ゲノム情報を利用した魚類汎用連鎖解析システムの開発

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20380107
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 水産学一般
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
• 研究協力者: 城 由香 東京大学, 東京大学技術職員 ; 甲斐 渉 東京大学, 大学院生 ; 神谷 隆史 東京大学, 大学院生
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: 遺伝 / 育種

研究概要

魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマサバの連鎖地図を作製できた。従って、得られたマーカー座は多くの魚で利用可能と考えられる。

研究成果

• [雑誌論文] Integration of the genetic map and genome assembly of fugu facilitates insights into distinct features of genome evolution in teleosts and mammals. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kai W., Kikuchi K., Tohari, S., Chew, A., Tay, A., Fujiwara, A., Hosoya S., Suetake H., Naruse, K., Brenner, S., Suzuki Y., Venkatesh, B.
  • 雑誌名: Genome Biol.Evol. in Press
  • 査読あり
• [雑誌論文] フグ類の多様化をもたらした遺伝子の探索-種間交雑を利用したゲノムワイドマッピング- (2010)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔, 甲斐渉, 細谷将, 末武弘章, 鈴木譲
  • 雑誌名: 月刊海洋 42巻 ページ: 363-371
• [雑誌論文] Teleost B7 Expressed on Monocytes Regulates T Cell Responses. (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugamata, R., Suetake H., Kikuchi K., Suzuki Y.
  • 雑誌名: J.Immunol. 182 ページ: 6799-6806
  • 査読あり
• [雑誌論文] トラフグのゲノムマップ計画と魚類養殖におけるゲノム情報の利用法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔, 甲斐渉, 末武弘章, 鈴木譲
  • 雑誌名: 水産育種 38巻 ページ: 25-30
• [雑誌論文] Characterization of CD8-positive leukocytes in fugu (Takifugu rubripes) with antiserum against fugu CD8α. (2008)
  • 著者名/発表者名: Araki, K., Akatsu, K., Suetake H., Kikuchi K., Suzuki Y.
  • 雑誌名: Dev.Comp.Immunol. 32 ページ: 850-858
  • 査読あり
• [学会発表] Genetic Basis of Parallel Evolution for the Spiny Scale in the Rapid Radiation of Pufferfishes. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi. K., Kai, W., Kuroyanagi, M., Nozawa, A., Hosoya, S., Suetake, H., Suzuki.Y.
  • 学会等名: The 20th CDB Meeting Molecular Bases for Evolution of Complex Traits
  • 発表場所: Hyougo
  • 年月日: 2011-02-23
• [学会発表] トラフグのTNF受容体スーパーファミリー遺伝子のcDNAクローニング (2010)
  • 著者名/発表者名: 末武弘章, 菊池潔, 鈴木譲, 宮台俊明
  • 学会等名: 比較免疫学会2010年学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20100802-20100804
• [学会発表] 皮膚に発現する二つのトラフグケモカイン (2010)
  • 著者名/発表者名: 田内博久, 末武弘章, 菊池潔, 鈴木譲, 宮台俊明
  • 学会等名: 比較免疫免疫学会2010年学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20100802-20100804
• [学会発表] トラフグ初期生殖腺器官培養系を用いたFSHの機能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松藤由佳, 李在萬, 日下部宜宏, 菊池潔, 鈴木譲, 北野載, 米田道夫, 松山倫也, 山口明彦
  • 学会等名: 日本動物学会第81回東京大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-09-25
• [学会発表] フグにおける形態多様化の遺伝的背景:種間交配を利用したゲノムワイド連鎖解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 甲斐渉, 細谷将, 菊池潔, 黒柳美和, 合田知樹, 野澤碧, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 日本進化学会第12回東京大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-08-05
• [学会発表] Fugu genome unveils fish adaptive immune system (2010)
  • 著者名/発表者名: Suetake H., Araki, K., Sugamata1 R., Hamuro, K., Akatsu, K., Kikuchi. K., Suzuki Y., Miyadai T.
  • 学会等名: 2nd International Symposium on Aquatic Animal Defense Mechanisms against Invading Pathogens
  • 発表場所: Korea,Jeju
  • 年月日: 2010-06-23
• [学会発表] Fugu version 5-トラフグのゲノム地図- (2010)
  • 著者名/発表者名: 甲斐渉, 菊池潔, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] トラフグ皮膚に発現するケモカインII (2010)
  • 著者名/発表者名: 田内博久, 末武弘章, 菊池潔, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22 年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-28
