohagi S., Ohkubo A., Sekine M.
  • 学会等名: 第35回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2008-09-08
• [産業財産権] オリゴヌクレオチド誘導体 (2011)
  • 発明者名: 清尾康志, 関根光雄, 宮崎一也, 黒萩早耶子, 兒玉恵理佳
  • 権利者名: 国立大学法人東京工業大学
  • 産業財産権番号: PCT出願, PCT/JP2011/053373
  • 出願年月日: 2011-02-17
  • 外国