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2009 年度 実績報告書

高精度RNAオミクスに資する基盤技術開発

研究課題

研究課題/領域番号 20360374
研究機関大阪大学

研究代表者

福崎 英一郎  大阪大学, 工学研究科, 教授 (40273594)

研究分担者 高村 禅  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 准教授 (20290877)
桑原 正靖  群馬大学, 工学研究科, 准教授 (40334130)
岡澤 敦司  大阪大学, 工学研究科, 助教 (10294042)
キーワードRNA / miRNA / メタボロミクス / ゼブラフィッシュ / ナノLC / 質量分析 / プローブ
研究概要

ナノLC/MSによる精密微量定量システムを実用化した.質量分析によるmiRNAの検出システムの開発を実施した.高分解能,高質量精度を有し,かつ,MS(n 乗)測定が可能であるハイブリッド型質量分析計であるイオントラップ飛行時間型質量分析計(IT-TOF-MS)を用いた.一塩基置換の配列の検出も可能とした.同位体パターンを解析することにより,各多荷イオン価数を確認し,分子量の精密推定を可能とした.
miRNA前駆体定量システムの開発に向けて,質量分析用のプローブとなる修飾オリゴDNAの合成を行った.これまでの研究で,質量標識部位にはある種の含窒素化合物を有する誘導体が高感度に検出されることが明らかにしたため,その知見に基づく分子設計を行い,複数のDNAプローブをポスト修飾法によって合成した.
miRNAの濃縮精製を指向し,トラップ条件とトラップ確率の関係を精査し,トラップ確率が,電圧と流速の比率でのみ決まり,その絶対値には影響しないことを見出した.これは,本トラップが,誘電泳動によるものではなく,新しいものであることを示している.現在この情報を元に,トラップメカニズムを解析するための,数値シミュレーションを試みている.また,細胞の解析実験では,1細胞のDNA・RNA解析を容易にできるように,細胞を1つずつ自動的に配列させて,トラップ部へ導入する機構を完成させた.また,チップ上でPCR解析を行うために,Polydimethylsiloxaneのガス透過性を積極的に利用した手法を考案し,有効性を実証した.

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Development of a method for comprehensive and quantitative analysis of plant hormones by highly sensitive nanoflow liquid chromatography-electrospray ionization-ion trap mass spectrometry.2009

    • 著者名/発表者名
      Izumi, Y., Okazawa, A., Bamba, T., Kobayashi, A., Fukusaki, E.
    • 雑誌名

      Anal Chim Acta 648(2)

      ページ: 215-225

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-resolution spatial and temporal analysis of phytoalexin production in oats.2009

    • 著者名/発表者名
      Izumi, Y., Kajiyama, S., Nakamura, R., Ishihara, A., Okazawa, A., Fukusaki, E., Kanematsu, Y., Kobavashi, A.
    • 雑誌名

      Planta 229(4)

      ページ: 931-943.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell separation by an aqueous two-phase system in a microfluidic device2009

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Tsukamoto, Shu Taira, Shohei Yamamura, Yasutaka Morita, Naoki Nagatani, Yuzuru Takamura, Eiichi Tamiya,
    • 雑誌名

      Analyst 134

      ページ: 1994-1998

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trapping probability analysis of a DNA Trap using Electric and Hydrodrag force fields in tapered microchanels2009

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Tomizawa, Eiichi Tamiya, Yuzuru Takamura
    • 雑誌名

      Physical Review E, 79(5)

      ページ: 051902-1-051902-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive metabolite profiling of phyA phyB phyC triple mutants to reveal their associated metabolic phenotype in rice leaves2009

    • 著者名/発表者名
      Jumtee, K., Okazawa, A., Harada, K., Fukusaki, E., Takano, M., Kobavashi, A
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng 108

      ページ: 151-159

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unique phytochrome responses of the holoparasitic plant2009

    • 著者名/発表者名
      Takagi, K., Okazawa.A., Wada, Y, Mongkolchaiphruek, A., Fukusaki, E., Yoneyama, K., Takeuchi, Y., Kobayashi, A
    • 雑誌名

