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2010 年度 実績報告書

主にベータ構造からなる3種のSH3蛋白質の動的構造と構造変換

研究課題

研究課題/領域番号 20540400
研究機関関西医科大学

研究代表者

木原 裕  関西医科大学, 医学部, 教授 (20049076)

研究分担者 新庄 正路  関西医科大学, 医学部, 助教 (90388447)
キーワードフォールディング / SH3 / フォールディング初期中間体 / クライオストップトフロー法
研究概要

立体構造上は,相同なsrc, FynおよびPI3K由来の3種のSH3のフォールディング過程をクライオストップトフロー法で追跡した。結果は3種がそれぞれ異なった過程を通ることが明らかとなった。src SH3は,我々の方法では追跡できないほど速く(室温なら10μs以内と思われる)できる初期中間体(バースト過程)とその後秒のオーダーでフォールドする過程からなった。Src SH3については,45番目の残基をAlaからGlyに置換した変異体では,酸性領域で,バーストに匹敵するαヘリックスを持つことが明らかになった。したがって,野生型ではβ構造の多いSH3ドメインが,αヘリックスの多い中間体を確かにとることが明らかになった。
一方,Fyn SH3の場合には,バースト過程とそれに続く速い課程およびsrc SH3に匹敵する遅い過程からなっていた。PI3Kでは,バーストの大きさが小さく,遅い過程が観測された。これは,初期中間体から次の中間体への遷移が共にバーストの時間内で起こっているとすると3種が整合的に説明できる。
以上の結果は,相同で立体構造上は違いがほとんど見られない系でも,フォールディングは多形で行われることを示す好例となっていた。これは蛋白質の成立過程を考えるときにきわめて興味深い結果を示唆している。同じ原始蛋白質から進化してきた3種の蛋白質が,1次構造の相同性を保ったままで,立体構造のトポロジーを不変に保ちながら,なおかつそのフォールディング過程は多様な選択をしているということになる。今後他の蛋白質でも似たような現象がないかどうか研究してみる必要があろう。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2010 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] alpha-Helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki672010

    • 著者名/発表者名
      Matsumura Y.
    • 雑誌名

      Biochimie

      巻: 92(8) ページ: 1031-1039

    • 査読あり
  • [学会発表] Alpha-helical-rich intermediates on the eary stage of protein folding2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      Pacifichem2010
    • 発表場所
      Honolulu/Hawaii/USA
    • 年月日
      2010-12-18
  • [学会発表] Structural analysis on folding intermediate of srcSH32010

    • 著者名/発表者名
      Masaji Shinjo
    • 学会等名
      The 4th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
    • 発表場所
      大津, ピアザ淡海
    • 年月日
      2010-11-30
  • [学会発表] Alpha-helical burst on the folding pathway of FHA domains from Rad53 and Ki672010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Matsumura
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台,東北大学川内キャンパス
    • 年月日
      2010-09-20
  • [学会発表] P13K SH3 domainにおける酸性平衡中間体と遷移中間体の比較2010

    • 著者名/発表者名
      松村義隆
    • 学会等名
      第10回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌、札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2010-06-17
  • [学会発表] Alpha-helix-rich intermediate on the protein folding pathway studied by cryo-stopped flow method2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Kihara
    • 学会等名
      Leopoldina-Symposium, "The complexity connecting biomolecular structure and solvation dynamics"
    • 発表場所
      Bochum/Germany
    • 年月日
      2010-05-25
  • [備考]

    • URL

      http://www3.kmu.ac.jp/butsuri/

URL: 

公開日: 2012-07-19  

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