酵母1遺伝子摂動株ライブラリによる表現型変化の網羅的解析とその予測システムの開発

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20700270
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 古澤 力 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00372631)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: 生体生命システム情報学

研究概要

細胞内の遺伝子を破壊・増強することによって,どのように細胞の表現型が変化するかを理解することが出来れば,目的の表現型を持った細胞をデザインする為の基盤となる.そこで本研究は,酵母の1遺伝子破壊・1遺伝子増強株ライブラリを用いて,その遺伝子破壊・増強の効果を網羅的に測定した.その結果を用いて,遺伝子破壊摂動に対して頑強あるいは脆弱な細胞機能の同定と,発現量変化との相関解析を行った.

研究成果

• [雑誌論文] Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in L-lactate production by Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Takashi Hirasawa, Aki Ookubo, Katsunori Yoshikawa, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Hideki Sawai, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology vol.84(6) ページ: 1149-1159
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA Microarray (2009)
  • 著者名/発表者名: Thai Nho Dinh, Keisuke Nagahisa, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: Bioprocess and Biosystems Engineering vol.32(5) ページ: 681-688
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development and experimental verification of a genome-scale metabolic model for Corynebacterium glutamicum (2009)
  • 著者名/発表者名: Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: Microbial Cell Factories vol.8(1) ページ: 43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: FEMS Yeast Research vol.9(1) ページ: 17-30
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae (2008)
  • 著者名/発表者名: Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering vol.106(6) ページ: 507-510
  • 査読あり
• [雑誌論文] Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology?
  • 著者名/発表者名: Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology (published online)
  • 査読あり
• [学会発表] 酵母を用いたL-乳酸生産に関連する遺伝子のゲノムワイドな同定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 平沢敬, 大久保亜紀, 竹國正矩, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 酵母を用いた遺伝子破壊によるL-乳酸生産に重要な遺伝子の同定, 酵母を用いたL-乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹國正矩, 平沢敬, 吉川勝徳, 大久保亜紀, 古澤力, 清水浩
  • 学会等名: 生物工学会61回年会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2009-09-24
• [学会発表] Comprehensive phenotypic analysis of yeast under ethanol stress condition (2008)
  • 著者名/発表者名: Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
  • 学会等名: The 13th international Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
  • 発表場所: Dalian, China
  • 年月日: 2008-10-15
• [学会発表] 乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種 (2008)
  • 著者名/発表者名: 平沢敬、大久保亜紀、吉川勝徳、永久圭介、古澤力、清水浩
  • 学会等名: 化学工学会 第40回秋季大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2008-09-24
• [備考]
  • URL: http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/furusawa/