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1.高密度オリゴヌクレオチド・アレイ解析(伊藤・安居)
GeneChip100K(または250K)アレイ(Affymetrix社)を用いてDNAコピー数を定量した。このアレイは、全ゲノム領域を高密度にカバーする約12万個(または24万個)のSNP特異的オリゴヌクレオチド・プローブを搭載している。これまでに肝細胞癌由来細胞株20株を対象にアレイ解析を行った。アレイ解析によって、CGHでは検出できなかった新規遺伝子増幅領域とホモ欠失領域を検出できた。新たな細胞株4株においても同様の解析を行った。高密度アレイで、肝細胞癌細胞株2株において1q21領域に新規の遺伝子増幅を検出した。今回遺伝子増幅を認めたアレイの結果を再確認するために、FISH(fluorescence in situ hybridization)法で、細胞株から作製した染色体標本上での観察とコピー数のカウントを行った。その結果、最小の共通増幅領域(amplicon)を約700kbの範囲にまで絞って限局化することができた。次いで、amplicon内にある26遺伝子すべてについてmRNA量を定量し、増幅メカニズムによりその発現が亢進している遺伝子(増幅の標的遺伝子)を絞り込む作業を行った。これまでの検討で、CREB3L4遺伝子を増幅の標的遺伝子候補と考えている。CREB3L4遺伝子について、肝細胞癌・臨床検体の癌部と非癌部のペアサンプルにおけるゲノムDNA量とmRNA量をreal-time PCR法で定量し、増幅と発現亢進の頻度を検討中。また、CREB3L4タンパク質の免疫組織化学を行い、タンパク質レベルでの発現量を評価し、組織内および細胞内の局在を検討中。今後、それらの結果と臨床データ(患者背景、予後、治療効果)および病理学的特徴とを照合することで、CREB3L4の肝細胞癌における臨床病理学的意義を明らかにする。
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