生物ネットワーク構造に基づく統合的データマイニング手法の構築

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20700269
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 志賀 元紀 京都大学, 化学研究所, 助教 (20437263)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: バイオインフォマティクス / 生物ネットワーク / 遺伝子機能解析 / クラスタリング / 教師有り学習

研究概要

本研究では、生物ネットワークと関連情報を統合的に解析するデータマイニング法を開発した。新たに開発した手法は、複数の相互作用ネットワーク上の遺伝子(ノード)のクラスタリング法および機能予測法、遺伝子発現量とネットワークを統合するクラスタリングに基づく遺伝子機能のアノテーション法、また、統計的なアプローチと頻出パターンの抽出手法を組み合わせることにより相互作用の要素を高速に予測する手法である。

研究成果

• [雑誌論文] Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences (2009)
  • 著者名/発表者名: Limin Li, Motoki Shiga, Wai-ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
  • 雑誌名: Genome Informatics vol.22 ページ: 95-120
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficiently finding genome-wide three-way gene interactions from transcript- and genotype-data (2009)
  • 著者名/発表者名: Mitsunori Kayano, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics vol.25 ページ: 2735-2743
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Kosuke Hashimoto, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics vol.24 ページ: i167-i173
  • 査読あり
• [学会発表] Annotating Gene Functions by Spectral Clustering for Combining Gene Expressions and Sequences (2009)
  • 著者名/発表者名: Limin Li, Motoki Shiga, Wai-ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW)
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20091214-20091216
• [学会発表] Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences (2009)
  • 著者名/発表者名: Limin Li, Motoki Shiga, Wai-ki Ching, Hiroshi Mamitsuka
  • 学会等名: The 9th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
  • 発表場所: Boston, MA, USA
  • 年月日: 20090727-20090729