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本研究計画では、遺伝的に異なる2つの強毒株集団からそれぞれ代表株を選び、これらゲノムDNAに対して、遺伝的に弱毒株集団に属する株のゲノムを用いて、それぞれ遺伝子サブトラクション法によりゲノム遺伝子を網羅的に比較する。さらに、選択されたサブトプクトライブラリーから、2つの強毒株集団に共通なクローンを決定し、強毒株特有の新しい病原マーカーを見つけ出そうとするものである。昨年度までに、弱毒株には存在せず、2つの強毒株に共通に存在する異なる29遺伝子クローンを得た。本年度は、その塩基配列を決定してアノテーションを行った。連続した共通の遺伝子の上流・下流が別々なクローンとして取れていたり、莢膜抗原(2つの強毒株が共通の莢膜抗原を有する)、偽遺伝子、トランスポゾンの遺伝子であったりした結果、それちを除いた16遺伝子と、さらに1つの強毒株にのみ存在する7遺伝子を加えた23遺伝子を選抜した。計画では、これらについて、病原遺伝子マーカーとなるかどうか検討する予定であったが、最終年度に計画していた遺伝子ノックアウト変異株作製を先に行った。また、最終年度計画では、選抜した遺伝子に対するdouble-cross over変。異株を順次作製する予定であったが、選抜した遺伝子数が多いため、single-cross overによる遺伝子破壊変異株を23遺伝子すべてについて作製し、それらの変異株について、マウスを用いた感染試験により病原性を検定した。その結果、明らかに病原性が低下したと思われる変異株を1株見出した。この変異株での標的遺伝子は、ROK familyの調節遺伝子とアノテーションされたが、既報の遺伝子とは相同性が低く、このfamilyの遺伝子と病原性との関連にっいての報告もなく、新規の病原遺伝子と期待される。
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