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がん細胞でヒストンメチル化とDNAメチル化により制御される遺伝子を探索し、これらのエピジェネティクス機構と、がん細胞の維持・増殖との関連について基礎的データーの収集を行った。具体的にはヒトの複数の臓器由来(前立腺がん、乳がん、大腸がん、肺がん、悪性胸膜中皮腫、脳神経膠芽腫)のがん細胞を用いて、マイクロアレイおよびシークエンス法により、突然変異およびエピジェネティクス異常の解析を行った。これらの解析から、がん関連遺伝子の不活化に関わるエピジェネティクス機構は遺伝子ごとに異なることを明らかにした。特にがん関連遺伝子の発現制御にはDNAメチル化とヒストン修飾が関与しており、それぞれのエピジェネティクス機構を治療標的とすることで、より有効ながん治療に結びつく可能性を示した。さらに臓器特異的にDNAメチル化異常を示す遺伝子を網羅的に解析した結果、悪性胸膜中皮腫の早期診断に有用なDNAメチル化マーカーを見出し、臨床検体からのDNAメチル化異常の検出が診断に有用であることを示した。
近年がん細胞のがん細胞のうち幹細胞の性質をもった細胞(がん幹細胞)の存在が示されている。がん幹細胞においてエピジェネティック制御機構が維持・分化に果たす役割を解析するため、脳腫瘍幹細胞を複数樹立し、エピジェネティクス解析を網羅的に行った。がん細胞は周囲刺激により形態変化を変化することを、樹立した細胞株の系を用いて示した。その過程でヒストンメチル化は可塑性を保ちながら変化していく一方で、DNAメチル化は安定してメチル化状態を継承していくことを明らかとにした。
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