スプライソソーム非依存型スプライシングの構造的基盤

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20370038
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 児嶋 長次郎 大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (50333563)
• 研究分担者: 箱嶋 敏雄 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (00164773) ; 大木 出 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 助教 (80418574)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: 構造生物学 / NMR / RNA / タンパク質 / 分子認識

研究概要

本研究では小胞体ストレス応答におけるIRE1経路で見いだされた、スプライソソーム非依存型スプライシング機構の構造的基盤を解明した。具体的には酵母Ire1pのRNaseドメインと基質mRNAの構造解析および相互作用解析に取り組み、NMR解析からRNaseドメインの低分解能構造と基質mRNAのステム領域の構造情報を得た。さらに変異体を用いた切断実験と相互作用解析から配列特異的なmRNA切断機構を解明した。

研究成果

• [雑誌論文] 14-3-3 proteins act as intracellular receptors for rice Hd3a florigen. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ken-ichiro Taoka, Izuru Ohki, Hiroyuki Tsuji, Kyoko Furuita, Kokoro Hayashi, Tomoko Yanase, Midori Yamaguchi, Chika Nakashima, Yekti Asih Purwestri, Shojiro Tamaki, Yuka Ogaki, Chihiro Shimada, Atsushi Nakagawa, Chojiro Kojima, Ko Shimamoto
  • 雑誌名: Nature, accepted in principle
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional expression of a two-transmembrane HtrII protein using cell-free synthesis. (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuki Sudo, Rikou Tanaka, Toshitatsu Kobayashi, Naoki Kamo, Toshiyuki Kohno, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: Biophysics (accepted)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 1H, 13C and 15N NMR assignments of the Escherichia coli Orf135 protein. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kumiko Kawasaki, Momoko Yoneyama, Naoko Murata-Kamiya, Hideyoshi Harashima, Chojiro Kojima, Yutaka Ito, Hiroyuki Kamiya, Masaki Mishima
  • 雑誌名: Biomol.NMR Assign. in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural feature of bent DNA recognized by HMGB1. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, Shunpei Murata, JunGoo Jee, Satoshi Ichikawa, Akira Matsuda, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc. 133 ページ: 5788-5790
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient protein production method for NMR using soluble protein tags with cold shock expression vector. (2010)
  • 著者名/発表者名: 林こころ, 児嶋長次郎
  • 雑誌名: J.Biomol.NMR 48 ページ: 147-155
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electrostatic interaction between oxysterol binding protein and VAMP-associated protein-A revealed by NMR and mutagenesis studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, JunGoo Jee, Harumi Fukada, Masaki Mishima, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 12961-12970
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structure of the N-terminal regulatory domain of a plant NADPH oxidase and its functional implications. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takashi Oda, Hiroshi Hashimoto, Naoyuki Kuwabara, Satoko Akashi, Kokoro Hayashi, Chojiro Kojima, Hann Ling Wong, Tsutomu Kawasaki, Ko Shimamoto, Mamoru Sato, Toshiyuki Shimizu
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 1435-1445
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stator assembly and activation mechanism of the flagellar motor by the periplasmic region of MotB. (2009)
  • 著者名/発表者名: Seiji Kojima, Katsumi Imada, Mayuko Sakuma, Yuki Sudo, Chojiro Kojima, Tohru Minamino, Michio Homma, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 73 ページ: 710-718
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preparations of hammerhead ribozymes for investigations of their cleavable sequences. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hisaaki Tateoka, Ikumi kawahara, Satomi Hasegawa, Kaichiro Haruta, Yoshinori Kondo, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp.Ser. 53 ページ: 277-278
• [雑誌論文] NMR studies of HAC1 mRNA. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ikumi kawahara, Kaichiro Haruta, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp.Ser. 53 ページ: 269-270
• [雑誌論文] NMR studies of DNA recognition mechanism of HMGB1 protein. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, Shunpei Murata, JunGoo Jee, Satoshi Ichikawa, Akira Matsuda, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp.Ser. 53 ページ: 89-90
• [雑誌論文] コールドシ ョックベクターと可溶性タグの組み合わせによる大腸菌大量発現系 (2009)
  • 著者名/発表者名: 林こころ・児嶋長次郎
  • 雑誌名: 生物物理 49 ページ: 210-211
  • 査読あり
• [雑誌論文] 可溶性タン パク質発現のための新規大腸菌大量発現ベクター (2009)
  • 著者名/発表者名: 林こころ・児嶋長次郎
  • 雑誌名: 実験医学 27 ページ: 927-932
