部分的類似構造の重ね合わせに基づく不均質データの多義的探索法の開発

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20700134
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 知能情報学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 瀧川 一学 京都大学, 化学研究所, 助教 (10374597)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: データマイニング / 部分構造探索 / アルゴリズム / 機械学習

研究概要

インターネットや各種電子化を受けて、大規模なデータが自動的に収集できるようになってきた。しかし、これらのデータは容易に得ることができる半面、前もって用途が固定されておらず多目的用途であるため、様々なレベルの情報が混在し質が不均一であり、伝統的な統計解析において困難や不具合を生じる。本研究では、近年著しく発展している部分構造の列挙技術を背景に、データ間の局所的または部分的類似性に基づいて、このようなデータを解析できる統計解析法の提案・解析を行った。

研究成果

• [雑誌論文] ROS-DET : robust detector of switching mechanisms in gene expression (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Kayano, I.Takigawa, M.Shiga, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 印刷中 ページ: doi : 10.1093/nar/gkr130
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficiently mining delta-tolerance closed frequent subgraphs (2011)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Machine Learning Vol.82, No. ページ: 95-121
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining significant substructure pairs for interpreting polypharmacology in drug-target network (2011)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: PLoS One Vol.6, No.2 ページ: e16999
  • 査読あり
• [雑誌論文] A spectral approach to clustering numerical vectors as nodes in a network (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Shiga, I.Takigawa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Pattern Recognition Vol.44, No.2 ページ: 236-251
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining metabolic pathways through gene expression (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Hancock, I.Takigawa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics Vol.26, No.17 ページ: 2128-2135
  • 査読あり
• [雑誌論文] Algorithms for finding a minimum repetition representation of a string (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Nakamura, T.Saito, I.Takigawa, H.Mamitsuka, M.Kudo
  • 雑誌名: Lecture Notes in Computer Science Vol.6393 ページ: 185-190
  • 査読あり
• [雑誌論文] On the performance of methods for finding a switching mechanism in gene expression (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Kayano, I.Takigawa, M.Shiga, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Genome Informatics Vol.24 ページ: 69-83
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining patterns from glycan structures (2010)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, K.Hashimoto, M.Shiga, M.Kanehisa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Proceedings of the International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics ページ: 13-24
• [雑誌論文] Convex sets as prototypes for classifying patterns (2009)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, M.Kudo, A.Nakamura
  • 雑誌名: Engineering Applications of Artificial Intelligence Vol.22, No.1 ページ: 103-108
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficiently finding genome-wide three-way gene interactions from transcript- and genotype-data (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Kayano, I.Takigawa, M.Shiga, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics Vol.25, No.21 ページ: 2735-2743
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains (2008)
  • 著者名/発表者名: H.Hashimoto, I.Takigawa, M.Shiga, M.Kanehisa, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics Vol.24, No.16 ページ: i167-i173
  • 査読あり
• [学会発表] Mining significant substructure- substructure pairs in structural associations (2009)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091214-20091216
• [学会発表] Genome-wide three-way gene interactions from transcript and genotype data (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Kayano, I.Takigawa, M.Shiga, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091214-20091216
• [学会発表] Efficiently finding significant substructural patterns conserved in glycans (2008)
  • 著者名/発表者名: I.Takigawa, K.Hashimoto, M.Shiga, M.Kanehisa, H.Mamitsuka
  • 学会等名: 2008 Annual conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: Osaka, Japan
  • 年月日: 20081215-20081216
• [学会発表] Classification by reflective convex hulls (2008)
  • 著者名/発表者名: M.Kudo, I.Takigawa, A.Nakamura
  • 学会等名: 19th International conference on pattern recognition (ICPR2008)
  • 発表場所: Tampa, Florida, USA
  • 年月日: 20081208-20081211
• [学会発表] Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains (2008)
  • 著者名/発表者名: K.Hashimoto, I.Takigawa, M.Shiga, M.Kanehisa, H.Mamitsuka
  • 学会等名: ECCB'08 European Conference on Computational Biology
  • 発表場所: Cagliari, Italy
  • 年月日: 20080922-20080926
• [学会発表] 酵素遺伝子の発現情報に基づく効率的な代謝経路ランキング (2008)
  • 著者名/発表者名: 瀧川一学
  • 学会等名: 2008年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 慶應義塾大学
  • 年月日: 20080907-20080910
• [備考] プロジェクトホームページ
  • URL: http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/pathway/grasp/
• [備考]
  • URL: http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/pathway/kayano/bioinfo_three-way.html