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2010 年度 実績報告書

タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 20500269
研究機関東京大学

研究代表者

清水 謙多郎  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)

キーワード生体生命情報学 / 蛋白質 / プロテオーム / 構造予測 / 構造評価 / 構造精密化
研究概要

本研究は、まず、PDBの各構造に登録された構造因子を直接解析し電子密度マップを再現するとともに、温度因子、溶媒露出表面積、二次構造も合わせて解析することで、実験事実からdisorderの「程度」を求める手法を開発し、PDBに登録された各構造に対して利用者がその基準を自由に指定し検索することができるデータベースを構築することを目的とする。今年度は、タンパク質の不規則領域(disorder領域)のデータベースを構築するとともに、より効果的な不規則領域の検索方法を検討し、また、精確かつ詳細に不規則領域の特性と、種々の機能との関係を調べた。
(1)不規則領域の定義・抽出法について検討し、効果的な不規則領域の検索方法を考案した。前年度構築した構造特徴データベースと電子密度マップデータベースを統合し、不規則領域データベースを完成させた。さまざまな入力形式、指定法に対応できるようにした。
(2)不規則領域の特性(アミノ酸の出現傾向、配列の複雑度、疎水性、電荷、進化速度(配列保存度)、長さの分布、タンパク質全体に占める割合、配列上の位置(N末、C末など)、空間上の位置、周辺の二次構造とその位置関係などを詳細に解析した。
(3)不規則領域と相互作用の関係(タンパク質問相互作用ネットワークにおけるハブタンパク質の特性や相互作用部位と不規則領域との関係、相互作用に関連したorder化など)を解析した。
(4)不規則領域とドメインの保存の関係について解析した。今後は、細胞局在、細胞分化、成長因子など不規則領域と関連が深いと言われている機能をもつタンパク質について詳細な解析を行う予定である。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sumikoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics

      ページ: 342-347

    • 査読あり
  • [雑誌論文] タンパク質の構造予測手法の開発2011

    • 著者名/発表者名
      清水謙多郎
    • 雑誌名

      科学技術振興機構中国科学技術月報

      ページ: 137-140

  • [雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines2010

    • 著者名/発表者名
      S.Someya
    • 雑誌名

      Advances in Bioinformatics

      巻: 289301

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular defect of isovaleryl-CoA dehydrogenase in the skunk mutant of silkworm, Bombyx mori.2010

    • 著者名/発表者名
      K.Urano
    • 雑誌名

      FEBS Journal

      巻: 277 ページ: 4452-4463

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A self-organizing state space approach to infer time-varying causalities between regulatory proteins2010

    • 著者名/発表者名
      O.Hirose
    • 雑誌名

      Proceedings of International Conference on Information Technology in Bio- and Medcial Informatics, Lecture Notes in Computer Science

      巻: 6266 ページ: 158-171

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a retention time prediction method for HPLC and application to metabolome analysis2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hagiwara
    • 雑誌名

      Bioinformation

      巻: 5 ページ: 255-258

    • 査読あり
  • [学会発表] Finding genes related to the difference in drug-dose responses for multiple scle rosis disease by using a suneryised learnina annroach2010

    • 著者名/発表者名
      O.Hirose
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-14
  • [学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the data base develonment2010

    • 著者名/発表者名
      W.Cao
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-12-13
  • [学会発表] 絶対独立性好熱水素細菌Hydrogenobacter thermophilus TK-6のSerine hydroxyme thyltransferaseとアルドラーゼ活性2010

    • 著者名/発表者名
      千葉洋子
    • 学会等名
      極限環境生物学会年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-11-16
  • [学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入2010

    • 著者名/発表者名
      角越和也
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
  • [学会発表] タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発2010

    • 著者名/発表者名
      中村周吾
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
  • [学会発表] 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証2010

    • 著者名/発表者名
      寺田透
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-21
  • [学会発表] 糖鎖結合タンパク質の予測手法の開発2010

    • 著者名/発表者名
      葛臻翼
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-21
  • [学会発表] Water interactions critically influence geometric and electronic structure of 2His-1 Carboxv Fe-redox centers : a auantum chemistry study2010

    • 著者名/発表者名
      W.Dawson
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-20
  • [学会発表] Z-DNAを用いた核酸用力場の評価2010

    • 著者名/発表者名
      吉野惇志
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-20

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公開日: 2012-07-19  

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