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本研究では、イネを主として用いて減数分裂時の組換え頻度に影響する対合染色体間の塩基配列相同性や温度、放射線等の内的・外的要因を明らかにし、組換え頻度を高める条件を明らかにしようとするが、今年度は、この研究を進めるための基盤整備と材料作成を行った。組換え頻度を測定するためDNAマーカー、特にゲノム中に多数存在するSNPをマーカーとして用いるが、多数個体の効率的な遺伝子型判定を行うため、PCRテンプレートの超簡易調整法を開発した。この方法は、特製のミニコルクボーラーで葉片を打ち抜くだけであるため、極めて簡便であり、1000個体以上の多数個体のSNP分析に適した方法である。また、多数のSNPマーカーを低コストで作成するため、従来のドットプロットSNP法を改良し、プローブを間接的に標識するブリッジ法を開発した。これにより、多数のSNP分析用のプローブを従来の半分以下のコストで作成できるようになった、また、マルチプレックスPCRとプローブを多数混合してハイブリダイゼーションを行う方法を比較し、混合ハイブリダイゼーションで安定して効率よく多数マーカーのSNP分析ができることを見出し、分析の効率化が図れるようになった。さらに、ドットプロットSNP分析の条件設定を効率よく行うため、塩基配列情報からハイブリダイゼーションと洗浄の最適条件を予測することを可能にした。組換え頻度測定用のSNPマーカーを多数作成するとともに、組換え頻度測定のために種々の組合せのF_1、F_2個体を作成した。
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