タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20500269
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: プロテオーム / 生体生命情報学 / タンパク質 / 不規則領域

研究概要

PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、disorderの「程度」を評価する基準を求め、データベースとしてまとめた。また、disorder 領域と機能部位との関係について解析を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu
  • 雑誌名: Proceedings of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics ページ: 342-347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines. (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Someya, M.Kakuta, M.Morita, K.Sumikoshi, W.Cao, Z.Ge, O.Hirose, S.Nakamura, T.Terada, K.Shimizu
  • 雑誌名: Advances in Bioinformatics ページ: 289301
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Furuta, K.Shimizu, T.Terada
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 472 ページ: 134-139
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Nakamura, K.Shimizu
  • 雑誌名: GIW 2009 23 ページ: 106-116
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins, Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB) (2009)
  • 著者名/発表者名: W.Cao, K.Sumikoshi, T.Terada, S.Nakamura, K.Kitamoto, K.Shimizu
  • 雑誌名: Springer Lecture Notes in Bioinformatics Series 5462 ページ: 164-175
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Kakuta, S.Nakamura, K.Shimizu
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 49 ページ: 25-35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Refinement of comparative models of protein structure by using multicanonical molecular dynamics simulations (2008)
  • 著者名/発表者名: R.Ishitani, T.Terada, K.Shimizu
  • 雑誌名: Molecular Simulation 34 ページ: 327-336
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Morita, S.Nakamura, K.Shimizu
  • 雑誌名: PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 73, 2 ページ: 468-479
  • 査読あり
• [学会発表] Carbohydrate-binding proteins : A sequence-based prediction model and the database development (2010)
  • 著者名/発表者名: W.Cao, S.Someya, M.Kakuta, K.Sumikoshi, S.Nakamura, T.Terada, K. K. K.Shimizu
  • 学会等名: The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
  • 発表場所: 九州大学(福岡)
  • 年月日: 20101200
• [学会発表] タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入 (2010)
  • 著者名/発表者名: 角越和也,中村周吾,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第48回年会
  • 発表場所: 東北大学(宮城)
  • 年月日: 20100900
• [学会発表] 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証 (2010)
  • 著者名/発表者名: 寺田透,西村麻彦,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第48回年会
  • 発表場所: 東北大学(宮城)
  • 年月日: 20100900
• [学会発表] バイオロジカルユニットを考慮したリガンド結合タンパク質データベースの構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 池澤弘貴,森田瑞樹,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第47回年会
  • 発表場所: 徳島文理大学(徳島)
  • 年月日: 20091000
• [学会発表] all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 西村麻彦,寺田透,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第47回年会
  • 発表場所: 徳島文理大学(徳島)
  • 年月日: 20091000
• [学会発表] ドメイン配列を用いたタンパク質間相互作用予測 (2008)
  • 著者名/発表者名: 角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(福岡)
  • 年月日: 20081200
• [学会発表] 生体分子の溶媒効果:マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城野亮太,渡邊佑輔,清水謙多郎,寺田透
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(福岡)
  • 年月日: 20081200
• [学会発表] 精密化プロセスを含めたタンパク質-タンパク質ドッキング手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 角越和也,寺田透,中村周吾,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場(福岡)
  • 年月日: 20081200
• [学会発表] タンパク質構造予測 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水謙多郎
  • 学会等名: JSTゲノムリテラシー講座
  • 発表場所: JSTサイエンスプラザ(東京)
  • 年月日: 20080700
• [学会発表] タンパク質のオーダー・ディスオーダーループの配列構造相関の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾,清水謙多郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 20080600
• [学会発表] タンパク質ペアに対するカーネル関数を用いたタンパク質間相互作用予測 (2008)
  • 著者名/発表者名: 角田将典,角越和也,中村周吾,清水謙多郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 20080600
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるWWドメインのフォールディング機構の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 西村麻彦,西謙一郎,寺田透,清水謙多郎
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 20080600
• [図書] 中国科学技術月報第44号中国・日本科学最前線-研究の現場から-2011年版(タンパク質の構造予測手法の開発) (2011)
  • 著者名/発表者名: 清水謙多郎
  • 総ページ数: 137-140
  • 出版者: 科学技術振興機構中国総合研究センター
• [図書] 遺伝子医学MOOK14次世代創薬テクノロジー実践:インシリコ創薬の最前線(タンパク質のabinitio構造予測) (2009)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾,清水謙多郎
  • 総ページ数: 49-54
  • 出版者: メディカルドゥ
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/