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2009 年度 実績報告書

食道癌におけるマイクロRNA発現とエピジェネティクスの統合解析

研究課題

研究課題/領域番号 20591569
研究機関京都大学

研究代表者

佐藤 史顕  京都大学, 薬学研究科, 准教授 (20467426)

キーワード食道癌 / microRNA / エピジェネティクス
研究概要

本課題の目的は、食道癌におけるエピジェネティクスにより調節を受けるマイクロRNA(miR)の探索にある。
(1)研究計画書ではDNAチップによるDNAメチル化解析を計画していたが、高速シーケンサーが使用可能となり、Methylated CpG Island Recovery Assay (MIRA)法と高速シーケンサーによる網羅的DNAメチル化解析法の確立を行った。MIRA法はメチル化DNA結合蛋白(MBD2)を用いたメチル化DNA断片濃縮法であるが、Invitrogen社キットを使用した。第4分画以降がDNAのメチル化割合が大きい事がBisulfite Sequencingで判明した。食道癌細胞18株と正常食道上皮細胞5株について、この方法でRAWデータ取得を行った。
(2)細胞株で得られた知見は臨床標本を用いて検証しなければならない。そこで、食道扁平上皮癌86症例の正常上皮と腫瘍部のmicroRNA発現プロファイルを取得した。また、その対象症例の臨床病理学的情報もデータベース化した。
(3)第1年度に取得した食道癌細胞株のmicroRNA発現情報と(1)で得られたDNAメチル化情報、更には(2)で得られた臨床標本でのmicroRNA発現情報を相関させ、詳細なBioinformaticsによる解析を施行中である。これによって、食道癌におけるエピジェネティクス制御を受けているmicroRNAを見出すことが可能になる。
今後、(3)でスクリーニングされたmicroRNAについて、機能解析を行う予定である。本研究で得られた知見は、早期診断のバイオマーカー創出や、microRNA治療やエピジェネティクス治療等の新たな治療法の確立に有用と考えられる。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of aberrant methylation in human breast cancer cells using methyl-DNA immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing.2010

    • 著者名/発表者名
      Ruike Y, Imanaka Y, Sato F, Shimizu K, Tsujimoto G
    • 雑誌名

      BMC Genomics 11

      ページ: 137

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The miR-25-93-106b cluster members function as oncomiRs regulating p21 and Bim in Barrett's neoplasia2009

    • 著者名/発表者名
      Kan T^*, Sato F, Ito T, et al.
    • 雑誌名

      Gastroenterology 136(5)

      ページ: 1689-1700

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intra-platform Repeatability and Inter-platform Comparability of MicroRNA Microarray Technology.2009

    • 著者名/発表者名
      Sato F, Tsuchiya S, Terasawa K, Tsujimoto G.
    • 雑誌名

      PLoS One 4(5)

      ページ: e5540

    • 査読あり
  • [学会発表] Topic 12「microRNAと循環器疾患」Overview and Latest Technologies of microRNAs2010

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Sato
    • 学会等名
      日本循環器病学会第74回総会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-03-06
  • [学会発表] #3P-0757, miR-X Contributes to Cisplatin Resistance of Esophageal Cancer cells.2009

    • 著者名/発表者名
      今中由花子、土屋創健、佐藤史顕、嶋田裕、清水一治、辻本豪三
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Symposium 4, "Key-technology in ADMETox, Next-generation High-throughput Sequencer and DNA Microarray as ADME Research Tools2009

    • 著者名/発表者名
      Fumiaki Sato, Kazuharu Shimiz
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第24回年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-11-28
  • [学会発表] Screening of epigenetically controlled microRNAs in breast cancer2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤史顕、類家慶直、辻本豪三、清水一治
    • 学会等名
      日本癌学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-10-01
  • [学会発表] #PA032、microRNA-210の発現低下による細胞周期停止機能の破綻を介した食道扁平上皮癌細胞の細胞増殖抑制メカニズムの解明2009

    • 著者名/発表者名
      土屋創健、佐藤史顕、藤原大、嶋田裕、辻本豪三、清水一治
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      品川
    • 年月日
      2009-09-23
  • [学会発表] #PA118、乳癌におけるエピジェネティクス調節されるマイクロRNAのゲノムワイド探索2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤史顕、類家慶直、伊藤考晃、辻本豪三、清水一治
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      品川
    • 年月日
      2009-09-23
  • [学会発表] シンポジウム11「がんの診断と治療:分子生物学の貢献」演題S11-4「癌におけるマイクロRNA発現のエピジェネティック制御」2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤史顕
    • 学会等名
      第41回日本臨床分子形態学会総会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-09-05
  • [学会発表] #P-83 乳がんにおけるエピジェネティクス調節を受けるマイクロRNAの探索2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤史顕、類家慶直、辻本豪三、清水一治
    • 学会等名
      日本エピジェネティクス研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-23
  • [学会発表] #1388-Intra-platform Repeatability and Inter-platform Comparability of MicroRNA Microarray Technology.2009

    • 著者名/発表者名
      Sato F, Tsuchiya S, Terasawa K, Tsujimoto G
    • 学会等名
      米国癌学会第100回大会
    • 発表場所
      デンバー,USA
    • 年月日
      2009-04-19

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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