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本研究は、翻訳後修飾を受けた転写制御因子がゲノム上の何処に局在し、そのことが転写にどのような影響を与えるかについて、網羅的に解析できる実験系を確立する事を目的としている。現在までに、数多くの蛋白質翻訳後修飾が報告されているが、特に転写制御との関わりが指摘されているリン酸化修飾およびユビキチン様蛋白質の結合に着目し、クロマチン免疫沈降法と次世代高速シークエンサーによる塩基配列決定を組み合わせたChIP-sequence法の確立を目指した。本研究では、ヒト単球様細胞株THP-1細胞のホルボールエステルによる細胞分化を実験解析モデルとした。THP-1細胞における複数のユビキチン様蛋白質の発現を確認してみたところ、分化過程において大きな変動を伴う発現が観察された。現在、抗体を用いてそれらのユビキチン様蛋白質の産生量を確認するとともに、ユビキチン様蛋白質が結合している標的蛋白質の同定及びその量の測定を試みている。申請者は、過去の研究においてクロマチン免疫沈降法とtiling arrayを組み合わせたChIP-chip法を確立している。本研究では、tiling arrayの代わりにillumina社のSolexaシークエンステクノロジーを用いて塩基配列決定を行うことを計画し、tiling arrayで取得出来るものよりも精度と網羅性の高い実験結果を得る方法の確立を試みた。現在までに、クロマチンを免疫沈降出来ることが報告されている修飾ヒストン蛋白質に対する抗体を用いて実験の条件を検討し、ChIP-sequence法による良好な結果を取得できる目処が立った。
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