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バイオ医薬品生産に多用されているCHO細胞であるが、細胞自身については殆ど解明されていない。現在、CHOに関してはゲノムプロジェクトを初めとして、CHO細胞ゲノムそのものを解明利用したり、染色体増幅領域との関係解明を本格的に行った例は無い。本研究では、これまでに構築したCHO細胞の全ゲノム領域を含む「CHO細胞BACライブラリー」を用いてCHO細胞の染色体の分類マーカーを構築し、構築した分類マーカーと配列情報に基づくゲノム上の遺伝子存在位置情報からCHO細胞の細胞株構築過程における染色体再構築について解析することを目的とする。(1)BAC-FISH法を用いた染色体分類マーカーの構築 これまでの研究でCHO細胞の全ゲノムをカバーするBACライブラリーを構築した。これを用いて、BAC-FISHを行い、染色体を分類可能なBACクローンをスクリーニングし、染色体分類マーカーを構築した。現在、13個のBAC-FISHマーカーで20本のCHO-DG44細胞の染色体を識別でき、合計200個のBACを用いた染色体物理地図を作成した。(2)BAC-ENDシークエンスに基づいたCHO細胞ゲノムgene ontology:BACライブラリーは構築に用いたベクターが全て同じものであり、挿入されたBAC断片の両端の配列情報(END情報)については比較的簡単に決定することができる。本サブテーマでは、BAC-FISHマーカー作成に用いたBACクローン200個のENDシークエンスを解析した。(3)染色体マーカーを用いた染色体再配列解析システム開発:本研究の最終目的である細胞構築過程におけるCHO細胞の染色体安定性や再配列を解析するためには、上記(1)で構築したBAC-FISHマーカーを用いて、親株であるCHO-DG44細胞株の染色体分類解析を行うための画像データ抽出法を構築した。これによって、CHO細胞の染色体識別法が確立された。
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