• [雑誌論文] pCold-GST vector : A novel cold-shock vector containing GST tag for soluble protein production. (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ, 児嶋長次郎
  • 雑誌名: Protein Expr.Purif. 62 ページ: 120-127
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallographic characterization of the N-terminal domain of plant NADPH oxidase. (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Oda, Hiroshi Hashimoto, Naoyuki Kuwabara, Kokoro Hayashi, Chojiro Kojima, Tsutomu Kawasaki, Ko Shimamoto, Mamoru Sato, Toshiyuki Shimizu
  • 雑誌名: Acta Crystallogr. F64 ページ: 867-869
  • 査読あり
• [雑誌論文] A long-lived M-like state of phoborhodopsin that mimics the active state. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuki Sudo, Tatsuya Nishihori, Masayuki Iwamoto, Kazumi Shimono, Chojiro Kojima, Naoki Kamo
  • 雑誌名: Biophys.J. 95 ページ: 753-760
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enzymatic Characterization of 5-Methylthioribulose 1-phosphate Dehydratase of the Methionine Salvage Pathway from Bacillus subtilis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Ashida, Yohtaro Saito, Chojiro Kojima, Akiho Yokota
  • 雑誌名: Biosci.Biotechnol.Biochem. 72 ページ: 959-967
  • 査読あり
• [雑誌論文] NMR structural study of DNA oligomers containing alkylene cross-linked cyclic 2'-dioxyuridylate dimmers. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, Shunpei Murata, JunGoo Jee, Akira Matsuda, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp.Ser. 52 ページ: 181-182
• [雑誌論文] Na^+/H^+交換輸送体の機能制御機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ・児嶋長次郎
  • 雑誌名: 生化学 80 ページ: 925-932
• [学会発表] Non-linear sampling applied to low-concentration protein sample (2010)
  • 著者名/発表者名: JunGoo Jee, Yuki Nishigaya, Rikou Tanaka, Toshiyuki Kohno, Chojiro Kojima
  • 学会等名: Pacifichem 2010
  • 発表場所: Hawaii Convention Center, Honolulu, USA
  • 年月日: 20101218-20101220
• [学会発表] NMRを用いた蛋白質リジンを介する静電的相互作用の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 服部良一、大木出、古板恭子、池上貴久、深田はるみ、白川昌宏、藤原敏道、児嶋長次郎
  • 学会等名: 平成22年度日本分光学会年次講演会
  • 発表場所: 京都大学百周年時計台記念館、京都
  • 年月日: 20101118-20101120
• [学会発表] 高速データサンプリング技術を用いたNMRの感度向上 (2010)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: 平成22年度日本分光学会年次講演会
  • 発表場所: 京都大学百周年時計台記念館、京都
  • 年月日: 20101118-20101120
• [学会発表] 950MHz NMRによる蛋白質の13C直接観測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 古板恭子、池上貴久、藤原敏道、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第49回NMR討論会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京
  • 年月日: 20101115-20101117
• [学会発表] 13Cメチル基をプローブとして用いるリジン側鎖を介した塩橋の解析法の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 服部良一、大木出、古板恭子、池上貴久、深田はるみ、白川昌宏、藤原敏道、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第49回NMR討論会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京
  • 年月日: 20101115-20101117
• [学会発表] NMR analysis of Ire1p induced HAC1 mRNA processing (2010)
  • 著者名/発表者名: Ikumi Kawahara, Kaichiro Haruta, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka
  • 学会等名: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: Tohoku University, Sendai, Japan
  • 年月日: 20100920-20100922
• [学会発表] NMR and mutagenesis studies of theinteraction of ER membrane protein VAP-Awith intrinsically disordered proteinOSBP (2010)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, JunGoo Jee, Harumi Fukada, Masaki Mishima, Chojiro Kojima
  • 学会等名: XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
  • 発表場所: Cairns Convention Centre, Cairns, Australia
  • 年月日: 20100822-20100827
• [学会発表] A labeling technology for investigating supramolecular complexes by 13C methylation of lysine sidechain (2010)
  • 著者名/発表者名: 大木出, 児嶋長次郎
  • 学会等名: XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
  • 発表場所: Cairns Convention Centre, Cairns, Australia
  • 年月日: 20100822-20100827
• [学会発表] リジン選択的13Cメチルラベル法を用いた蛋白質間相互作用の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 服部良一、大木出、古板恭子、池上貴久、深田はるみ、白川昌宏、藤原敏道、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター、札幌
  • 年月日: 20100616-20100618
• [学会発表] Carbon-13 direct measurement by 950MHz NMR at IPR (2010)
  • 著者名/発表者名: 古板恭子, 池上貴久, 藤原敏道, 児嶋長次郎
  • 学会等名: 2010 Korea-Japan Bilateral Symposium on Protein Structure and Folding
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
  • 年月日: 2010-11-26
• [学会発表] Protein NMR study using 13C-methylated lysines (2010)
  • 著者名/発表者名: 服部良一, 大木出, 古板恭子, 池上貴久, 深田はるみ, 白川昌宏, 藤原敏道, 児嶋長次郎
  • 学会等名: 2010 Korea-Japan Bilateral Symposium on Protein Structure and Folding
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
