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2008 年度 実績報告書

高精度RNAオミクスに資する基盤技術開発

研究課題

研究課題/領域番号 20360374
研究機関大阪大学

研究代表者

福崎 英一郎  大阪大学, 大学院・工学研究科, 教授 (40273594)

研究分担者 高村 禅  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 准教授 (20290877)
桑原 正靖  群馬大学, 工学研究科, 助教 (40334130)
岡澤 敦司  大阪大学, 大学院・工学研究科, 助教 (10294042)
キーワードRNA / miRNA / メタボロミクス / ゼブラフィッシュ / ナノLC / 質量分析 / プローブ
研究概要

miRNA定量分析に資するナノLC/MS分析系の改良を行った.75μm内径の石英粗管をレーザーキャピラリープラーで先端加工し,8μm先端内径のカラムを作成し,粒径3μmのODSシリカゲル粒子を充填し,質量分析チップ一体型のナノLCカラムを作成し,イオントラップ型質量分析計に連結し,超微量定量分析系を確立した.
ゼブラフィッシュの発生胚を材料として,miRNAの抽出・精製法の最適化検討を行った.ゼブラフィッシュの発生胚(24hpf)100個(130mgFW)から、total RNAは39±8・g(mean±SD)、miRNAは0.39±0.02・g回収され、total RNAに対するmiRNAの割合は約1%であった.
miRNA前駆体定量システムの開発に向けて、質量分析用のプローブとなる修飾オリゴDNAの合成を行った.プローブは質量標識部位、リンカー部位、核酸部位(塩基配列認識部位)の3つより構成される。質量分析器によって感度良く検出できるプローブを開発するために、質量標識部位およびリンカー部位の化学構造の最適化を検討し含窒素化合物を有する誘導体が高感度に検出されるなど分子設計の指針となる知見を得た.
miRNAおよびpre-miRNAの精製濃縮システムの開発として,細胞からRNAを抽出するための条件の精査を行った。特に今回は、精製濃縮の後質量分析することを考慮し、なるべく余計な分子がRNAに結合しないように、変性剤を用いないでRNAをトラップする条件を求めこと、及びその効率を高めることに注力した。その結果、70℃で10分保持後、氷上で5分保持する熱処理によって、それまでの変性剤を用いないでも、ssRNAをトラップできること、トラップするための狭小部の幅は8μmがよいこと等が分かった。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (14件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] High-resolution spatial and temporal analysis of phytoalexin production in oats2009

    • 著者名/発表者名
      Izumi, Y. Kajiyama, S.
    • 雑誌名

      Planta 229

      ページ: 931943

    • 査読あり
  • [雑誌論文] メタボロミクスの定量性とデータマイニング2008

    • 著者名/発表者名
      福崎英一郎
    • 雑誌名

      ぶんせき 10

      ページ: 530-535

  • [雑誌論文] Integrated metabolite and gene expression profiling revealing phytochrome2008

    • 著者名/発表者名
      Jumtee, K. Bamba, T.
    • 雑誌名

      A regulation of polyamine biosynthesisof Arabidopsis thaliana 59

      ページ: 11871200

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acridone-tagged DNA as a new probe for DNA detection byfluorescence resonance energy transfer and for mismatch DNA recognition2008

    • 著者名/発表者名
      Y. HagiwaraT. HasegawaA. Shoji
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. 16

      ページ: 70137020

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Systematic analysis of enzymatic DNA polymerization using oligo-DNA templates and triphosphate analogs involving 2', 4'-bridged nucleosides.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kuwahara S. Obika J. Nagashima
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 36

      ページ: 42574265

    • 査読あり
  • [雑誌論文] メタボロミクスの基礎技術開発と応用2008

    • 著者名/発表者名
      福崎英一郎
    • 雑誌名

      生産と技術 60

      ページ: 13

  • [学会発表] 微小流体デバイスを用いた-細胞配列、破砕技術に基づく個別細胞解析2009

    • 著者名/発表者名
      高村禅
    • 学会等名
      第8回日本再生医療学会総会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム
    • 年月日
      20090305-20090306
  • [学会発表] キャピラリーLC/MSを用いたシロイヌナズナに含まれるリグナン関連化合物のプロファイリング2009

