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2009 年度 実績報告書

タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 20500269
研究機関東京大学

研究代表者

清水 謙多郎  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)

キーワード生体生命情報学 / 蛋白質 / ブロテオーム / 構造予測 / 構造評価 / 構造精密化
研究概要

本研究は、まず、PDBの各構造に登録された構造因子を直接解析し電子密度マップを再現するとともに、温度因子、溶媒露出表面積、二次構造も合わせて解析することで、実験事実からdisorderの「程度」を求める手法を開発し、PDBに登録された各構造に対して利用者がその基準を自由に指定し検索することができるデータベースを構築することを目的とする。本年度は前年度に引き続き、disorder領域を抽出する基準を検討し、disorder領域のデータベースのプロトタイプを構築した。(1)PDBに登録されている、X線結晶構造解析によって構造決定された各タンパク質構造に対し、温度因子を抽出した。また、PDBに登録されているすべての構造に対し、DSSPを用いて、溶媒露出表面積、二次構造判定の結果を収集した。これらの結果を内部的なデータベース(「構造特徴データベース」と名付ける)に記録した。(2)PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、構造因子を用い、逆フーリエ変換・フーリエ変換を行って電子密度マップを再現した。各残基の周辺の電子密度を求め、disorderの「程度」を評価する基準を求めた。得られた結果を内部的なデータベース(「電子密度マップデータベース」と名付ける)に記録した。(3)利用者が与える基準に応じて、構造特徴データベース、電子密度マップデータベースのそれぞれから、柔軟にdisorder領域を検索できるシステムの開発に着手した。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2009

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (10件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Using a new GPI-anchored-protein identification system to mine the protein databases of Aspergillus fumigatus, Aspergillus nidulans, and Aspergillus oryzae2009

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 雑誌名

      J.Gen.Appl.Microbiol

      巻: 55 ページ: 381-393

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yamasaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 37 ページ: e135

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multicanonical ab inito QM/MM Molecular Dynamics Simulation of a Peptide in an Aqueous Environment2009

    • 著者名/発表者名
      R.Jono
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem

      巻: 31 ページ: 1168-1175

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 雑誌名

      Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series

      巻: 5462 ページ: 164-175

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anti-metatype peptides, a new molecular tool to monitor small ligands at high sensitivity and specificity2009

    • 著者名/発表者名
      J.Inaba
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: 388 ページ: 63-70

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      S.Nakamura
    • 雑誌名

      GIW 2009

      巻: 23 ページ: 106-116

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity2009

    • 著者名/発表者名
      K.Kadota
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 4 ページ: 7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures2009

    • 著者名/発表者名
      T.Furuta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 492 ページ: 134-139

    • 査読あり
  • [学会発表] 複数のサポートベクタマシンの組み合わせによるタンパク質局所構造予測法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] アミノ酸側鎖のペプチド立体構造に及ぼす影響2009

    • 著者名/発表者名
      城野亮太
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築2009

    • 著者名/発表者名
      池澤弘貴
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] 計算的手法を用いた酵素設計:部位特異的変異によるパラ水酸化安息香酸水酸化酵素の基質特異性の改変2009

    • 著者名/発表者名
      飛田晃介
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] ベイズ統計学的解釈によるタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの評価2009

    • 著者名/発表者名
      山崎智
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるstaphylococcal protein AのB domainのフォールディング機構の研究2009

    • 著者名/発表者名
      西謙一郎
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション2009

    • 著者名/発表者名
      西村麻彦
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] A self-organizing state space approach to infer time-varying causalities between regulatory proteins2009

    • 著者名/発表者名
      広瀬修
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] An approach to protein-protein docking2009

    • 著者名/発表者名
      K.Sumikoshi
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      20090700
  • [学会発表] The role of H-doping in the electronic structure, spin localization and electron transfer of iron-sulfur [2Fe-2S] proteins2009

    • 著者名/発表者名
      W.Dawson
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-31
  • [図書] タンパク質のab initio構造予測2009

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      メディカルドゥ

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公開日: 2012-07-19  

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