計算困難な問題への混成アプロレチ:近似,乱択,並列化

2010 年度 自己評価報告書

• 研究課題/領域番号: 20500021
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 情報学基礎
• 研究機関: 東京電機大学
• 研究代表者: 陳 致中 東京電機大学, 理工学部, 教授 (00242933)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2011
• キーワード: 計算生物学 / バイオインフォマティクス / NP困難性 / 最適化問題

研究概要

(1)最大三角形詰め込み問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率0.518を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(2)2-ボックスTandem複製歴再構築問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率6を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(3)単純グラフにおける最大2-辺彩色問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率0.814を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(4)Closest文字列と部分文字列問題
この2つのNP困難な問題に対して様々なアルゴリズムが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この2つの問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.
(5)放射線ハイブリッドマップ問題
このNP困難な問題の近似アルゴリズムとして,近似率2を達成するものが知られている.本研究で,混成アプローチを用いて,この問題を解くためのよりよいアルゴリズムを設計する.

研究成果

• [雑誌論文] An Approximation Algorithm for the Minimum Co-Path Set Problem. (2011)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, G.Lin, L.Wang.
  • 雑誌名: Algorithmica Vol.60 ページ: 969-986
  • 査読あり
• [雑誌論文] HybridNET : a Tool for Constructing Hybridization Networks. (2010)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, L.Wang.
  • 雑誌名: Bioinformatics Vol.26, No.22 ページ: 2912-2913
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating Maximum Edge 2 Coloring in Simple Graphs. (2010)
  • 著者名/発表者名: Z-Z.Chen, S.Konno, Y.Matsushita.
  • 雑誌名: Discrete Applied Mathematics Vol.158 ページ: 1894-1901
  • 査読あり
• [雑誌論文] A 3.4713-Approximation Algorithm for the Capacitated Multicast Tree Routing Problem. (2009)
  • 著者名/発表者名: Z.Cai, Z.-Z.Chen, G.Lin.
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science Vol.410, No.52 ページ: 5415-5424
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating Maximum Edge 2-Coloring in Simple Graphs via Local Improvement. (2009)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, R.Tanahashi.
  • 雑誌名: Theoretical Computer Science Vol.410, No.45 ページ: 4543-4553
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved Approximation Algorithms for Reconstructing the History of Tandem Repeats. (2009)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, L.Wang.
  • 雑誌名: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol.6, No.3 ページ: 438-453
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximation Algorithms for Reconstructing the Duplication History of Tandem Repeats. (2009)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, L.Wang, Z.Wang.
  • 雑誌名: Algorithmica Vol.54, No.4 ページ: 501-529
  • 査読あり
• [学会発表] A Three-String Approach to the Closest String Problem. (2010)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, B.Ma, L.Wang.
  • 学会等名: Proceedings of 16th Annual International Computing and Combinatorics Conference, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6196, pp.449-458
  • 発表場所: Nha Trang, Vietnam
  • 年月日: 20100719-20100721
• [学会発表] Approximating Maximum Edge 2-Coloring in Simple Graphs. (2010)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, S.Konno, Y.Matsushita.
  • 学会等名: Proceedings of 6th International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6124, pp.78-89
  • 発表場所: Weihai, China
  • 年月日: 20100719-20100721
• [学会発表] A Linear Kernel for Co-Path/Cycle Packing. (2010)
  • 著者名/発表者名: Z.-Z.Chen, M.R.Fellows, B.Fu, H.Jiang, Y.Liu, L.Wang, B.Zhu.
  • 学会等名: Proceedings of 6th International Conference on Algorithmic Aspects in Information and Management, Lecture Notes in Computer Science, Vol.6124, pp.90-102
  • 発表場所: Weihai, China
  • 年月日: 20100719-20100721