大量高速ゲノムSNPチップ連鎖解析システムによる遺伝性神経疾患の遺伝子同定

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20590989
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 神経内科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 後藤 順 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (10211252)
• 連携研究者: 高橋 祐二 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (00372392) ; 市川 弥生子 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (90341081) ; 福田 陽子 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (60396744)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: 連鎖解析 / 一塩基多型(SNP) / 遺伝性疾患 / 遺伝子同定

研究概要

SNPチップ解析結果から直接連鎖解析を行えるパイプラインSNP HiTLinkを開発した。SNPチップによる家系のタイピングと連鎖解析を含め、最短4日間でマッピングを可能である。SNP連鎖解析はマイクロサテライトと同等である。放射線雑種細胞による物理的マッピングともよく一致していた。網膜色素変性症を伴う後索性失調症の原因遺伝子を同定した。また、臨床現場で、遺伝子診断の補助として応用できる。

研究成果

• [雑誌論文] Adult-onset leukoencephalopathies with vanishing white matter with novel missense mutations in EIF2B2, EIF2B3, and EIF2B5. (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsukawa T, Wang X, Liu R, Wortham NC, Onuki Y, Kubota A, Hida A, Kowa H, Fukuda Y, Ishiura H, Mitsui J, Takahashi Y, Aoki S, Takizawa S, Shimizu J, Goto J, Proud CG, Tsuji S
  • 雑誌名: Neurogenetics. (Epub ahead of print)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Posterior column ataxia with retinitis pigmentosa in a Japanese family with a novel mutation in FLVCR1. (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H, Fukuda Y, Mitsui J, Nakahara Y, Ahsan B, Takahashi Y, Ichikawa Y, Goto J, Sakai T, Tsuji S
  • 雑誌名: Neurogenetics. 12(2) ページ: 117-21
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNP haplotype mapping in a small ALS family. (2009)
  • 著者名/発表者名: Krueger KA, Tsuji S, Fukuda Y, Takahashi Y, Goto J, Mitsui J, Ishiura H, Dalton JC, Miller MB, Day JW, Ranum LP
  • 雑誌名: PLoS One. 4(5) ページ: e5687
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNP HiTLink : a high-throughput linkage analysis system employing dense SNP data. (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuda Y, Nakahara Y, Date H, Takahashi Y, Goto J, Miyashita A, Kuwano R, Adachi H, Nakamura E, Tsuji S
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics. 10 ページ: 121
  • 査読あり
• [学会発表] A Japanese family ofnemaline myopathy which is caused by TPM2 mutation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Goto J, Ishiura H, Fukuda Y, Nagashima Y, Shimizu J, Takahashi Y, Ichikawa Y, Tsuji S
  • 学会等名: 60^<th> Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Washington DC, USA
  • 年月日: 20101102-20101106
• [学会発表] Siblings of pathologically proven multiple system atrophy : an application of whole genome analysis toward finding strong genetic factors for sporadic diseases. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H, Ahsan B, Mitsui J, Takahashi Y, Fukuda Y, Ichikawa Y, Nakahara Y, Kara K, Takahashi T, Kakita A, Onodera O, Nishizawa M, Goto J, Tsuji S
  • 学会等名: 60^<th> Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Washington DC, USA
  • 年月日: 20101102-20101106
• [学会発表] Adult-onset leukoencephalopathies with vanishing white matter with novel mussense mutations in EIF2B2 and EIF2B5, and decresed eIF2B activity. (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsukawa T, Wang X, Liu R, Hida A, Kubota A, Fukuda Y, Kowa H, Takahashi Y, Aoki S, Shimizu J, Goto J, Proud CG, Tsuji S
  • 学会等名: 59^<th> Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, USA
  • 年月日: 20091020-20091024
• [学会発表] Development of a high-throughput analysis system and application for the linkage analysis of familial multiple system atrophy (MSA). (2008)
  • 著者名/発表者名: Fukuda Y, Nakahara Y, Date H, Takahashi Y, Goto J, Hara K, Nishizawa M, Nakamura E, Adachi H, Tsuji S
  • 学会等名: 58^<th> Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • 発表場所: Philadelphia, Pennsylvania, USA
  • 年月日: 20081111-20081115
• [備考] ホームページ等