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2009 年度 実績報告書

光信号入力に基づき制御可能なDNA情報処理機構の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20700276
研究機関大阪大学

研究代表者

小倉 裕介  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (20346191)

キーワードDNAコンピュータ / 光DNA演算 / 光DNA操作ユニット / 光信号 / ヘアピンDNA / アゾベンゼン / 液滴
研究概要

本研究では,光の並列性,制御性,プログラム可能性とDNAの多様性,自律性,微小性を利用した新しい情報技術の創出をめざし,光によるステップ動作が可能なDNA操作ユニットを実現し,これらを相互接続した光DNA演算技術を開発することを目的とする.本年度は,光DNA反応系の拡張を行なった.また,DNAを用いた論理演算を空間展開光により実行した.具体的な成果は以下のとおりである.
1. 前年度に構築したヘアピンDNAによる光DNA操作ユニットを拡張し,DNA格子構造における位置情報を用いたオートマトンを考案した.DNA格子構造に2つ1組のヘアピンDNAを導入しそれらの開閉を操作することにより,内部状態を符号化したDNAの位置を制御できること,および,その情報が次段の反応系に伝達されることを確認した.
2. 光DNA情報処理系を生体制御に適用することを想定し,しきい値特性をもつDNA変換系を設計した.しきい値設定用のDNA量を変化することにより,DNA変換のしきい値をシフトできることを確認した.この特性は,光DNA演算系を環境変化に対して安定に動作させるために重要である.
3. 光DNA操作ユニットを局所的かつ並列に動作するための手法として,DNA溶液を含む液滴の光操作によるDNA位置・反応制御技術を開発した.DNA溶液滴を結合することにより溶液が混合し,異なる反応を並列かつ局所的に誘起できることを確認した.また,液滴を利用したときには一般の反応チューブで行なう場合と比較して,10倍以上反応が高速に進むことを明らかにした.さらに,液滴による反応法を,DNAを用いたAND・OR演算系に適用し,適切にDNA論理演算が行なえることを実証した.これらの成果により,光信号入力に基づき制御可能なDNA情報処理機構の基盤技術を得ることができた.

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (9件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Implementation of a Nanoscale Automaton Using DNA Conformation Controlled by Optical Signals2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Sakai, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics VOL.48

      ページ: 09LA01

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Positional State Representation and Its Transition Control for Photonic DNA Automaton2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Sakai, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science VOL.5877

      ページ: 126-136

    • 査読あり
  • [学会発表] DNA構造を用いた光入力2進カウンタ2010

    • 著者名/発表者名
      酒井寛人, 小倉裕介, 谷田純
    • 学会等名
      2010年春季第57回応用物理学関係連合講演会
    • 発表場所
      東海大学(神奈川県)
    • 年月日
      2010-03-18
  • [学会発表] 微小液滴の光操作に基づく局所的DNA論理演算2010

    • 著者名/発表者名
      西村隆宏, 小倉裕介, 谷田純
    • 学会等名
      2010年春季第57回応用物理学関係連合講演会
    • 発表場所
      東海大学(神奈川県)
    • 年月日
      2010-03-17
  • [学会発表] 空間光変調器を用いた液滴操作に基づく空間並列DNA演算2010

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介, 西村隆宏, 谷田純
    • 学会等名
      レーザー学会学術講演会第30回年次大会
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • 年月日
      2010-02-04
  • [学会発表] ナノ定規:DNA構造と蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)を用いたナノ距離情報取得2009

    • 著者名/発表者名
      酒井寛人, 小倉裕介, 谷田純
    • 学会等名
      Optics & Photonics Japan 2009
    • 発表場所
      朱鷺メッセ:新潟コンベンションセンター(新潟県)
    • 年月日
      2009-11-24
  • [学会発表] Photonic Switching of DNA's Position That Represents the Internal State in Photonic DNA Automaton2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Sakai, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 学会等名
      4th International Workshop on Natural Computing (IWNC 2009)
    • 発表場所
      Himeji International Exchange Center (Hyogo, Japan)
    • 年月日
      2009-09-23
  • [学会発表] 光学的手法に基づくDNAの位置・局所反応の並列制御2009

    • 著者名/発表者名
      西村隆宏, 小倉裕介, 谷田純
    • 学会等名
      2009年秋季第70回応用物理学会学術講演会講演予稿集
    • 発表場所
      富山大学(富山県)
    • 年月日
      2009-09-11
  • [学会発表] A Nanoscale Ruler by Use of Fluorescence Resonance Energy Transfer and DNA Nano-Structure2009

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Yuta Fukushima, Hiroto Sakai, Jun Tanida
    • 学会等名
      CLEO/Pacific Rim 2009
    • 発表場所
      Shanghai International Convention Center (Shanghai, China)
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] Enhancing the Performance of Photonic DNA Nanomachines for Implementing Photonic Nanoscale Automaton2009

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Nishimura, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 学会等名
      SPIE Optics & Photonics 2009
    • 発表場所
      San Diego Convention Center (San Diego, USA)
    • 年月日
      2009-08-04
  • [学会発表] Positional State Representation and Its Transition Control for Photonic DNA Automaton2009

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Sakai, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 学会等名
      15th International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      University of Arkansas (Arkansas, USA)
    • 年月日
      2009-06-09
  • [備考]

    • URL

      http://www-lip.ist.osaka-u.ac.jp/research/index.html

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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