| 研究概要 |
多様な動物種を含むコンパニオンアニマルでは、イヌを例外として遺伝子情報が極端に不足している。我々はゼブラフィッシュのトランスクリプトームにおいて6-8merの反復倒置配列が多数存在し、これらを特異配列として数merの縮重配列と増幅配列をつなげたdegenerate oligonucleotide-primed PCR (DOP-PCR)プライマーを用いることで再現性の高いディファレンシャル・ディスプレイ法(DD法)が可能であることを見いだした。ゼブラフィッシュ用に作成したDOPプライマーは他魚種でも使用可能であった。本研究では、コンパニオンアニマルにおける遺伝子発現変化をランダムかつ大規模に検出することを目的としたDOP-PCRプライマーを作成するため、哺乳類のモデル動物として、ラットと比べても膨大な遺伝子改変動物が存在するマウスに着目した。マウスのトランスクリプトーム(Unigene:約8万個)において、6merでは2,495個の、7merでは10,511個の、8merでは40,923個の反復倒置配列が存在することがわかった。Ah受容体(AhR)のアゴニストを処置したラット肝臓を用いてCYP1分子種を標的としたDOPプライマーによるDD法を行ったところ、特異配列が6merのDOPプライマーでは陽性バンドを検出できなかった。7merでは一部検出できたが、誘導率などに影響を受けたので、8merが最適であった。1つのDOPプライマーにつき200-1,000個までの対象遺伝子では陽性バンド検出率が変わらなかった。これらのことより、200-1,000個を対象遺伝子とするPCRに適した8merのDOPプライマーは169個であった。このプライマーセットは約22,000種の標的配列を対象としている。
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