タンパク質3次元構造データベースに対する高速かつ柔軟な検索手法とその応用

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20700264
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 渋谷 哲朗 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (60396893)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: アルゴリズム / 検索技術 / データベース / 生物情報 / タンパク質 / 3次元立体構造

研究概要

本研究では、タンパク質立体構造データベースに対する類似構造検索アルゴリズムの研究を行い、従来からの立体構造類似検索の手法の多くを抜本的に改善する、実用的にも理論的にも従来手法と比べきわめて高速な超高速線形時間基本探索アルゴリズムを開発することに成功するなど、今後の構造生物学の発展に大きく寄与する様々なアルゴリズムを開発し、その成果は国内外から高い評価を受けた。

研究成果

• [雑誌論文] Linear-Time Protein 3-D Structure Searching with Insertions and Deletions (2010)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya, Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane
  • 雑誌名: BMC Algorithms for Molecular Biology Vol.5 ページ: 7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Geometric Suffix Tree : Indexing Protein 3-D Structures (2010)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya
  • 雑誌名: Journal of the ACM Vol.57, No.3, Article No.15 ページ: 1-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Searching Protein 3-D Structures in Linear Time (2010)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology Vol.17, No.3 ページ: 203-219
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fast Hinge Detection Algorithms for Flexible Protein Structures (2010)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya
  • 雑誌名: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol.7, No.2 ページ: 333-341
  • 査読あり
• [雑誌論文] Searching Protein 3-D Structures in Faster Than Linear Time (2010)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology Vol.17, No.4 ページ: 593-602
  • 査読あり
• [学会発表] 線形時間タンパク質3次元構造探索アルゴリズム (2009)
  • 著者名/発表者名: 渋谷哲朗
  • 学会等名: 情報処理学会 アルゴリズム研究会 pp.25-32
  • 発表場所: IPSJ SIG Notes SIGAL 123-4
  • 年月日: 20090000
• [学会発表] Searching Protein 3-D Structures in Linear Time (2009)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya
  • 学会等名: Proc. 13th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2009) pp.1-15最優秀論文賞
  • 発表場所: LNCS 5817 (LNBI 5541)
  • 年月日: 20090000
• [学会発表] Linear-Time Protein 3-D Structure Searching with Insertions and Deletions (2009)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Shibuya, Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane
  • 学会等名: 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009) vol.5724, pp.310-320
  • 発表場所: LNCS
  • 年月日: 20090000
• [備考] 設計パラダイムSMADの紹介を以下のページで簡単に紹介している。
  • URL: http://shibuyalab.hgc.jp/SMAD.html