      Orobanche minor, New Phytol. 182

      ページ: 965-974

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transcription and reverse transcription of artificial nucleic acids involving backbone modification by template-directed DNA polymerase reactions2009

    • 著者名/発表者名
      M.Kuwahara, H.Takeshima, J.Nagashima, S.Minezaki, H.Ozaki, H.Sawai
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. 17

      ページ: 3782-3788

    • 査読あり
  • [学会発表] Trap Probability Analysis of DNA Trap using Electric and Hydrodrag Force Fields in Taper Shaped Microchannel2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Tomizawa Y Takamura
    • 学会等名
      2009 International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC2009), Sapporo
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20091116-20091119
  • [学会発表] On-Chip Stationary Multi- Chamber PCR Device2009

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Ba Trun, Masato Saito, E.Tamiya.Y.Takamura
    • 学会等名
      International symposium of Microchmistry and Microsystems. ISMM2009 & NT2009
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      20091107-20091108
  • [学会発表] Auto picking up and introducing-mechanism for single cell to microchannel using a modified diaphragm valve aiming automated massively parallel single cell analysis2009

    • 著者名/発表者名
      K.Noma, H.Matsuura, Y.Tomizawa, E.Tamiya, Y.Takamura
    • 学会等名
      The 13th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Science (μTAS 2009)
    • 発表場所
      韓国・ソウル
    • 年月日
      20091101-20091105
  • [学会発表] 微小流体デバイスを用いた-細胞配列、破砕技術に基づく個別細胞解析2009

    • 著者名/発表者名
      富澤祐一・高村禅
    • 学会等名
      日本生物工学会セルプロセッシング計測評価研究部会主催第1回若手研究シンポジウム
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸)
    • 年月日
      2009-11-26
  • [学会発表] ナノフロー液体クロマトグラフィー/質量分析計による植物代謝産物の高感度定量分析2009

    • 著者名/発表者名
      和泉自泰, 岡澤敦司, 梶山慎一郎, 馬場健由, 小林昭雄, 福崎英一郎
    • 学会等名
      第4回メタボロームシンポジウム
    • 発表場所
      鶴岡
    • 年月日
      2009-11-18
  • [学会発表] Fluorescent properties of acridonyl group in DNA duplex2009

    • 著者名/発表者名
      桑原正靖, 小林敦, 田島正義, 北爪峻輔, 穴原圭祐, 尾崎広明, 飛田成史
    • 学会等名
      36th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 発表場所
      高山文化会館(岐阜)
    • 年月日
      2009-09-29
  • [学会発表] LC-ESI-IT-TOF-MSを用いた定量的microRNA解析手法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      和泉自泰, 瀧村晋, 長澤早紀, 馬場健史, 福崎英一郎
    • 学会等名
      第61回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-24
  • [学会発表] C5位修飾アラビノヌクレオチドのDNA鎖への酵素的導入2009

    • 著者名/発表者名
      笠原勇矢, 高野優貴, 奈良紘希, 桑原正靖, 尾崎広明
    • 学会等名
      第24回生体機能関連化学シンポジウム, 第12回バイオテクノロジー部会シンポジウム
    • 発表場所
      九州大学医系キャンパス百年記念講堂(福岡)
    • 年月日
      2009-09-14
  • [学会発表] ナノフロー液体クロマトグラフィー/イオントラップ型質量分析計による植物ホルモン類の網羅的定量分析2009

    • 著者名/発表者名
      和泉自泰・岡澤敦司・馬場健史・小林昭雄 ・福崎英一郎
    • 学会等名
      第57回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2009-05-15
  • [図書] シングルセル解析最前線(監修 : 神原秀紀, 松永是, 植田充美) ; 第3章細胞内生体分子群の実測定量解析 ; 8. ナノLC/MSを用いた代謝物微量解析2010

    • 著者名/発表者名
      和泉自泰, 福崎英一郎
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      シーエムシー出版

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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