  • 年月日: 2010-11-26
• [学会発表] NMR study of HAC1 mRNA recognized by endoplasmic reticulum stress sensor Ire1p(NMR を用いた小胞体ストレスセンサータンパク質Ire1pの基質認識機構の解析) (2009)
  • 著者名/発表者名: Ikumi Kawahara, JunGoo Jee, Rikou Tanaka, Toshiyuki Kohno, Toshio Hakoshima, Yusuke Imagawa, Kenji Kohno, Yoshiyuki Tanaka, Chojiro Kojima
  • 学会等名: The 32nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan(日本分子生物学会年会)
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091209-20091212
• [学会発表] コールドショックベクターと可溶性タグの組み合わせによる発現系構築とNMRへの応用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第48回NMR討論会
  • 発表場所: 九州大学医学部百年講堂、福岡
  • 年月日: 20091110-20091112
• [学会発表] オキシステロール結合タンパク質OSBPのdisorder領域と小胞体膜貫通タンパク質VAP-Aとの複合体形成機構 (2009)
  • 著者名/発表者名: 古板恭子、Jee JunGoo、深田はるみ、三島正規、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第48回NMR討論会
  • 発表場所: 九州大学医学部百年講堂、福岡
  • 年月日: 20091110-20091112
• [学会発表] Non-linear Sampling Utilized for Low-concentration Protein Sample (2009)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: The 3rd Biannual Asia-Pacific NMR Symposium
  • 発表場所: Ramada Plaza Jeju Hotel, Jeju, Korea
  • 年月日: 20091025-20091028
• [学会発表] コールドショ ックベクターを用いた可溶性タンパク質発現技術 (2009)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第82回日本生化学会大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
  • 年月日: 20091021-20091024
• [学会発表] NMR studies of HAC1 mRNA (2009)
  • 著者名/発表者名: Ikumi Kawahara, Kaichiro Haruta, Chojiro Kojima, Yoshiyuki Tanaka
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2009
  • 発表場所: Takayama Public Cultural Hall, Takayama, Japan
  • 年月日: 20090927-20091001
• [学会発表] コールドショ ックベクターと可溶性タグの組み合わせによるタンパク質試料調製技術 (2009)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ、熊本
  • 年月日: 20090520-20090522
• [学会発表] pCold-GST : A simple and efficient protein production system (2009)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: International Symposium on Molecular Soft Interactions in Biological Systems
  • 発表場所: Senri Life Science Center, Toyonaka, Japan
  • 年月日: 20090122-20090123
• [学会発表] タンパク質NMRの新技術-濃度下限への挑戦- (2008)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] 可溶性タンパク質発現に有効な新規大腸菌大量発現系の構築と応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] ステロールセンサータンパク質OSBPの小胞体局在機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 古板恭子、Jee JunGoo、深田はるみ、三島正規、児嶋長次郎
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド、神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] 酵母Ire1pによって部位特異的な切断を受けるRNAのNMR構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 河原郁美、Jee JunGoo、箱嶋敏雄、今川佑介、河野憲二、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第47回NMR討論会
  • 発表場所: 筑波大学大学会館講堂、つくば
  • 年月日: 20081112-20081114
• [学会発表] コールドショックベクター、pCold-GSTの構築とNMRへの応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: 47回NMR討論会
  • 発表場所: 筑波大学大学会館講堂、つくば
  • 年月日: 20081112-20081114
• [学会発表] 超高感度タンパク質立体構造解析技術の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: Jee JunGoo、西ヶ谷有輝、田中利好、河野俊之、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第47回NMR討論会
  • 発表場所: 筑波大学大学会館講堂、つくば
  • 年月日: 20081112-20081114
• [学会発表] A Novel Cold-Shock Vector Containing GST for Soluble NMR Sample Production (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ, 児嶋長次郎
  • 学会等名: XXIIIRD International Conferences on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
  • 発表場所: Sheraton San Diego Hotel & Marina, San Diego, USA
  • 年月日: 20080824-20080829
• [学会発表] コールドショックベクターと可溶性タグを組み合わせた新規大腸菌大量発現系 (2008)
  • 著者名/発表者名: 林こころ、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京
  • 年月日: 20080610-20080612
• [学会発表] コレステロール代謝制御因子OSBPの小胞体局在機構の構造的基盤 (2008)
  • 著者名/発表者名: 古板恭子、Jee JunGoo、三島正規、児嶋長次郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京
  • 年月日: 20080610-20080612
• [学会発表] 蛋白質NMR 技術の高速化と高感度化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀、東京
  • 年月日: 20080610-20080612
• [学会発表] A novel cold-shock vector for protein expression in E. coli (2008)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 学会等名: Korea-Japan Bilateral Symposium on Biological NMR
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
  • 年月日: 2008-04-25
• [図書] 基礎から学ぶ構造生物学(「第9章膜タンパク質の構造第2節膜タンパク質の構造研究手法とその解析法」) (2008)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 総ページ数: 150-154
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 基礎から学ぶ構造生物学(「第3章膜タンパク質の構造第1節膜タンパク質の特徴」) (2008)
  • 著者名/発表者名: 児嶋長次郎
  • 総ページ数: 147-150
  • 出版者: 共立出版
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/biophys/bussei.html
• [備考]
  • URL: http://bsw3.naist.jp/kojima/kojima.html