糖鎖機能解明のためのウェブリソースの構築

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20680017
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 創価大学
• 研究代表者: 木下 聖子 創価大学, 工学部生命情報工学科, 準教授 (50440235)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: バイオインフォマティクス / 糖鎖インフォマティクス

研究概要

本プロジェクトは糖鎖の実験者が容易に利用できるウェブリソースを構築することを目的とした。特に、アルゴリズム開発及び機械学習の手法をウェブツールとして提供し、データもウェブ上で管理できるようにした。本プロジェクトの期間中、DrawRINGSと呼ぶ糖鎖構造の描画・検索ツール、Glycan Minerと呼ぶ糖鎖の特徴を抽出する機械学習を用いたツール、Glycan Pathway Predictorと呼ぶN型糖鎖の合成経路を予測するツール、Kernel Toolと呼ばれる、機械学習を用いて糖鎖構造の分類を行うツール、そしてProfile PSTMMと呼ぶ糖鎖のプロファイルを抽出する確率モデルのツールを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Extracting Glycan Motifs using a Biochemically-Weighted Kernel (2011)
  • 著者名/発表者名: Jiang, H., Aoki-Kinoshita, K.F. and Ching, W.
  • 雑誌名: Bioinformation 巻: Vol. 7 No. 8 ページ: 405-412
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3280441/
  • 査読あり
• [雑誌論文] A weighted q-gram method for glycan structure classification (2010)
  • 著者名/発表者名: Li, L., Ching, W.K., Yamaguchi, T., Aoki-Kinoshita, K.F.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol. 11, Suppl 1, No. S33
  • DOI: DOI:10.1186/1471-2105-11-S1-S33
  • 査読あり
• [雑誌論文] The RINGS resource for glycome informatics analysis and data mining on the Web (2010)
  • 著者名/発表者名: Akune, Y., Hosoda, M., Kaiya, S., Shinmachi, D., Aoki-Kinoshita, K.F.
  • 雑誌名: OMICS 巻: Vol. 14, No. 4 ページ: 2010
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20726803
  • 査読あり
• [学会発表] RINGS: a web resource of data mining and analytical tools for glycomics research (2012)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 15th Annual San Diego Glycobiology Symposium
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 20120316-17
• [学会発表] Development of a Multiple Glycan Alignment Tool (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda, M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: Annual Meeting for the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Kobe, Japan
  • 年月日: 20111108-10
• [学会発表] Methods and applications of glycome informatics (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 71st Okazaki Conference on New Perspectives on Molecular Science of Glycoconjugates
  • 発表場所: Okazaki, Japan
  • 年月日: 20111012-14
• [学会発表] RINGS: a web resource for glycome informatics analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Fujita A, Mori T, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The 71st Okazaki Conference on "New perspectives on molecular science of glycoconjugates"
  • 発表場所: Okazaki, Japan
  • 年月日: 20111012-14
• [学会発表] Mining meaningful glycan structures from CFG resources (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: CFG Participating Investigators Meeting, NIH campus
  • 発表場所: Bethesda, MD, USA
  • 年月日: 20110727-29
• [学会発表] "Development of a web resource for glycan structure analysis" P-085 (2011)
  • 著者名/発表者名: Mori T, Fujita A, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
  • 年月日: 20110711-13
• [学会発表] "Development of a tool for prediction of glycan recognition patterns" P-087 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
  • 年月日: 20110711-13
• [学会発表] "A tool for glycan biomarker prediction using kernel" P-088 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 30th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Nagaoka, Japan
  • 年月日: 20110711-13
• [学会発表] Identifying key glycan components in influenza virus infection using glycan structure mining techniques (2011)
  • 著者名/発表者名: Aoki-Kinoshita KF, Ichimiya T, Takase-Yoden S, Nishihara S
  • 学会等名: 2nd Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics
  • 発表場所: Potsdam, Germany
  • 年月日: 20110627-0701
• [学会発表] "Development of a tool for profile analysis of glycan recognition patterns" 4P-0456 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hosoda, M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] "RINGS:A web resource for glycome infomatics" 4P-0458 (2011)
  • 著者名/発表者名: Fujita, A, Mori, T, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] "Glycan biomarker prediction using Glycan Kernel Tool" 4P-0454 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akune, Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: The Japanese Biochemical Society Annual Meeting
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] "Improved usability of RINGS for glycome informatics research" S01 (2010)
  • 著者名/発表者名: Mori T, Uchida T, Yasuoka H, Fujita A, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 20101213-15
• [学会発表] "Development of a new kernel tool for glycan biomarker prediction" P039 (2010)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Jiang H, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 20101213-15
• [学会発表] "Multiple Tree Alignment for Glycan Profile Analysis of Glycan Binding Proteins" P023 (2010)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 20101213-15
• [学会発表] "Development of a New Glycan Score Matrix" P031 (2009)
  • 著者名/発表者名: Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091214-16
• [学会発表] "Improvements to Profile PSTMM for Glycan Recognition Profile Prediction" P101 (2009)
  • 著者名/発表者名: Kaiya S, Hosoda M, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 20th International Conference on Genome Informatics
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091214-16
• [学会発表] "A Web Resource for Glycan Function Analysis: RINGS", P-075 (2009)
  • 著者名/発表者名: Hosoda M, Katoda T, Shinmachi D, Kaiya S, Akune Y, Aoki-Kinoshita KF
  • 学会等名: 29th Japanese Carbohydrate Symposium
  • 発表場所: Takayama, Japan
  • 年月日: 20090909-11
• [備考]
  • URL: http://www.rings.t.soka.ac.jp