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2010 年度 実績報告書

質量分析プロテオミクスにおける網羅的スプライシング部位解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20500271
研究機関広島大学

研究代表者

石野 洋子  広島大学, 産学・地域連携センター, 研究員 (90373266)

キーワードプロテオーム情報処理 / 機械学習 / バイオインフォマティクス
研究概要

本年度は,スプライス部位にまたがるペプチド同定法の研究をさらに進める目的で以下のとおり実施した.
1.液体クロマトグラフィーを質量分析の前段に備えたエレクトロスプレーイオン化time-of-flight型タンデム質量分析(LC/ESI-TOF MS/MS)機器でプロテオミクスを行う場合のデータ較正方法を提案し,データの精度を上げることを試みた.LC/ESI-TOF MS/MSによるプロテオームデータに対して,第一段階としてMS/MSイオンを内部の較正物質として利用してflightチューブ長の変動に起因する質量誤差を較正し,第二段階として,不感時間損失(Dead time loss)に起因する質量誤差を較正するという方法を新たに提案した.分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)の質量分析プロテオームデータを用いて検証したところ,提案手法の有効性が実証された.
2.LC/ESI-TOF MS/MSで検出されるペプチドイオンのイオン強度の予測検証を,選択的スプライシングはほとんど起こらないといわれている分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)の質量分析プロテオームデータに対して行った.しかし,良い結果が得られなかった.そこで,実際に選択的スプライシングが起こっているデータのタンパク質同定が正しく出来るかどうかから検証しなおすことにして,胚発生時に多くの遺伝子が選択的スプライシングをうけることがわかっているゼブラフィッシュ(Dania rerio)の発生プロテオームデータの取得を試みたが,よいデータを得ることが出来なかった.

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target2011

    • 著者名/発表者名
      Yoko Ishino, Takanori Harada
    • 雑誌名

      Proc.of the 2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics

      ページ: 261-265

    • 査読あり
  • [学会発表] In Silico 3D Structure Prediction of Activated GPCRs as a Drug Target2011

    • 著者名/発表者名
      Yoko Ishino, Takanori Harada
    • 学会等名
      2011 International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB2011)
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      20110226-20110228
  • [学会発表] An Accurate Mass Error Correction Method in LC-MS/MS Proteome Analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
    • 学会等名
      The 9^<th> Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2011)
    • 発表場所
      Incheon, Korea
    • 年月日
      20110111-20110114
  • [学会発表] A Posteriori Calibration Method for Genome-Wide Proteomics Using LC/ESI-TOF MS/MS2010

    • 著者名/発表者名
      Yoko Ishino, Hisaaki Taniguchi
    • 学会等名
      The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010)
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 年月日
      20101213-20101215

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公開日: 2012-07-19  

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