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2009 年度 実績報告書

水田生態系保全に向けての国内外産ドジョウのDNA判別手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20580270
研究機関独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構

研究代表者

小出水 規行  独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農村工学研究所・農村環境部・生態工学研究室, 主任研究員 (60301222)

キーワードMisgurnus anguillicaudatus / ミトコンドリアDNA / シトクロームb遺伝子 / 系統解析 / 栃木県 / 水田生態系
研究概要

本研究の目的は国内外産ドジョウのDNA判別マーカーを開発し,水田生態系の保全に向けて国内におけるドジョウの遺伝特性の実態を解明することである。平成21年度の主な実績は次のとおりである。
1.ミトコンドリアDNAマーカーの開発:全国123市町村で採捕された444個体のサンプルについて,ミトコンドリアDNAにおけるチトクロームb遺伝子の塩基配列(1,131塩基)を解析した.特定された123個のハプロタイプの塩基配列(GenBank照会番号:AB473261~AB473407)を用いて,最節約法による系統樹を構築した結果,3つの遺伝的クレード(分岐群)が確認された.各クレードは関東北部から北に点在するヨーロッパドジョウ系,東北南部から西に分布する中国ドジョウ系,地域的または全国的に分布し,7つのサブクレードから構成される在来ドジョウ系と推定された.さらに,ドジョウとカラドジョウ間には170塩基(全体の約15%)程度の違いも確認された.チトクロームb遺伝子の塩基配列は種判別マーカーとして利用できる可能性が示唆された.
2.栃木県サンプルの分析:渡良瀬川,鬼怒川,那珂川の各水系で採捕された計45地点,384個体のサンプルについて,体長計測と同時に外部形態を目視確認した.全個体の体長mmは平均60.6±標準偏差18.9(最小24~最大140)となり,そのうち,カラドジョウの特徴(ドジョウと比べて体高が大きく,尾柄部が短い)をもった個体が52(全体の14%),不明が51(13%)となった.全個体のDNAを抽出し,シトクロームb遺伝子の塩基配列の決定とその塩基配列を用いた系統解析を進めている.

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2010 2009

すべて 学会発表 (3件)

  • [学会発表] ホトケドジョウの遺伝的多様性I-生息地内に存在する障壁物が遺伝的多様性に与える影響-2010

    • 著者名/発表者名
      相木寛史・間野伸宏・小出水規行・小牧弘・廣瀬一美
    • 学会等名
      平成22年度日本水産学会春季大会
    • 発表場所
      東京海洋大学(東京都)
    • 年月日
      2010-03-28
  • [学会発表] Introduction of genetic structure analysis for freshwater fish around paddy fields, Japan2009

    • 著者名/発表者名
      Koizumi, N.
    • 学会等名
      Seminar of USGS Fort Collins
    • 発表場所
      USGS Fort Collins, USA
    • 年月日
      2009-08-17
  • [学会発表] Genetic structure analysis of populations of freshwater fish around paddy fields in Japan using microsatellite DNA : case study of Japanese endangered species, the Japanese eight-barbel loach, Lefua echigonia2009

    • 著者名/発表者名
      Koizumi, N., Watabe, K., Mizutani, M., Takemura, T., Mori, A.
    • 学会等名
      33rd IAHR Congress
    • 発表場所
      Vancouver, Canada
    • 年月日
      2009-08-13

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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