    • 著者名/発表者名
      堀 遂人岡澤敦司
    • 学会等名
      日本農芸化学会2009年度大会
    • 発表場所
      博多
    • 年月日
      2009-03-29
  • [学会発表] 1細胞の核酸解析のためのダイヤフラムバルブを用いた細胞捕捉とリリース2008

    • 著者名/発表者名
      野間慶一、松浦宏紀
    • 学会等名
      化学とマイクロナノプロセス研究会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      20081208-20081209
  • [学会発表] Molecuutilizar separation and elemental analysis methodng micro fabricated structures2008

    • 著者名/発表者名
      Yuzuru Takamura
    • 学会等名
      Nanotechnology 2008
    • 発表場所
      国際交流会館, 石川
    • 年月日
      20081023-20081025
  • [学会発表] Trap probability analysis of DNA trap using electric and hydrodragforce fields in tapershaped microchannel2008

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Tomizawa Eiichi Tamiya
    • 学会等名
      Nanotechnology 2008
    • 発表場所
      国際交流会館, 石川
    • 年月日
      20081023-20081025
  • [学会発表] Numerical simulation of DNA motion in a micro/nanochannel under shear and extensional flow2008

    • 著者名/発表者名
      Lassoued Mouez Yuzuru Takamura
    • 学会等名
      Nanotechnology 2008
    • 発表場所
      国際交流会館, 石川
    • 年月日
      20081023-20081025
  • [学会発表] Singlecell trap and release mechanism using a modified diaphragmvalve for singlecell gene analysis2008

    • 著者名/発表者名
      Keiichi Noma Hiroki Matsuura
    • 学会等名
      Nanotechnology 2008
    • 発表場所
      国際交流会館, 石川
    • 年月日
      20081023-20081025
  • [学会発表] RNA Extraction by Electric and Hydraulic Force Fields in Microfluidic Channel2008

    • 著者名/発表者名
      Yuzuru Takamura, Keiichi Noma
    • 学会等名
      3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • 発表場所
      ETH Zurich, Switzerland
    • 年月日
      20080911-20080912
  • [学会発表] I細胞からの核酸解析のためのダイヤフラムバルブを用いた細胞補足とリリース2008

    • 著者名/発表者名
      野間 慶一松浦 宏紀
    • 学会等名
      2008年秋季第69回応用物理学会学術講演会
    • 発表場所
      名古屋 中部大学
    • 年月日
      20080902-20080905
  • [学会発表] Modern Analyitical Technology for Mobile Use Employing Microfabricated structures2008

    • 著者名/発表者名
      Yuzuru Takamura
    • 学会等名
      BIT Life Sciences' 1st Annual World Congress. ofiBio-2008
    • 発表場所
      中国 杭州
    • 年月日
      20080518-20080521
  • [学会発表] DNA鎖の主鎖修飾がポリメラーゼ反応に及ぼす影響 ・2008

    • 著者名/発表者名
      棄原正靖竹島英俊
    • 学会等名
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム
    • 発表場所
      東京工業大学すずかけ台キャンパス
    • 年月日
      2008-09-18
  • [学会発表] ffect of backbone-modification of oligodeoxyribonucleic acid onprimer extension reactions.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kuwahara Minezaki, J
    • 学会等名
      Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleos ides, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      京都大学吉田キャンパス
    • 年月日
      2008-09-11
  • [学会発表] 植物ホルモン類の網羅的高感度LC-ESI-MS/MS分析2008

    • 著者名/発表者名
      和泉自泰岡渾敦司
    • 学会等名
      第2 6回日本植物細胞分子生物学会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-09-02
  • [学会発表] Integrated metabolic profling and gene expression profling revealing phytochrome A regulation of polyamine biosynthesis of Arabidopsis thaliana2008

    • 著者名/発表者名
      Jumtee, K. Bamba, T. Okazawa, A.
    • 学会等名
      第2 6回日本植物細胞分子生物学会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-09-02
  • [産業財産権] 細胞捕捉装置及び細胞捕捉方法2008

    • 発明者名
      高村 禅野間 慶一
    • 権利者名
      国立大学法人北陸先端科学技術大学院大学
    • 産業財産権番号
      特願2008-222715
    • 出願年月日
      2008-08-29

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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