• [学会発表] 魚類ゲノムワイド関連解析の可能性と問題点-トラフグの連鎖不平衡解析からの考察- (2010)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔, 神谷隆史, 甲斐渉, 末武弘章, 鈴木重則, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] (2010)
  • 著者名/発表者名: 細谷将, 菊池潔, 水野直樹, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] フグの脊椎骨数と成長を支配する遺伝子の関係 (2010)
  • 著者名/発表者名: 合田知樹, 細谷将, 甲斐渉, 菊池潔, 水野直樹, 末武弘章, 石川智士, 鯉江洋, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] 鱗の退化をもたらした遺伝子のゲノムワイド探索と詳細マッピング (2010)
  • 著者名/発表者名: 甲斐渉, 黒柳美和, 菊池潔, 藤田真志, 鈴木重則, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成22年日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] フグ類の多様化をもたらした遺伝子の探索:種間交雑を利用したゲノムワイドQTLマッピング (2009)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔
  • 学会等名: 菅平分子生態集会
  • 発表場所: 長野
  • 年月日: 2009-12-08
• [学会発表] フグ類の多様化をもたらした遺伝子の探索:種間交雑を利用したゲノムワイドQTL解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔, 甲斐渉, 細谷将, 木戸慎一, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 2009年度日本魚類学会シンポジウム
  • 発表場所: 東京 招待講演
  • 年月日: 2009-10-12
• [学会発表] Search for the sex-determininggene in fugu, Takifugu rubripes (2009)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔, 神谷隆史, 甲斐渉, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 日本動物学会第80回大会
  • 発表場所: Shizuoka 招待講演
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] Genetic approach for identifying the genes responsible for resistance and susceptibility against a parasite, Heterobothrium okamotoi, in fugu, Takifugu rubripes. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kido S., Kai W., Suetake H., Kikuchi. K., Suzuki Y.
  • 学会等名: 11^<th> Congress of International Society of Developmental and Comparative Immunology Prague
  • 発表場所: Czech Republic
  • 年月日: 2009-07-03
• [学会発表] Fugu skin chemokine. (2009)
  • 著者名/発表者名: Suetake H., Tauchi H., Kikuchi.K., Murayama T., Suzuki Y.
  • 学会等名: 11^<th> Congress of International Society of Developmental and Comparative Immunology Prague
  • 発表場所: Czech Republic
  • 年月日: 2009-06-30
• [学会発表] Teleost B7 molecules on monocytes regulate T cell responses. (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugamata R., Suetake H., Jo Y., Kikuchi.K., Suzuki Y.
  • 学会等名: 11^<th> Congress of International Society of Developmental and Comparative Immunology Prague
  • 発表場所: Czech Republic
  • 年月日: 2009-06-29
• [学会発表] トラフグ表皮に発現するケモカイン (2009)
  • 著者名/発表者名: 田内博久, 末武弘章, 菊池潔, 村山司, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-30
• [学会発表] トラフグB7抗原提示細胞の多様性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 菅又龍一, 末武弘章, 城夕香, 菊池潔, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-30
• [学会発表] トラフグのCD8alpha樹状細胞 (2009)
  • 著者名/発表者名: 菅又龍一, 末武弘章, 城夕香, 菊池潔, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-30
• [学会発表] 細胞魚類免疫応答に関わるメラノマクロファージセンター (2009)
  • 著者名/発表者名: 末武弘章, 田内博久, 山崎歓朋, 菊池潔, 恩田紀代子, 村山司, 筒井繁行, 中村修, 宮台俊明, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-30
• [学会発表] フグの体サイズ進化をもたらしたゲノム領域 (2009)
  • 著者名/発表者名: 細谷将, 菊池潔, 甲斐渉, 水野直樹, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-30
• [学会発表] クサフグの性決定機構 (2009)
  • 著者名/発表者名: 神谷隆史, 菊池潔, 甲斐渉, 藤田真志, 城夕香, 末武弘章, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] 寄生虫の宿主特異性に関わるフグのゲノム領域の探索II-寄生虫の着定と脱落- (2009)
  • 著者名/発表者名: 木戸慎一, 木南竜平, 甲斐渉, 菊池潔, 末武弘章, 水野直樹, 中村修, 良永知義, 小川和夫, 鈴木譲
  • 学会等名: 平成21年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] フグのゲノムマップ計画と性決定遺伝子の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔
  • 学会等名: 平成20年度日本水産学会北海道支部大会若手の会講演会
  • 発表場所: 北海道 招待講演
  • 年月日: 2009-01-10
