動的パスウェイへの高機能ペトリネットを用いた視覚的モデル検査手法の開発と適用

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20700265
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 長崎 正朗 東京大学, 医科学研究所, 助教 (90396862)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: ペトリネット / オントロジー / 視覚的デバッグ / モデル検査 / OWL / HFPNe / 細胞分化

研究概要

高機能ペトリネット(Hybrid Functional Petri net以下HFPNe)とその実用に耐えうる実装を行い成果を挙げてきている。本研究では、HFPNeにモデル検査の手法を導入するための定式化を行った。さらに、線虫の細胞分化にかかわるシグナル伝達を含む細胞間の制御モデルのシミュレーションモデルを、HFPNeを用い作成するとともに、そのモデル検査を行い妥当な細胞分化の規則の同定に成功した。また、HFPNeでモデル化されたパスウェイについて動的に変化する部分グラフの遷移構造を抽出する技術開発を行い。概日リズムのパスウェイモデルに適用し有用性を示した。

研究成果

• [雑誌論文] Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram (2010)
  • 著者名/発表者名: Li C*, Nagasaki M*, Saito A, Miyano S.
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 4 ページ: 39
  • 査読あり
• [雑誌論文] A computational platform for systems biology (2009)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki, M., Saito A., Jeong E, Li C., Kojima, K, Ikeda, E., Miyano, S
  • 雑誌名: Cell Illustrator 4. 0 10 ページ: 0002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simulation-based model checking approach to cell fate pecification during Caenorhabditis elegans vulval development by hybrid functional Petri net with extension (2009)
  • 著者名/発表者名: Li, C. *, Nagasaki, M. *, Ueno, K., Miyano, S.
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 3 ページ: 42
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rule-based reasoning for system dynamics in cell systems (2008)
  • 著者名/発表者名: Jeong E, Nagasaki M, Miyano S.
  • 雑誌名: Genome Informatics 20 ページ: 25-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic reconstruction of TRANSPATH data into Cell System Markup Language (2008)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki M, Saito A, Li C, Jeong E, Miyano S.
  • 雑誌名: BMC Systems Biology 2 ページ: 53
  • 査読あり
• [備考]
  • URL: http://www.csml.org/