癌免疫治療におけるタンパク質間相互作用解析に基づいた創薬インターフェースの開発

2010 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20700419
• 研究機関: 独立行政法人水産総合研究センター
• 研究代表者: 中村 洋路 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (90463182)
• キーワード: アルゴリズム / 癌 / 蛋白質 / 免疫学 / バイオインフォマティクス

研究概要

平成22年度では、最終年度として成果の具体的な取りまとめを行った。がん免疫関連遺伝子のアミノ酸配列とその文献情報を網羅したデータベースCancer-related Immunological Gene Database(CIG-DB、http://www.scchr-cigdb.jp/)の完成版を構築し、国際オンライン学術誌BMC Bioinformaticsにその成果を発表した。また、がん胎児性抗原やメラノーマ抗原などのアミノ酸配列から、米国国立衛生研究所で提供されているエピトープ予測プログラムBIMASのスコアを参考に16ペプチドを選抜し、これらのペプチドに対して(i)HLA A24を発現している培養細胞を用いたMHC安定化アッセイ、および(ii)HLA A24+のがん患者から得られた末梢血単核球を用いたCTL誘導能の検査を行った。これら二つの結果と、前年度で開発されたHLAタンパク質に対するエピトープの結合アフィニティを計算する「インシリコアッセイ系」からの予測結果を比較したところ、インシリコアッセイ系の結果はBIMASのスコアに比べてCTL誘導能との相関は同程度であったが、MHC安定化能に関してはBIMASスコアよりも高い相関を示した。この成果はCancer Science誌に発表された。さらに、他の研究者が簡便に利用できることを目的として、HLA A24とHLA A2タンパク質に対して任意のエピトープ候補ペプチドの予測アフィニティを自動で取得することができるパイプラインを構築した。これにより本年度でインシリコアッセイ系のインターフェースのプロトタイプが完成し、静岡がんセンター研究所において試験的運用を開始した。

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of HLA-A24-restricted peptides of carcinoembryonic antigen using a novel structure-based peptide-HLA docking algorithm. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Tai S, Oshita C, Iizuka A, Ashizawa T, Saito S, Yamaguchi S, Kondo H, Yamaguchi K, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: Vol.102 ページ: 690-696
  • 査読あり
• [雑誌論文] CIG-DB : the database for human or mouse immunoglobulin and T cell receptor genes available for cancer studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Komiyama T, Furue M, Gojobori T, Akiyama Y
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol.11 ページ: 398
  • 査読あり
• [備考]
  • URL: http://www.scchr-cigdb.jp/