• [学会発表] Fugu genome map and its application in aquaculture (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi.K., Kai W., Kido S., Kamiya T., Hosoya S., Suetake H., Suzuki Y.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Kanagawa
  • 年月日: 20081020-20081024
• [学会発表] Characterization of tiger pufferfish Takifugu rubripes (fugu) CD4+ and CD8+ leukocytes (2008)
  • 著者名/発表者名: Suetake H., Araki, K., Akatsu, K., Kikuchi.K., Suzuki Y.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Kanagawa
  • 年月日: 20081020-20081024
• [学会発表] Recent advances in fish immunology by means of the genome project of fugu, Takifugu rubripes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y., Suetake H., Kikuchi.K.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Kanagawa
  • 年月日: 20081020-20081024
• [学会発表] Behavioral differences among related species of pufferfishes and their intercross progeny (2008)
  • 著者名/発表者名: Hosoya S., Kikuchi.K., Suetake H., Hino, A., Suzuki Y.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Kanagawa
  • 年月日: 20081020-20081024
• [学会発表] Fish B7+ monocytes as antigen-presenting cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Sugamata R., Suetake H., Kikuchi.K., Suzuki Y.
  • 学会等名: 5th World Fisheries Congress
  • 発表場所: Kanagawa
  • 年月日: 20081020-20081024
• [学会発表] The Genomic Region That Determines the Sexual Identity of Fugu (The Tiger Pufferfish) (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi.K., Matsunaga, T., Kai, W., Hosokawa, A., Suetake H., Asahina, K., Suzuki Y.
  • 学会等名: International Symposium for Sex Differentiation, Invited
  • 発表場所: Fukuoka
  • 年月日: 20080914-20080916
• [学会発表] 組織特異的に発現するトラフグケモカイン (2008)
  • 著者名/発表者名: 末武弘章, 恩田紀代子, 菊池潔, 村山司, 鈴木譲
  • 学会等名: 第20回日本比較免疫学会学術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20080825-20080827
• [学会発表] The sex determining locus in the tiger pufferfish (fugu) Takifugu rubripes (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi.K., Kai, W., Hosokawa, A., Suetake H., Asahina, K., Suzuki Y.
  • 学会等名: XX INTERNATIONAL CONGRESS OF GENETICS
  • 発表場所: GERMANY, Berlin
  • 年月日: 20080712-20080717
• [学会発表] The second-generation genetic map of fugu (the tiger pufferfish) : a resource for comparative genomics and evolutionary genetics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kai, W., Kikuchi.K., Suetake H., Suzuki, Y.
  • 学会等名: XX INTERNATIONAL CONGRESS OF GENETICS
  • 発表場所: GERMANY, Berlin
  • 年月日: 20080712-20080717
• [学会発表] The Sex-Determining Locus in Fugu (the Tiger Pufferfish) (2008)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi.K., Matsunaga, T., Kai, W., Hosokawa, A., Suetake H., Asahina, K., Suzuki Y.
  • 学会等名: NIBB International Symposium, Invited
  • 発表場所: Aichi
  • 年月日: 20080227-20080228
• [学会発表] 寄生虫の宿主特異性に関わるフグのゲノム領域 (2008)
  • 著者名/発表者名: 木戸慎一, 木南竜平, 甲斐渉, 菊池潔, 末武弘章, 水野直樹, 脇田翔, 杉岡晋也, 鈴木秀和, 中村修, 渡邉翼, 大橋雄, 良永知義, 小川和夫, 鈴木譲
  • 学会等名: 日本動物遺伝育種学会第9回大会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2008-11-29
• [学会発表] フグとメダカの比較から見える魚類ゲノムの進化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 菊池潔
  • 学会等名: 日本進化学会第10回東京大会
  • 発表場所: 東京 招待講演
  • 年月日: 2008-08-23
• [備考] 以下のサイトに、トラフグのゲノム概要データを、国際標準形式であるEnsembl形式で公開した。Fugu genome assembly version 5
  • URL: http://ensembl.fugu-sg.org/Fugu_rubripes_v5/index.html
• [備考] 別途、トラフグの統合ゲノム地図作製に用いたマーカー配列を以下のサイトに公開した。The second-generation genetic map of fugu
  • URL: http://www.se.a.u-tokyo.ac.jp/Fugu-Map/map.html
• [産業財産権] フグの雌雄を判別する方法 (2010)
  • 発明者名: 宮台俊明、菊池潔、鈴木康仁、鈴木譲
  • 権利者名: 宮台俊明、菊池潔、鈴木譲
  • 産業財産権番号: 得願,2010-290463
  • 出願年月日: 2010-12-27